Question

SSR标记的分类

Answer 1

目前发现的串联重复序列主要有两类：
一类是由功能基因组成的(如rRNA和组蛋白基因)；
另一类是由无功能的序列组成的。根据重复序列的重复单位的长度，可将串联重复序列分为卫星DNA、微卫星DNA、小卫星DNA等〔3〕。微卫星DNA又叫简单重复序列，指的是基因组中由1～6个核苷酸组成的基本单位重复多次构成的一段DNA，广泛分布于基因组的不同位置，长度一般在200bp以下。研究表明，微卫星在真核生物的基因组中的含量非常丰富，而且常常是随机分布于核DNA中〔15，38〕。在植物中通过对拟南芥〔7〕、玉米〔35〕、水稻〔11〕、小麦〔28，32，33〕等的研究表明微卫星在植物中也很丰富，均匀分布于整个植物基因组中，但不同植物中微卫星出现的频率变化是非常大的，如在主要的农作物中两种最普遍的二核苷酸重复单位(AC)n和(GA)n在水稻、小麦、玉米、烟草中的数量分布频率是不同的。在小麦中估计有3000个(AC)n序列重复和约6000个(GA)n序列重复，两个重复之间的距离平均分别为704kb、440kb〔32，33〕，而在水稻中，(AC)n序列重复约有1000个左右，(GA)n重复约有2000个，重复之间的平均距离分别为450kb、225kb〔41〕。另外在植物中也发现一些三核苷酸和四核苷酸的重复，其中最常见的是(AAG)n、(AAT)n〔15〕。在单子叶和双子叶植物中SSR数量和分布也有差异，平均分别为64.6kb和21.2kb中有一个SSR。研究还发现，单核苷酸及二核苷酸重复类型的SSR主要位于非编码区，而有部分三核苷酸类型位于编码区。另外在叶绿体基因组中，目前也报道了一些微卫星，以A/T序列重复为主〔3〕。