Question

PCR扩增目的基因大小为2500bp,但琼脂糖凝胶电泳检测发现没有扩增出目的基因？

Answer 1

麻烦提供更多信息，按照你目前的情况分析有以下几个原因：

1、原因分析：

1）引物特异性不好，不能有效扩增目的片段。

2）PCR程序设置有问题，95℃ 10min，中间加上循环程序就可以了，根据扩增酶的特性进行设计

                                       95℃ 45s

                                       60-62℃ 30-45s

                                        72℃    90s左右（延伸时间根据扩增酶效率微调）

                                         72℃   5min

3）正常情况下，模板应该是没有问题，不过也不能排除这个因素；

2、建议：

1）正式实验时，建议做阳性对照和阴性对照，排除实验中的污染和不确定因素，

2）琼脂糖凝胶时，建议同时跑基因组DNA和实验中的阳性样本，加上maker，自然就可以找到是什么问题了。

Answer 2

如果有Marker，排除胶的原因（比如忘记加核酸染料），那么就可以认为是扩增失败。
1.重新优化扩增条件重新扩增
2.重新设计引物序列
3.更换扩增模板