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第1集 云霄飞车杀人事件
会现场发生山崎总经理被害事件。解决这个事件的是以福尔摩斯式的推理能力而声名大噪的高中生侦探——工藤新一。在和青梅竹马的毛利兰一起去游乐园玩、乘坐云霄飞车时一名男子惨遭杀害……
第128集 黑暗组织10亿元抢劫事件
小五郎他们去银行，柯南看到了抢劫运钞车的强盗，强盗逃走了。然后，在河边发现了逃走的车子。有疑问的柯南去了银行职员广田雅美的家。
第129集 来自黑暗组织的女子
柯南的班级转来了灰原哀。隔壁班级的一个男孩因为哥哥下落不明而来委托少年侦探团。寻找的时候发现了一个黑衣女子的身影……。那个组织的真面目到底是？然后，博士，灰原和柯南去广田教授家拿软盘，可是……
第176集 与黑暗组织的再会（灰原篇）
柯南和小哀在放学的途中看到了和琴酒的车一样的车……！柯南在车上放了窃听器。车子的主人果然是琴酒。窃听器被琴酒发现后毁掉了。仅仅留下了在杯户城市酒店会有什么事发生的线索。
第177集 与黑暗组织的再会（柯南篇）
柯南和小哀去了杯户城市酒店。杯户城市酒店内举办的酒卷昭的怀念会上发生了杀人事件
第178集 与黑暗组织的再会（解决篇）
柯南找到犯人的线索。但是混杂在人群中的小哀被什么人带走了！回到原来雪莉的身体的小哀，琴酒和伏特加来到了关她的房间，她从壁炉的烟囱里想办法逃了出来……。柯南分析出了皮斯可的真面目，为了救出小哀跑向关她的房间，然后皮斯可出现了。
第230集 谜样的乘客1（这两集是有贝尔摩德出现，不算对决吧）
GIN与VODKA在密谈，然后又来了VERMONT。博士与少年侦探团坐巴士汽车去滑雪旅行。途中站上又有其他客人和新出医生、朱蒂老师一同上车
第231集 谜样的乘客2
突然灰原开始颤抖……这时有个两个男人持枪劫持巴士。柯南等人遇到了巴士劫持，柯南发现到除了这两个男人之外还有一名同伙。劫持犯以为可以无事脱逃却不意启动了炸弹的起爆装置。灰原还在巴士中……
第286集 工藤新一New York 事件1 同上面“( )”
柯南解决了横滨中华街的事件，但小兰发起高烧病倒了。在意识恍惚中，小兰的脑海中浮现了带着黑帽子的男子赤井、新一、及美国女演员莎洛比亚德的形象。
第287集 工藤新一New York 事件2
小兰想起了以前是在纽约，自己和新一遇见莎洛比亚德并遭遇到事件的时候见过赤井。那是2人前去见住在美国的新一父母时候的事情。
第288集 工藤新一New York 事件3
新一的妈妈有希子开着“美洲豹”疾驰在纽约的街头。她拿到了在百老汇好评如潮的音乐剧《金苹果》的入场券，正赶往剧场前去观看。
第309集 和黑暗组织的再会（交涉篇）
系统工程师板仓可能与黑色组织有关。柯南得到了他留在MO上的日记，到阿笠博士家的电脑上打开日记。日记中详细记载了板仓与黑色组织接触的经过。
第310集 和黑暗组织的再会（追击篇）
板仓屈从组织的胁迫，同意买给对方正在开发中的系统程式，并知道他为交付的日期所迫。柯南考虑冒充板仓氏参与交涉。
第311集 和黑暗组织的再会（决死篇）
柯南为了和黑色组织进行交涉搭了过路的顺风车匆忙赶向东京，但那辆车却是宝石强盗犯逃走乘坐的车辆。接近目的地时，柯南使用麻醉枪和新武器--足球射出腰带，将宝石强盗犯关在了车里。柯南拜托阿笠博士善后，独自一人走向了交易的现场。
第338集 4台保时捷1 同上面“( )”
柯南和阿笠博士带发烧的哀去东都百货附近的诊所。在地下停车场与4台保时捷车主相识。他们同乘一部车去打高尔夫球。但是其中有一个人喝醉了，其他人去了百货商店。随即这个喝醉酒男子的尸体被发现。柯南阿笠博士带着发烧的小哀去医院方向，在东都百货的地下停车场遭遇杀人事件。
第339集 4台保时捷2
被害者是乘保时捷打高尔夫球回来途中的其中一人。目暮警部分别调查3人，事件发生时的不在场证明成立，3个人的保时捷车内照片被柯南发现…
