零余额账户主要是指财政部门给本部门以及预算单位在商业银行开的账户，主要是用作财政直接支付以及财政授权支付和清算。
财政部门的零余额账户主要就是用于财政直接支付。这个账户每天发生的所有支付，在当天营业完毕之前需要和国库单一账户清算。如果营业中的单笔支付额5千万（含5千万）元以上的，就需要及时跟国库单一账户一起进行清算。
如果是预算单位的零余额账户用在行政单位、事业单位会计中的话，主要是用在财政授权支出。在当日营业完毕后，在当天这个账户所发生的支付需要在财政部批准的用款额度内，让代理银行以及国库单一账户一起进行清算。
