Question

如何用mega做多重序列比对分析

Answer 1

使用mega5，对已知的多重序列制作系统进化树——NJ图和MP图。
邻接距离矩阵法( NJ)在系统发育树构建中应用最为广泛，可以较快的构建系统树，同时也比较适合于分析较大的数据集，并可以很快地进行自展检验，但缺点是分析的进化距离不能太大。
最大简约法(MP)不需要距离法或似然法在处理核苷酸替代时所必需的假设，因此当序列分歧度较低时使用MP法即可获得更可靠的系统树。