340 厕所隐藏的秘密（前篇） （和黑暗组织有关但不大）
柯南、哀和阿笠博士一起去儿时朋友出岛的家。但是出岛却被什么人给毒杀了。哀认为是黑暗组织干的而感到不安。柯南却予以否定。认为是出岛的设计事物所里工作的设计师所犯下的案件。
341 厕所隐藏的秘密（后篇）
柯南、哀和阿笠博士一起去儿时朋友出岛的家。但是出岛却被什么人给毒杀了。哀认为是黑暗组织干的而感到不安。柯南却予以否定。认为是出岛的设计事物所里工作的设计师所犯下的案件。
第345集 与黑暗组织直面对决—满月之夜的二元推理
毛利侦探事物所突然收到一封假面宴会的邀请函。工藤新一也收到了同样内容的挑战书。而且里面还有一封“给江户川柯南”的信。毛利小五郎接受了挑战和园子一起来到了设在幽灵船上的宴会场。那里出现一名自称工藤新一且化装成透明人的男子。在船上宴会主办者“幽灵船长”被杀了。同时灰原也面临着前所未有的危机…
第425集 被组织的魔掌触碰的瞬间
小五郎在与播音员水无怜奈的对话中得知她被恶作剧的门铃所困扰一事，便与柯南及兰一同前往怜奈的家。 小五郎等人虽然抓到了犯人,但此时，柯南却从安装的窃听器中觉察到怜奈实际是黑色组织同党一事。 随后，黑色组织制定了于下午1点在edayP暗杀一个代号为DJ的人的计划。密切关注着怜奈的FBI探员朱蒂决定联手柯南，为了阻止暗杀计划，就要知道ADP和DJ的意思是什么，随即展开了推理…
第462集 黑暗组织的影子 年幼的目击者（这四集还是和黑暗组织有关而已）
本堂瑛佑来到毛利侦探事务所。忽然，柯南注意到自己看过的漫画杂志上有关著名音乐家－板垣ROCK的报道。兰也想起了ROCK的歌迷园子所说的话。当时园子认为，ROCK出道不足1年便中途隐退、一定是有原因的。
不久，柱谷及其儿子阿巧来到了事务所。而且，阿巧竟然说他亲眼目睹了ROCK从桥上坠落……。
第463集 黑暗组织的影子 奇妙的照明
一听说是在堤无津川发现著名音乐家板垣ROCK的尸体的，柯南等人与目击者阿巧急忙赶往现场。可是，阿巧已经记不清是在杯户新桥、杯户中央桥、还是杯户大桥，因此众人难以展开搜查。
后来，阿巧说他记得那名男子的手臂上刻着印度时代的乐队的记号。于是，柯南等人立即前往ROCK的歌迷刺青的商店……。
第464集 黑暗组织的影子 谜样的高额报酬
早晨，小五郎、柯南、小兰、本堂瑛佑来到楼下的波洛咖啡馆。本堂说在一个个人主页的站长日记中，发现了一件类似福尔摩斯的小说《红发联盟》中的事件。日记上写着这是一件会有很高报酬的工作。
工作只是一件与垃圾回收有些关联的事情，但是每次可以得到5万日元的回报。柯南等人认为这项工作存在很多疑点，决定前往放置垃圾的场所一探究竟…。
第465集 黑暗组织的影子 珍珠的流星
在垃圾场附近发生了枪杀事件。受害者是住在附近的船本兼世。由于有贵重金属丢失，警方认为抢劫的目的很明确。但是，被害人的儿子透司说是由于母亲说出了交通事故的真相，所以被杀人灭口了。透司是水无怜奈那起交通事故的目击者。 但是，柯南用别的事情替换掉了不能让目暮等人了解的事故真相。此后，柯南等人离开事件现场，前往受害人兼世的家…。
第492集 红与黑的碰撞开始
柯南将取得了本堂瑛佑小时候和父亲的照片一事，及本堂的父亲等人的会话内容在电话里告知了平次。2人觉得本堂的父亲与黑色组织之间似乎有某些关联。电话后，柯南与小兰、园子一起前往西米花医院看望初中时的同学。探望后出来，园子在医院的走廊看见了本堂。本堂手持水无怜奈的照片向护士打听着什么…。
第493集 红与黑的碰撞血缘
柯南他们拿出了本堂的姐姐的照片，庵野说很像怜奈年轻时候的样子。庵野还特地确认了以前的录像带，录像带的内容是工厂爆炸事故的新闻报道。因为需要输血，护士在寻找AB型血的人，此时，怜奈出现在屏幕中，称自己是AB型血。于是，本堂说怜奈不是自己的姐姐。此时，柯南想起本堂曾经说过他的血可以输给任意其他人的事情...
