生物工程是一门综合性应用学科，需要掌握生物科学基本知识和系统的生物工程原理及其产业化工程技术的基本理论及基本技能，本专业学生主要学习微生物学、生物化学、化学工程、发酵工程等方面的基本理论和基本知识。想要知道生物工程专业的优劣，需要参考该学校生物工程的研究方向和相近专业。
1.侧重生物学的生物工程专业
主要是一些985/211/双一流高校生物专业比较好的学校，生物工程专业主要开设在生命科学学院，侧重于分子生物学、微生物等基础生物学。如上海交通大学，2016年第四轮全国一级学科评估中生物学跻身第一方阵，2017年生物学被列入“双一流”建设学科名单，生物工程一级学科博士点新获批建设。
2.侧重食品发酵的生物工程专业
如江南大学生物工程学院的生物工程专业，该专业是国家特色专业、教育部首批“卓越工程师教育培养计划”专业，国家专业综合改革试点专业、江苏省品牌专业。南京农业大学食品科技学院的生物工程专业（江苏省特色专业）。这些学校的食品专业或者发酵专业较好，生物工程专业和食品紧密联系，甚至开设在同一学院。
3.侧重化学的生物工程专业
浙江大学化学工程与生物工程学院的生物工程专业，主要研究方向有生物催化与生物转化工程、生物过程工程、生物资源工程、生物制药工程、纳米生物技术、合成生物技术、仿生功能膜与膜技术等。
总的来说，生物工程基础课程大同小异，但是研究领域各有不同，考虑学校的时候需要结合自己的兴趣和该校的研究方向。
生物工程涵盖的专业内容特别多，也细分很多研究方向，各个大学的强势方向也不一样。如果我们需要综合比较国内各个大学的生物工程的实力，我们可以参考比较权威的大学专业排名数据，下面我就用科教评价网的生物工程19-20年最新排行榜来介绍一所国内本科生物工程比较强势的大学。
华东理工大学在这份最新的专业表单中排名第一。第一次知道华东理工大学的生物专业的厉害之处是在2015年吧，那时候其实蛮想去华东理工的，可惜自己不争气。华东理工最有名的还是它的抗生素专业，是在学校名字还是华东化工学院的1955年就被创建了。1955年还是建国不久，抗生素是对国家的国民疾病治疗有着重要意义的。
而当时的华东理工大学就参与了国内第一支青霉素的研发。经过这几十年的发展，华东理工大学创造了多个全国第一，生物工程专业也成为该校的国家特色专业。关于更多该学校的信息，点这儿。
其实完全用这份表单来找国内最厉害的生物工程专业是有失偏颇的，国内大学发展迅速，而且每个专业的复杂性使得每个大学在某一个分支领域都有着极强的实力，比如刚刚提到的华东理工在抗生素领域就是很厉害的，还有比如表单中排名第三的江南大学的生物发酵方向也比较强势。虽然教育部制定的培养体系可能差不多，意味着每个大学学的课程都差不多，但是某一方向强势的大学里，授课还有科研机会也会更向强势方向倾斜，所以生物工程专业最厉害的大学还是取决于每个人不同的兴趣，再结合学校的综合实力，每个人都有自己心中最厉害的大学。举个栗子，我认识一个学长，十分喜欢生物工程的植物培育方向，去了云南大学，虽然实力一般，但是云南气候特别好适合做植物方向科研，对于他的科研方向帮助很大，云南大学也是他心中生物工程最厉害的大学。
谢谢阅读，如有更多问题，欢迎讨论。
厦大生物工程大四狗来答一下这个问题。看到之前有朋友在他的回答里捧了一下我厦的生物工程，非常感谢，瑞思拜！
题主应该是19年高考的小学妹小学弟，对这个专业应该是持好奇态度的，看到其他答主推荐的高校大部分都是985、211高校，第一比较难考，第二对于新人来说不太友好（学校的名头容易盖过评价专业），所以这里给一些我的感受吧~看完我的答案再去看其他的答案应该就比较容易、或者有一些自己的标准了。
