Question

同源比对后设计，是氨基酸比对好些，还是CDS比对好

Answer 1

同源比对后设计，是氨基酸比对好些，还是CDS比对
最好还是使用CDS序列来做比对，然后根据保守区设计简并引物，CDS两端的非翻译区在物种间变化太大，不适合设计引物。
把获得各个物种的CDS做成fasta格式的，序列最好处理成纯序列格式的不含其它任何字符。然后用比对软件比对一下，如mega，DNAman或者是vector NTI里的比对工具都可以做比对。
在比对结果里找到非常保守的区域就可以设计简并引物了。
设计的简并引物可以根据经验公式自个算Tm值。不用计较打分的问题。因为你只能在保守区设计引物。
图是做的DNA序列比对，有保守区和不保守区。我觉得，引物的3'端最好位于最保守的区域。