第494集 红与黑的碰撞绝叫
奥平角藏委托小五郎调查1年前儿子锻吾不幸身亡的事件，他认为凶手就是家中的某个人。事件发生的当天晚上19点到24点，角藏和妻子咏子、佣人菊代、管家濑川一起在房间里观看录像带。就在这段时间里，儿子锻吾溺死在家中的池子里。死亡时间推定为晚上21点到22点。听了奥平角藏的叙述，小五郎认为凶手不可能是家里的人…。
第495集 红与黑的碰撞冥土
上吊致死的角藏的脚边，放着一本名为《来自黄泉的杀手》的书。封面上的“黄泉”两个字沾有大量血迹，而且还有用血写成的像是平假名“こ”的字。目暮警官等人认为这是死者留下的死亡讯息，于是推断凶手便是死者家中的某一人。就在警官一一确认众人的不在场证明时，柯南留意到了桌上角藏的便条本…。
第496集 红与黑的碰撞昏睡
柯南跟灰原说，本堂瑛佑的姐姐不是水无怜奈。回家后，柯南从兰那里得知，进入寒假后本堂就不见了。而寒假前，本堂曾经跟兰说过，在杯户中央医院找到了水无怜奈的线索。柯南认为本堂已经知道了水无怜奈住入的医院了。可是，本堂说的线索，是关于他父亲的，他似乎找到了他父亲公司里的同事…。
第497集 红与黑的碰撞侵入
杯户中央医院的护士告诉柯南，本堂瑛佑曾经在另一家医院做过大手术。本堂得的好像是白血病，在举家搬迁到大阪前，在医院里做了手术。之后，FBI的詹姆斯报告说，已经查出了3位嫌疑犯，可能是潜伏在医院的组织成员。这3个人分别是，右脚骨折的新木张太郎、颈椎扭伤的楠田陆道、急性腰痛的西矢忠吾。詹姆斯他们想尽办法找出真正的黑衣组织成员…。
第498集 红与黑的撞击搅乱 银色子弹的怒吼 赌上侦探之名的决意
几乎是在同时，医院附近发生了集体食物中毒、异味气体泄漏、火灾3件突发事件。那时，医院里又收到了寄给詹姆斯的快递。寄件人竟然是与黑衣组织相关的、已经自杀的楠田！包裹里是一个洋牡丹的盆栽植物。之后，3件突发事件中受伤的病人涌入医院，造成守在门口的FBI成员无法一一确认身份，一片混乱。此时，赤井发现了设置在盆栽中的炸弹…。
499红与黑的撞击 伪装
60多个伪装成看望病人的礼品的炸弹，被黑衣组织送进了杯户中央医院。FBI搜查官们不得不在各个病房中回收炸弹，这时，病房里的电视节目中出现了身着病服的水无怜奈的画面。大吃一惊的FBI搜查官们一同赶往了水无怜奈的病房，发现她好好地躺在病床上。原来，电视里播放的画面是用以前的图像合成的。黑衣组织通过炸弹上装的发信装置，确定了水无怜奈病房的位置。詹姆斯察觉到中了黑衣组织的计谋，决定实行最后一套方案…。
500红与黑的撞击 遗言
FBI兵分3路，企图将基尔（水无怜奈）带出医院。琴酒准确地判断出基尔（水无怜奈）在3号车上，并追踪而去。3号车的司机卡梅尔想要甩开组织的跟踪，撞上了路边的栏杆。水无怜奈突然出现在副驾驶座上，千钧一发之际，3号车突然爆炸了…！？
501 红与黑的撞击 嫌疑
柯南和元太、步美、光彦、阿笠博士、灰原一起去新米花宾馆吃自助餐。途中，柯南跟灰原说起了这次的事情。到达宾馆后，柯南他们发现高木刑警也开着巡逻警车来了。据说，在宾馆发生了杀人事件。被害人是位于宾馆39楼的艺人事务所所长，好像是秘书发现了上半身中了好几枪的所长…。