首先，要弄清楚对于一个本科生而言什么是最重要的。作为一只大四的老狗，我只想说除去个人努力的因素外，最重要的真的是你在这个专业的启蒙老师（专业课）老师的教学水平怎么样。厦门大学马马虎虎还算的上一个说得过去的大学吧，可是这个学校里的老师的教学质量（注意是教学质量）真的真的真的是参差不齐。有些老师上课可以妙语连珠让人忘记下课的时间，有些老师上课只知道念PPT，底下的学生要么昏昏欲睡要么度日如年；有些老师可以深入浅出非常轻松地说清楚很难的问题，有些老师讲一些简单的问题都能把人带进思维陷阱……相信我这是任何高校都或多或少存在的问题，这也是“大学大学，大不了自学”这句顺口溜的成因之一吧。（苦笑）
在学生的本职工作基础打好的情况下，再来考虑这个专业里的老师的科研能力对自己的作用会更加稳妥，因为无论出国、保研、直博，成绩永远都是第一位的（其他加分少得可怜，相信我）。但是值得一提的是，老师的人品、科研能力、教学水平、指导能力这四个评价维度没有相关性！自己科研做得好，不代表书教得好，不代表道德水平高，不代表指导学生的水平高，这一定要谨记！其他因素自己调换一下也成立。当然，还是有四项能力都爆表的老师（比如我导，顺带厦大生工的老师人品和科研都很不错！）存在的，不过比较稀有。
一个科研做得好的导师往往等同于优良的实验仪器、充足的试剂、毫不吝啬的一次性用品（手套、枪头等）、随时都可以请生物公司提供服务的底气等，虽然有上述条件不一定能做出好成果，但是太过于艰苦的实验室想做出好成果肯定更更更难。而且作为本科生在实验室的角色，往往是给师兄师姐打下手，能够自己承担科研任务的机会很少，所以更多情况下是对基础实验操作的训练和重复。想要做出非常好的有独创性的成果，还需要看老师和机遇。而且就我身边的同学来看，他们更多的时候会参加一些大学生创新创业训练项目或者学业竞赛，不太会像研究生或者博士生那样完整的做完一整个课题。至于向国家重点实验室等等条件就更是玄学了，像我们学校有很多的国家重点实验室，但是大部分我连门都没有踏进去过。这些实验室对于本科生的帮助其实并不大（对读研读博的同学比较重要）。
好了，听完老学长这些肺腑之言之后再来分析很多答主提到的专业排名究竟是什么、是怎么排出来的。根据教育部学科评估指标体系，评价理、工学门类的标准有四大块：师资队伍与资源、人才培养质量、科学研究水平和社会服务与学科声誉。具体评价标准见下表。
其实你会发现在这个评判标准里面，与本科生相关的标准其实并不多。尤其是在人才培养质量这一块，他们针对的是硕士与博士。对于老师，师资质量也仅仅是对于其教育水平、职称结构等等作为考量。而且课程教学质量评判标准是非常形式化的国家精品视频课等等，导师的指导质量也仅仅是通过问卷调查获得，所占的分值比重其实是非常小的。所以好的高校差的专业排名不一定低，差的高校好的专业排名不一样高。不要迷信排名，如何利用好手头资源和个人努力才是最重要的。
针对今年高考的同学总结一下、给一些建议。第一，要弄清楚生物工程专业的现状，在很多高生物工程是作为调剂专业的，对于那些分数不够选择专业，就想上高一点层次大学的同学来说，很有可能就会调剂到生物工程专业。如果面临这种情况的话建议把大学本科教育当作是通识教育，更多地去利用学校的资源。第二，如果高中成绩不太理想，但是想在生物工程专业有所建树、继续深造的话，那不妨去选择一个专业教学质量比较好的高校进行学习，等到研究生和博士生阶段，再换更好的学校。至于怎么评价一个学校老师教学质量的好坏，往往可以通过升学到更好高校的学生数目和比例判断，这些数据都是公开的，在各个学院的官网就可以查到。
