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这个不是磷酸之间的键，是核糖核酸（或者脱氧核糖核酸）之间的键。一个核酸（嘧啶或者嘌呤）由碱基、核糖和一个磷酸基团。3`、5`是用来标记核糖（脱氧核糖）上面碳原子顺序的。磷酸基团连接于5`碳原子上。3`碳原子上有一个游离的-OH。3'—5'磷酸二酯键形成于5`的磷酸基团的氧原子，与3`游离的羟基，形成5` p-o-c 3`，并脱去一个水分子。
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