502 红与黑的撞击 洁白
嫌疑犯是托比?凯3/2 假面戏剧中隐藏的恶意
2/23 真凶送来的礼物
2/16 讨厌的蓝色火花（后篇）
恩斯，哈鲁?巴库那，FBI的CAMEL探员三人中的一人。随后，千叶刑警在屋顶的用具里雨衣、手套、手枪后，秘书伊莉娜也成了嫌疑犯中的一人。调查遗体后，柯南决定从似乎握着什么的右手着眼调查。随后发现桌子上的备忘录用纸和钢笔杆。而此时，GIN为了消除疑虑，向Kir传达了让赤井秀一从这个世界上消失的命令。
503红与黑的撞击 决死
须内的被杀事件，调查工作一度没有进展，随着时间的推移，嫌疑犯哈尔?巴库纳和秘书率先获得了自由，回到自己的工作岗位，托比对此无法理解。
之后，柯南发现了犯人拿走备忘录的原因，并跟目暮警官说自己知道了识别出犯人的办法。这个办法就是准备好4把椅子，然后念出一句咒语，犯人就会自动现身。
目暮警官让4位嫌疑犯集合在一个房间里，并让他们站在4把椅子前，对他们念出了那句咒语......
504红与黑的撞击 殉职
赤井秀一和基尔按照约定在来叶崖碰头。之后，基尔用手枪射穿了赤井的肺部。通过监控关注事态发展的琴酒对基尔下命令，要她彻底解决赤井秀一。基尔再次将枪对准了赤井的头部，并开枪射击。由于远处传来警车的鸣笛声，基尔在赤井的尸体旁放置了炸弹之后，便驾车离去。当警车就要靠近赤井的车的时候，炸弹爆炸了......
剧场版
通往天国的倒计时
终于那些家伙全员出动，看不见出口的杀人游戏，现在，终于开始…… 危险的陷阱让时间陷入停止。 那些黑衣人的背后拥有凶恶的阴谋，这些家伙目的到底为何？？ 而且，灰原哀真正的真面目有是如何呢？雪莉在电话中说：“任务已进行完毕。” 以地面上300公尺的摩天大楼为死亡舞台，魔鬼般的手正在暗处悄悄伸向柯南！……
柯南一行人及高木老弟前往超高层摩天大楼参加落成典礼，另一方面，大概知道叛徒雪莉还活著现身在这典礼上，黑衣组织全员出动，在这典礼上杀害数条人命，同时命令伏特加暗中地进行另一项破坏计画，那就是将这大楼给炸毁,不留活口。在一栋300层的双摩天大楼里，伏特加引爆大楼里的变电器，使得整栋大楼大停电，引起大家的恐慌，纷纷透过空中走廊逃往隔壁大楼避难，唯独小兰困在该大楼而没逃出来，空中走廊被爆炸的威力给炸断，但又必须救出小兰，因此柯南利用他的滑板飞越这天际到爆炸的大楼里，成功地将小兰给救出，但走廊炸断了，滑板也无法让两人成功地飞越这天际，小兰便想到利用蹦极的方法带著柯南从高处往下跳……
参考：http://zhidao.baidu.com/question/86045629.html?si=6&pt=sobar_ik
会现场发生山崎总经理被害事件。解决这个事件的是以福尔摩斯式的推理能力而声名大噪的高中生侦探——工藤新一。在和青梅竹马的毛利兰一起去游乐园玩、乘坐云霄飞车时一名男子惨遭杀害……
第128集 黑暗组织10亿元抢劫事件
