一共有两个故事，分别是《黑衣社凉州案》（第1-18集），《漕渠魅影扬州案》（第19-48集）。
相关剧情：武周年间，正值盛世，然边事频仍，连年征战，守边将士军心不宁。军中缺饷，无力维持。此时的狄仁杰，正带领着李元芳和四大军头蜿蜒在去往凉州的山道中。狄公自连破崇州、蛇灵、江州等一系列大案后，几经恳请，终于得武皇允准回老家并州休养。
他想于回家的路上，绕道去看望凉州刺史曾泰并向他辞别。想到老朋友，想到诗酒相会笑谈功过，想到回乡远离纷争的朝事，想到专心务农垂钓汾水，狄公倒是颇感欣慰。但李元芳耿直地向他指出，他没有这等享清福的命。
雷鸣电闪，大雨如注。大运河长江通往淮水的邗沟水面波涛汹涌，白浪浊天。狂风暴雨之中，江淮盐铁转运使的运盐官船在邗沟覆没。一年之内，这已是第十五次了，数百运卒丧生，数百万石食盐没于水中。
而朝廷派去查察此事的官员均是无功而返，更有甚者，出漕调查的水部郎中李翰竟然在任上自缢身死。由于盐运受阻，扬州西北各地都已经发生了盐荒。武则天急召狄仁杰进宫，任他为江南道黜置大使，兼江淮都转运使，察查邗沟覆船大案。狄公带领李元芳、曾泰赶赴扬州。
经过艰苦卓绝的调查和推断，案情终于真相大白。所谓的邗沟覆船案，乃是铁手团纠集官府及绿林各道联手策划的巨大阴谋。首先铁手团派出杀手虎云，在邗沟将运盐船队凿翻，并将船上之人全部拖入水中溺死；而后出动水鬼将沉入水中的官盐盗捞起存。
紧接着派出大趸船将盐转运出境，而漕运使杨九成，则是为私盐转运提供一切便利，开据官凭路引，逃避巡河官的检查。
之后，扬州刺史崔亮、长史吴文登便利用职权威逼利诱淮北各地方官吏，遏止官盐入淮，人为地造成淮北盐荒。这样他们便独霸淮北盐市，明目张胆地将邗沟落水的官盐以高价发售到盐荒各县，以牟取暴利。
扩展资料
《神探狄仁杰3》分为《凉州案-黑衣社》和《邗沟案-漕渠魅影》两个惊险绝伦、触目惊心的故事组成。故事承接第二部，狄仁杰（梁冠华饰）自连破幽州、并州、蛇灵、江州等一系列大案后，几经恳请，终于得武皇（吕中饰）允准回老家并州修养。
然而就像护卫李元芳（张子健饰）所言，这看似颐养天年的平静中却蕴藏着更大的杀机与阴谋。本部历史侦探悬疑系列电视剧《神探狄仁杰》，已有四部推出，部部故事悬念迭出，情节扣人心弦，《神探狄仁杰5》也即将在2014与观众见面。
《神探狄仁杰》系列电视剧不仅融合扑朔迷离的悬疑剧情与恐怖的视觉元素为一身，更加入了李元芳与狄如燕的爱情、狄仁杰与曾泰的师生之情、以及武则天与狄仁杰的君臣际遇等情感戏码，使得本系列电视剧在惊险刺激的段段案件中增添了不少温情色彩。
参考资料来源：百度百科-神探狄仁杰3
唐武周年间，边事频仍，连年征战，大周朝国帑虚竭，守边将士军心不宁。
此时的狄仁杰，正带领着李元芳和四大军头蜿蜒在去往凉州的山道中。
狄公自连破幽州、并州、蛇灵、江州等一系列大案后，几经恳请，终于得武皇允准回老家并州修养。他想于回家的路上，绕道去看望凉州刺史曾泰并向他辞别。想到老朋友，想到诗酒相会笑谈功过，想到回乡远离纷争的朝事，想到专心务农垂钓汾水，狄公倒是颇感自慰。但李元芳耿直地向他指出，他没有这等享清福的命。
