Question

我想求一个perl程序，从参考基因组中提取符合某个特定条件的序列！如

我想求一个perl程序，从参考基因组中提取符合某个特定条件的序列！如从人类基因组中取得符合aattccggat特征的序列并记录染色体和位置信息，该怎么写脚本？

Answer 1

use strict
if(@ARGV!=3){
    print "$0 input_reference_fasta   sequence output.txt";
}
$ARGV[1]=uc($ARGV[1]);
$/=">";
open FA,$ARGV[0] or die;
open OUT,">$ARGV[2]" or die;
while (<FA>){
    chomp;
    next if(/^$/);#空行
    my ($chr,$seq)=split/\n+/,$_,2;
    $seq=~s/\s+//g;
    $seq=uc($seq);
    while($seq=~m/$ARGV[1]/){
        print "$chr\t",pos($seq),"\n";
    }
}
close FA;
close OUT;