一、生物类型：
1、有无成形的细胞核来看：
细菌没有核膜包围形成的细胞核，属于原核生物；
真菌有核膜包围形成的细胞核，属于真核生物。
2、组成生物的细胞数目来看：
细菌全部是由单个细胞构成，为单细胞型生物；
真菌既有由单个细胞构成的单细胞型生物（如酵母菌），也有由多个细胞构成的多细胞型生物。
二、细胞结构：
细菌和真菌都具有细胞结构，属于细胞型生物，在它们的细胞结构中都具有细胞壁、细胞膜、细胞质，但却存在诸多不同，具体表现在：
1、细胞壁的成分不同：细菌细胞壁的主要成分是肽聚糖，而真菌细胞壁的主要成分是几丁质。
2、细胞质中的细胞器组成不同：细菌只有核糖体一种细胞器；而真菌除具有核糖体外，还有内质网、高尔基体、线粒体、中心体等多种细胞器。
三、细胞大小：
原核细胞一般较小，直径一般为1μm~10μm;
真核细胞较大，直径一般为10μm~100μm。
四、增殖方式：
细菌是原核生物，为单细胞型生物，通过细胞分裂而增殖，具有原核生物增殖的特有方式——二分裂；
真菌为真核生物，细胞的增殖主要通过有丝分裂进行，因真菌种类的不同其个体增殖方式主要有出芽生殖和孢子生殖等方式。
细菌和真菌的名称中均有一个“菌”字，同属微生物，但两者在生物类型、结构、大小、增殖方式和名称上却有着诸多不同。
真菌：是具有真核和细胞壁的生物； 真菌像细菌和微生物一样都是分解者，就是一些分解死亡生物的有机物的生物。真菌将生物分解为各类无机物，使土地肥力增强。
还有的真菌用于食物加工，例如酵母菌用于面包等加工，酿酒也需要真菌。 在农业、林业和畜牧业中，真菌又有有害的一面。真菌能引起植物多种病害，从而造成巨大的经济损失。
细菌：是属于原核型细胞的一种单胞生物,形体微小,结构简单，无成形细胞核、也无核仁和核膜，除核蛋白体外无其他细胞器； 细菌广泛分布于土壤和水中，或者与其他生物共生。人体身上也带有相当多的细菌。据估计，人体内及表皮上的细菌细胞总数约是人体细胞总数的十倍；
细菌的营养方式有自营及异营，其中异营的腐生细菌是生态系中重要的分解者，使碳循环能顺利进行。部分细菌会进行固氮作用，使氮元素得以转换为生物能利用的形式。
