Question

怎么用perl fastq文件转换成fasta文件

我是个新手 想用Perl把fastq文件转换成fasta文件怎么做 最好有解释谢谢！

Answer 1

#! /usr/bin/perl -w  #启用perl
use strict;  #启用严格的语法提示
open (IN,"1.fastq")||die "open error!\n";  #打开数据源文件1.fastq，如果打开失败则终止并输出提示
open (OUT,">1.fasta")||die "open error!\n";  #打开输出文件1.fasta，如果打开失败则终止并输出提示
while (<IN>){#逐行读取数据源文件1.fastq内容
   print OUT ">",$1,"\n" if (/^@(.*)/);  #如果当前行内容以@开头，则将@换为>，后续内容不变
   print OUT $_ if (/^[ATGC]/);  #如果当前行内容以A或T或G或C开头，则输出改行内容
}  #其他fastq行内容不输出到输出文件
close (IN);  #关闭数据源文件
close (OUT);  #关闭输出文件

数据源文件内容：

输出结果：

Answer 2

如果目的是转换格式，有现成的工具：

如果目的是学习perl，对于没学习两种文件格式的人来讲一时半会看不懂两者之间的关系，以及如何变幻的，所以难以回答

最好碰到一个精通perl同时又是你这专业的人  才行