剧场版3：《世纪末的魔术师中》
剧情介绍：在城堡中，柯南意外发现通往地下室的通道，在秘道中珠宝商乾被杀。而其他人在一个棺木中发现了第二个蛋，并明白了回忆之卵的真正含义。但专门狙击人右眼的神秘杀手“史考兵”也在人群之中。
他再次行动，目标是小五郎和小兰，刺杀失败后凶手抢走了彩蛋，并想烧毁城堡。柯南追赶凶手，在熊熊大火中，凶手露出了她的真面目。柯南在白鸟的帮助下逃出了火海。回家后小兰对柯南的真实身份再次起了疑问，正当柯南要说出真相时，新一出现了...
剧场版4：《瞳孔中的暗杀者》
剧情简介：毛利小五郎、柯南和众多警察参加白鸟警官妹妹的婚宴，席间突然停电，小兰和佐藤美和子警官都在厕所中，正当小兰拿起身旁的手电筒时枪声却响起，而佐藤警官也为了保护小兰而挨枪。听到枪声的小五郎等人涌入厕所时犯人却已不留痕迹地脱逃了。
这时，小兰却因承受不了佐藤警官重伤昏迷的打击，从而患了逆性健忘！虽然记不起身边的事，但却可以照顾自己的日常生活。失去记忆的兰不断受到犯人的攻击，为了找回记忆，众人带兰去热带公园，却误认为找到真凶而放松警惕。此时，找出真凶的柯南赶往乐园保护兰，最后在喷水池中，兰开始回忆起了和工藤新一的往事...
剧场版7：《迷宫的十字路口》
剧情简介：在东京某个位于西国立市的神社内，有三名可疑的男子正在密谈。突然有个戴着假面具的黑影男人出现，用日本刀和弓箭在瞬间将三人杀害；与此事件同时，大阪、京都也相继发生了杀人事件。
小五郎带着柯南、小兰和园子来到了京都。八年前，位于京都的古老寺院——山能寺中的一尊国宝级佛像遭到偷窃，寺院的住持委托他们解读一幅可以判断佛像藏匿地点的谜样的画像，因而请来了小五郎帮忙。
瞬间躲过袭击的柯南，看到那名男子后感到十分惊奇。那个男子竟是与工藤新一并称的西部高中生侦探——服部平次，同时也是少数知道柯南就是工藤新一的人物之一。
他也是为了追寻在大阪发生的窃盗集团成员被杀事件的真相而到达京都，总是在较劲的柯南与平次，这次为了查出事件的真相，决定联手进行调查，但是，两人万万没想到，戴着面具的黑影男人居然就出现在他们面前。
剧场版9：《水平线上的阴谋》
剧情简介：15年前的一个雾色浓稠的夜晚，在北大西洋的海上一艘正在航行中的货轮“第一八代丸”，撞上了前方巨大冰川发生事故沉没。万幸的是船上大部分人都逃过这一劫难，只有船长和一名船上的高级干部不幸罹难身亡。
为了不影响乘客的情绪，船上的晚宴仍然如期举办。在柯南的努力下，真相即将被揭发时却突然发生了重大意外，油轮的机房发生了大爆炸。犯人更在整艘油轮的主要机房内都安置了炸弹，整个船身不停摇晃，让船员和乘客都惊恐万分，全船600条人命，就悬于疯狂的犯人一念之间。
置身于无处可逃的大海上，引起了极大的恐慌和混乱，人们陷入了极度的不安中。更糟糕的是，这次连小兰也被卷入了危险里面，当然，片子的结果，依旧是正义战胜邪恶，柯南用他名侦探的推理救出了小兰，不过出人意料的是，这次掌握事件关键的，却是新一和小兰超越了时间的羁绊...
剧场版12：《战栗的乐谱》
剧情简介：不久之前发生了以音乐家为袭击目标的连续杀人事件，被害人均出身于原著名钢琴家领衔创建的一所音乐学院。柯南等一行人，受到了这位钢琴家的邀请，出席由他出资建造的音乐厅的落成典礼音乐会。
音乐会的亮点是巴赫弹奏过的管风琴和世界著名的斯特拉迪瓦里琴的音色，以及拥有绝对音感的天才歌手的歌声。可是，在音乐会正式举办前，陆续发生了许多可疑案件。而正式演出当天，柯南他们所在的音乐会会场突然发生了爆炸，陷入一片火海...
第1弹 引爆摩天大楼
第3弹 世纪末的魔术师（这个是KID扮的）
第7弹 迷宫的十字路口
第8弹 银翼的魔术师（这个新一是KID装的）