凉州刺史曾泰是狄公的门生，他接到了朝廷急报，说是西北马上要发生大地震，要他注意防震。曾泰立即组织防灾抗震事宜，及时疏散了城中的百姓。但当地震来临之时，仍然是房倒屋塌，损失惨重。想到大漠之中押运饷银的3000铁甲军，曾泰忧心如焚。万一他们出了事，那可是要塌天的。但是当派出的援军找到这支队伍时，军中所有的人都中了邪，围做几圈不停地欢歌狂舞，不论是谁只要停下来便立即身死。而他们押运的3000万两饷银，就仿佛像被沙暴席卷的沙丘一样，不翼而飞无踪可寻了。这惊天的变故令曾泰瞠目结舌战栗不已。案情发生，曾泰采取紧急措施，一方面封锁州境，盘查各商旅游众，没有签批不得擅离，发现可疑立即拘押。一方面驰报朝廷听后处置。这时，城中军中衙中都传言此案为黑衣社大神所为，曾泰鉴于百姓对黑衣社大神的迷信，要求众官注意舆论，控制事态，以防激起民变。
狄公及时赶到了，他批评曾泰对黑衣社的漠然不知，并立即对案情作了准确的推断。一场惊险绝伦的侦查与反侦查，控制与反控制的战斗，一场破获“死亡之神”和 “地狱行动” 的精彩战斗打响并层层翻滚推向高潮。最终，真正的黑衣大神现身了，她就是匪首小桃和薇儿。小桃得意地告诉狄公所谓“地狱行动”的全部设想，也告诉了他“死亡之神”和“地狱行动”的全部真相。这听起来真有些令人毛骨悚然，也颇有些大难临头的味道。然而，狄公却自信地笑了，并娓娓动听地讲了一个黑衣大神的“真正的故事”，这故事把匪首们都听傻了。
狄公从黑衣社的起源开讲，一直讲到她们此行的全部细节和态势，分析得丝丝入扣毫厘不爽。就在这时，外面响起惊天动地的喊杀声。狄公告诉匪首们，这是凉州卫大将军风扬率领各军卫铁骑进城擒杀黑衣社叛党的声音。匪首们顿时惊呆了。接着，狄公开始讲述他层层分析破解这一切的神奇经历，当最后讲到匪首小桃和薇儿以为黑衣社已经得手的种种情态，只是他用以迷惑黑衣社的骗局时，小桃绝望地昏倒过去。然而，薇儿扶住了她，因为狄公的故事还没有讲完。狄公终于讲到了最后的决战，讲到了双方力量的部署和战役胜败的变化，可谓有声有色，动魄惊心。当小桃和薇儿自知失败在即的时候，小桃拔剑抵住狄公企图做垂死挣扎。她的逼迫被李元芳轻易化解了。这时张环、李朗率队将院子团团围定，黑衣大神小桃和匪首薇儿束手成擒。狄公说生命可贵，只有尊重别人的生命，自己才有生存权。神是仁慈不嗜杀生命的，黑衣大神应该明白这一点。小桃说这个世界没有公平和仁慈可言，是非功过只有胜利者才有资格评判。狄公说所以你永远不会成为胜利者。
在小桃的最后请求下，她与薇儿和另外两个大户法自裁了。她们临死还抱着来世不渝的夺取甘凉的念头。狄公无奈地摇了摇头。曾泰问狄公为什么翠红院的暗道直通归义伯府而不通暗道网，狄公一语惊人，道出了一段鲜为人知的黑衣社祖先情感隐秘，那是一段饶有意味的故事------
凉州城终于恢复了她往日的繁华。只有被贴了封条的翠红院，狼藉荒荒，空空荡荡。镜头缓缓升起到房梁之上，梁柱之间，一只红蝙蝠静静地卧着。
第二个故事《邗沟案》
