基因组中:RefSeq是什么意思?

成难了4
2008-10-20 · TA获得超过7.1万个赞
知道大有可为答主
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就是参考序列。

NCBI 参考序列计划提供了校正的序列数据和相关的信息,给同行提供使用的标准。GenBank是一个序列的存储池,RefSeq数据库将是一个参考序列的非冗余集合,包括构建的基因组contig,mRNA,蛋白,和,在未来,整个染色体。RefSeq记录是有三种可以获得的状态:预测的,临时的和检查过的。检查过的记录代表了我们目前关于一个基因和它的转录子的知识的汇编。在检查的过程中,我们整合了更多的信息,只要是可以获得,如序列数据,发表物,命名,和特征注解,都来自于很多GenBank记录,人类基因组命名委员会,和OMIM。

最开始的RefSeq记录版本包括人类mRNA和蛋白参考序列。目前的范围只局限于人类序列

参考资料: http://www.blog.edu.cn/user3/distar/archives/2007/1790504.shtml

蓝色葡萄风信子
2008-10-21 · TA获得超过1892个赞
知道小有建树答主
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refseq序列是NCBI筛选过的非冗余数据库,一般可信度比较高,是NCBI数据库的参考序列
RefSeq 资 料 库 是 NCBI 将 GenBank 的 序 列 再 做 详 细 整 理 的 non-redundent 序 列 资 料 库 , 它 的 序 列 格 式 和 GenBank 几 乎 完 全 相 同 , 但 因 为 是 完 全 不 同 的 独 立 资 料 库 , 为 与 GenBank 区 别 , RefSeq 的Accession Number 格 式 和 GenBank 不 同 , 会 是 :
NT_123456 constructed genomic contigs
NM_123456 mRNAs
NP_123456 proteins
NC_123456 chromosome

假 使 得 到 的 output file 中 有 ref , 就 代 表 所 找 到 的 是 RefSeq 资 料 库 的 序 列 :
ref|NM_00014|A2M| Homo sapiens alpha-2-ma....

gi|4557284|ref|NM_00646.1|[4557284]
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