如果各位看官还有更多的问题可以私信与我交流，谢谢！
作为一名资深生物狗，游荡于生物领域多年，我觉得我可以回答一下这个问题。
首先，生物工程是一个广阔的概念，它包括很多很多分支，比如发酵工程，结构生物学，合成生物学，生物信息学等等，所谓的生物工程强的学校不一定在生物的每一个领域都强，下面我来举下例子吧。
若非要看985/211以及学校排名的话，当然清北上交浙大的生物最好了，这个毋庸置疑，毕竟平台好，有钱，牛人就多了。下面我们说一些并不是那么有名但是生物方向还不错的几个学校吧。如果单方面看的话比如发酵工程上，最好的应该是江南大学，不知道大家有没有听说过。
这个位于太湖旁的无锡市的学校是一所实力挺强的211，学校景色也很美。它的发酵工程与食品科学专业全国排名第一，茅台集团董事长、青岛啤酒集团董事长等酿酒企业的董事长或总经理以及高层的总工程师们大都是这所大学毕业的，怎么样，如果你想在发酵方面有所成就，可以考虑这个学校哟！并且学校景色真的很好！
此外，天津大学的合成生物学也是相当的牛的。大家都知道天大的化学很好，所以生物制药方面就很牛了。所以如果有想从事生物制药方向的同学，可以考虑一下天津大学的生物学！
再有就是像山东大学的微生物技术，也是比较牛的，尤其是在纤维素降解方面一直是国内领先的。中国农业大学，南京农业大学，中国海洋大学的生物工程也都很不错，只不过偏农学海洋生物学方面。如果有兴趣的话可以留言一起探讨呀！
希望我的回答可以帮助到你。
如果说国内生物工程专业最厉害的大学，我觉得有很多，排在前面的就有上海交通大学，下面就从几个方面分别进行介绍。
1.师资力量
众所周知，上海交通大学的生物学科很厉害，主要还是因为师资队伍比较强大，在生物领域的知名教授有很多，其中就有中国工程院院士戴尅戎教授，是不是很惊喜~
戴教授在交叉学科方面成果显著，主要是负责人工关节与骨科生物力学的研究，还会涉及到计算机技术，完美的把生物知识和几个热门技术进行了结合，达到了多领域科研同时发展，已经获得了很多荣誉。真的是很厉害的一位教授。所以如果有幸到了上交深造，对力学有兴趣，完全可以与戴教授面对面交流。
3.学科方向与仪器
有厉害的老师当然也会有好的研究方向，在上交生物领域有微生物学、植物发育等方向，都取得了很多的重大成果。而且生物实验室内的仪器等都很先进，方便同学们进行课设、毕设研究学习，对于想要做科研的小伙伴们很有吸引力，也吸引了很多学生保研或者考研到上交学习。
说实话，做实验一方面是自己努力的结果，一方面实验仪器也很重要，资金不够或者仪器不够先进，对于实验结果有很大的影响，如果一直做不出来，也会强烈打击自己的信心。
就像顶级厨师做饭一样，什么都准备好了，最后炊具坏了或者不适合，肯定饭的口感会变差。
学习不同专业也是为了更好地就业或者进一步深造，上海交通大学位于上海这座大都市，首先上海周边有很多著名的生物企业，对于生物毕业生就业还有选择研发岗位都是很好的选择。
其次，中科院等研究所也很多，如果想要在上交读研、读博或者去其他研究所进一步学习，也是很方便的，再者，想要课余时间与朋友们一起出去吃喝玩乐，也是很棒的，不在上海当地玩，上海周边也有很多值得打卡的城市，所以地理位置也是加分的哦~
如果你喜欢生物工程这个专业，喜欢做实验，喜欢上海，那就一定可以选择上交，整体来说，上交真的是一个不错的选择。