雷鸣电闪，大雨如注。大运河长江通往淮水的邗沟水面波涛汹涌，白浪浊天。狂风暴雨之中， 江淮盐铁转运使官船不幸在邗沟覆没。但这不是一桩偶然的事件。因为，这样的覆船事件在这一特殊的水段一年之内已经连续发生十五次了。结果是数百万石食盐损折，船毁人亡！而朝廷派去扬州查察此事的工部官员一批又一批，均是无功而返，可邗沟覆船的异事却是一次紧似一次。更有甚者，此番出漕调查的水部郎中李翰竟然在任上自缢身死。由于盐运受阻，西北各地军民所用食盐已呈紧张之势。而今，邗沟渠道已成死地，北运停止，盐荒已经发生了！武则天急召自凉州回京复命的狄仁杰进宫，改任他为江南道黜置大使，兼江淮都转运使，奉旨钦差，整饬吏制，察查邗沟覆船大案。狄公带领李元芳、曾泰赶赴扬州，经过艰苦卓绝的调查和推断，终于使全部案情真相大白。所谓的邗沟覆船案，乃是江湖巨恶铁手团纠集官府及绿林各道联手策划的巨大阴谋，首先铁手团派出杀在邗沟将江淮转运使运盐船队凿翻；而后，出动水鬼将沉入水中的官盐盗捞起存。紧接着派出大趸船将盐转运出境，而漕运使杨九成，则是为私盐转运提供一切便利，开据官凭路引，逃避巡河官的检查。之后，扬州刺史崔亮、长史吴文登便粉墨登场，利用职权威逼利诱淮北各地方官吏，遏止官盐入淮，人为地造成淮北盐荒。这样他们便独霸淮北盐市，明目张胆地将邗沟落水的官盐以高价发售到盐荒各县，以牟取暴利。好一张官匪合谋的大网啊，真是令人触目惊心！
盱眙的盐荒解决了，狄公命令自即日起，何家盐号关闭，全城百姓可到城里的另三家盐号买盐，盐价二十文一斗！官府的平盐令一发，立时举城震动，百姓们从四面八方赶到三家盐号购盐，那情景真是热烈，堪称造福一方，解民倒悬。不知谁在街道上放起了鞭炮，转眼之间，鞭炮之声响彻全城，死气沉沉的盱眙，终于复苏了。
狄公没有沉浸在一时的胜利之中，他乘胜组织举行卧虎庄会战，在洪泽湖宾馆遭遇了铁手团，扬州刺史崔亮、长史吴文登和漕运使杨九成也公开露了相。狄公认为来的不只是他们三个，果然，铁手团宗主大步走进门来，冷冷地望着狄公。他就是邗沟覆船的主谋也，也是鸿通柜坊之主——颖王元齐。最后的战斗动魄惊心， 武功盖世的元齐被李元芳杀死，铁手团属下除被杀者外，全部投降。隐藏最深的铁手团卧底林阳也落入法网，他就是一直跟随在狄公身旁的山阳县令鲁吉英。葛天霸虽身犯重罪，但关键时刻协助大军攻破卧虎庄，又主动将邗沟覆船失踪的官盐献出，并装上趸船，足见投诚之意。狄公依前言，特免其死罪，准居盱眙城中。
灾难深重的邗沟终于通航了！沉寂了两年的大运河，又喧嚣起来了。淮北终于可以吃到朝庭的官盐了。狄公望着宽阔的河面，心情久久不能平静。破案捷报传到洛阳，武则天读罢奏折缓缓起身，目光扫过下站群臣道：邗沟覆船已发两年有余，各部遣吏皆不能破，独狄怀英精缜谋查、俯仰事非，旬月便告功成，真是神乎其能啊。狄怀英折中所奏，一概照准。这时忽有内史姚崇快步出班奏道：日前接剑南道快报，益州地陷，露出上百具无头尸身。此事蹊跷诡异，地方官吏无从排查，因塘报阁部，请陛下定夺！武则天沉吟片刻道：立即传旨，召怀英、李元芳、曾泰回朝！
神三比起前两部更有人情味了 所以很值得大家的追随
相信09年的神四更让人期待！
参考资料： http://ent.sina.com.cn/v/2008-02-24/18021923235.shtml
2.扬州函沟案。刺史崔亮，长使吴文登，漕运使杨九成，颖王元齐（老钱演的），山阳县令鲁吉瑛...............都不是好人，慢慢看。。。。
参考资料： 我家电视
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《凉州案（黑衣社）》
《漕渠魅影(邗沟案）》
