两线车站均为地下线,6号线为地下三层岛式车站,9号线为地下二层岛式车站,9号线位于6号线上方。地下一层为站厅层,在两线交叉处设置公共站厅。9号线部分地下二层为站台层,6号线部分为设备层,设置变电站和风道。地下三层为6号线站台层。
9号线换乘6号线的客流从交叉处的扶梯下楼即到达6号线站台;6号线换乘9号线的客流需先到站厅再进入9号线站台。车站楼梯和扶梯沿客流方向布置以缩短换乘距离。
白石桥南站共有6个出入口通道,开放7个出入口。
本站出口为:A、E (西北);B、C1 (东北);C2(东南);G(西南)
