1、来源不同
种皮是由胚珠的珠被发育而来，是种子外面的结构；果皮是由子房壁发育而来，是果实外面的结构。
2、部位不同
通常食用果肉部分的果实，外包果皮，内中如有种子，外面会有一层种皮。如梨的最外层为果皮，和梨核内的种子外面为种皮。
3、分类不同
成熟的果皮通常可分为外果皮、中果皮、内果皮3层，但由于果实类型的不同，3层果皮变化很大。
各植物的种皮不同，裸子植物和被子植物合瓣花类是由一层构成的；离瓣花类和单子叶植物是由二层构成的，由二层构成的种皮，特分为内种皮和外种皮。
参考资料来源：百度百科-果皮
参考资料来源：百度百科-种皮
