合金弹头6的角色一览
武器存储系统：是指玩家获得武器之后，只要不死、不将子弹打光就可以将该武器存储起来继续使用。在弹药数目奇少的6代，这一系统成为了保存实力对付皮厚单位（如BOSS）的救命稻草。
Rush Blast系统：从合金弹头6开始，主角下方会出现一个槽。随着打倒敌人，槽会不断扩充，最多可以攒到4个槽，每加一个槽打败敌人的分数会依次增加，依次为2、4、8、16倍。攒到4个之后，槽会开始慢慢减少，此时打死敌人后分数为16倍，并且敌人会不停地掉金币。使用不同的武器增加槽的速度有所差异。 军校模式（仅PS2可用）：从合金弹头6开始加入的新模式。玩家可以不断地完成目标击毙、俘虏营救、物资回收等任务，从而练习通关能力。
鉴赏模式（仅PS2可用）：分音乐库和图库两部分，收集了从合金弹头1开始到合金弹头6的数百幅原画手稿和所有的原声音乐，被弹头粉丝赞为合金弹头6“最有诚意的部分”。 合金弹头6的一个最大的全局变动就是利用乘物无敌这一特性的难度变大了。由于判定进入Slug机车的范围大幅变“矮”，主角在跳起后要经过更长的时间才能进入机车，况且进入机车后机车的无敌时间被削减了一半以上（此前进入机车之后闪光无敌的部分被全部移除），想要通过跳进跳出机车来保全自己的难度变得非常之大。此外，此前作品中Slug机车能够下降到判定主角摔死地形的BUFF也被移除，取而代之的是机车一旦下降到判定主角应该摔死的地形，那它就会自动爆炸，连带炸死机车内的主角。
弹药数的变动也十分明显。Hard难度下，武器拾取的弹药数变成和Bullet物品增加的弹药数一致（2H除外），这使得武器弹药数大幅下降，如何分配有限的弹药来最大化打击效果也成为了通关时要考虑的问题，而当蜂拥而上的敌人将原本就少的弹药迅速消耗完毕后，拼的就是谁的按键速度更快、保持更持久了。这一设定在7代改了回来。
此外还有一些小的变动，比如主角在移动时上半身上下抖动的效果移除，跳起时腿不弯（这一违背力学原理的设计在7代也改了回来）等。当然也修复了前作的一些BUG，如2H的Bullet只加10点等。
