细胞内的呼吸酶化学本质是蛋白质。
细胞内的蛋白质是由游离
核糖体合成，在细胞质基质中有对其进行加工的辅酶或辅助因子。
内质网和高尔基体加工的主要是分泌蛋白、部分膜蛋白和溶酶体内蛋白质。
真核生物的细胞呼吸主要是有氧呼吸，有氧呼吸主要在
线粒体中进行。线粒体是半自主性细胞器，有环状DNA、核糖体等，能够自主合成一部分与有氧呼吸有关的蛋白质。
所以，对于真核生物来说，细胞内的呼吸酶（或者说与呼吸有关的蛋白质）一部分由细胞质中游离的核糖体合成，一部分由线粒体自己合成。
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