Question

RT-PCR设计引物，如何找到目的基因的保守区？

询问比较具体的步骤，谢谢

Answer 1

引物最好在模板cDNA的保守区内设计。 DNA序列的保守区是通过物种间相似序列的比较确定的。在NCBI上搜索不同物种的同一基因，通过序列分析软件（比如DNAman）比对（Alignment），各基因相同的序列就是该基因的保守区。

Answer 2

个人感觉rt的primer自己设计很麻烦，何不去查一下你要p的基因是不是有人报道过可用的rtpcr的primer呢？
你可以去RTPrimerDB、Primer Bank等网站去看看有没有在database中登记过的primer，直接合成就可以用了。
找不到的话，可以搜搜你要p的基因的文献，看看method，如果他做过rt，一定会有primer的。

好运。