电子账册的其他问题
1、联网企业用于加工贸易的不作价设备仍采用加工贸易设备手册(D手册)管理。
2、联网企业海关管理类别调整为B类或C类后，可以在缴纳保证金(或保函)后，继续运行联网监管。
3、电子账册备案前，应先备案归并关系；电子账册变更前应先变更归并关系，始终保持归并关系中归并后数据与电子账册备案数据一致；拷贝归并后数据到电子账册功能才能正常使用。
4、海关通过“企业内部编号”+“经营单位代码”确定单证的唯一性。需要企业内部编号的单证有：经营范围、归并关系、电子账册、电子账册分册、报关清单、中期核查数据和数据报核，其中归并关系、电子账册。中期核查数据和数据报核的”企业内部编号”一致，其他内部编号都不能重复使用。
5、深加工结转：按照现行规定办理，仍需提交《深加工结转申请表》等纸面单证，手册号一栏填写电子账册(E账册)编号，不需办理深加工结转分册，经主管海关审核批准后，办理通关手续。
6、加工贸易货物内销：商务主管部门审批《加工贸易保税进口科件内销批准证》；填写《加工贸易货物内销征税联系单》等纸面单证，经主管海关审核批准后，办理通关手续。
海关总署45号公告，就加工贸易联网企业内销集中补税问题进行了明确。符合条件的企业，自2003年9月1日开始就可以申请按月度集中办理补税手续。
进口料件内销，首先应该到外经贸主管部门审批，对于已经取得《加工贸易保税进口科件内销批准证》的联网企业，其内销保税货物在核定的品种、数量和金额范围内，经联网企业申请并经企业主管海关同意，可按月度集中办理内销补税手续。
按月度集中办理内销补税手续的联网企业，在每个核销周期结束前，必须办结所有的内销补税手续。集中补税时要按规定征收缓税利息。缓税利息的计征日期按核销周期计算，按日计征，其起征日为上一核销周期核销日的次日(实施联网监管后从未核销的，为联网后首批料件进口之日)，截止日为海关补征税款之日。
7、联网企业出口退税：加工贸易企业办理出口退税时，税务部门要求企业提供纸质手册复印件。由于联网企业实行电子账册，无法提供纸质手册复印件。建议按照以下做法：国税部门凭外经贸部门出具的联网监管业务批准证复印件、企业的申请报告和海关出具的电子账册编号证明办理联网企业出口退税的备案手续，代替现行的逐个合同备案方案。联网企业加工贸易产品出口。
