Question

如何通过比对得到若干条氨基酸序列的保守序列

Answer 1

首先,你要把这个基因的起始位点标出来,就给这么点序列,不好给你分析.上面的DNA序列也不像从头开始的啊.下面的RNA序列也不知道是从什么地方开始的.这段基因到底是在基因的什么位置?
设计realtimePCR引物,一般选择mRNA的前边部分,另外,你这段序列的长度也不够,一共才119bp,扩增出来也不好区分,建议设计长度在150bp左右或者到200bp左右.可以明显降低实验的难度.引物二聚体的大学基本都差不多100bp大小了.为了实验方便,可以重新设计一下.
至于你对比的序列,有一个缺失或者是多出来一个,都是有可能的,建议你从新做一些反转录,看看再扩增出来测序结果怎么样.并且有这么一个缺少或者插入,只要不是引物中间的,对引物的敏感性就没有明显影响.不影响realtimePCR试验的结果.