Question

Why don’t/didn’t you come to school?

How do you know that?
How did you know that?
答案是一个，还是皆可？

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Answer 1

why don't you come to school. 这个听上去像提建议，这是现在时态。这个后面 问发生了什么事情。和这种提建议的口气不符合，换成别的适当的情节可以用 don't u.
不知道你是否知道 do you know 和 did you know 在英语里是两个意思，不是时态区别。当然你得到的回答大部分时候是一样的。
how do you know. 这个有时候更像是 challenge, 比如这个信息我不知道，你告诉我，我会问你 how do you know that. 如果再离奇一点的，我会说 how would you know that.
但是我本来就知道了某个信息，你再告诉我，我会说 how did you know that. 这时候我其实并不是在乎你是什么知道的，我更想说的意思是 how DID you (before it was set) know that it would turn out to be true?

Answer 2

首先，问为什么不来，必须用一般过去时，不能一般现在时，因为来这个动作已经发生了。
其次，问你怎么知道的，一般也用一般过去时，但如果强调状态(也就是知道这回事)，可以根据说话人的口气用一般现在时。