小五郎他们去银行，柯南看到了抢劫运钞车的强盗，强盗逃走了。然后，在河边发现了逃走的车子。有疑问的柯南去了银行职员广田雅美的家。
第129集 来自黑暗组织的女子
柯南的班级转来了灰原哀。隔壁班级的一个男孩因为哥哥下落不明而来委托少年侦探团。寻找的时候发现了一个黑衣女子的身影……。那个组织的真面目到底是？然后，博士，灰原和柯南去广田教授家拿软盘，可是……
第176集 与黑暗组织的再会（灰原篇）
柯南和小哀在放学的途中看到了和琴酒的车一样的车……！柯南在车上放了窃听器。车子的主人果然是琴酒。窃听器被琴酒发现后毁掉了。仅仅留下了在杯户城市酒店会有什么事发生的线索。
第177集 与黑暗组织的再会（柯南篇）
柯南和小哀去了杯户城市酒店。杯户城市酒店内举办的酒卷昭的怀念会上发生了杀人事件
第178集 与黑暗组织的再会（解决篇）
柯南找到犯人的线索。但是混杂在人群中的小哀被什么人带走了！回到原来雪莉的身体的小哀，琴酒和伏特加来到了关她的房间，她从壁炉的烟囱里想办法逃了出来……。柯南分析出了皮斯可的真面目，为了救出小哀跑向关她的房间，然后皮斯可出现了。
第230集 谜样的乘客1（这两集是有贝尔摩德出现，不算对决吧）
GIN与VODKA在密谈，然后又来了VERMONT。博士与少年侦探团坐巴士汽车去滑雪旅行。途中站上又有其他客人和新出医生、朱蒂老师一同上车
第231集 谜样的乘客2
突然灰原开始颤抖……这时有个两个男人持枪劫持巴士。柯南等人遇到了巴士劫持，柯南发现到除了这两个男人之外还有一名同伙。劫持犯以为可以无事脱逃却不意启动了炸弹的起爆装置。灰原还在巴士中……
第286集 工藤新一New York 事件1 同上面“( )”
柯南解决了横滨中华街的事件，但小兰发起高烧病倒了。在意识恍惚中，小兰的脑海中浮现了带着黑帽子的男子赤井、新一、及美国女演员莎洛比亚德的形象。
第287集 工藤新一New York 事件2
小兰想起了以前是在纽约，自己和新一遇见莎洛比亚德并遭遇到事件的时候见过赤井。那是2人前去见住在美国的新一父母时候的事情。
第288集 工藤新一New York 事件3
新一的妈妈有希子开着“美洲豹”疾驰在纽约的街头。她拿到了在百老汇好评如潮的音乐剧《金苹果》的入场券，正赶往剧场前去观看。
第309集 和黑暗组织的再会（交涉篇）
系统工程师板仓可能与黑色组织有关。柯南得到了他留在MO上的日记，到阿笠博士家的电脑上打开日记。日记中详细记载了板仓与黑色组织接触的经过。
第310集 和黑暗组织的再会（追击篇）
板仓屈从组织的胁迫，同意买给对方正在开发中的系统程式，并知道他为交付的日期所迫。柯南考虑冒充板仓氏参与交涉。
第311集 和黑暗组织的再会（决死篇）
柯南为了和黑色组织进行交涉搭了过路的顺风车匆忙赶向东京，但那辆车却是宝石强盗犯逃走乘坐的车辆。接近目的地时，柯南使用麻醉枪和新武器--足球射出腰带，将宝石强盗犯关在了车里。柯南拜托阿笠博士善后，独自一人走向了交易的现场。
第338集 4台保时捷1 同上面“( )”
柯南和阿笠博士带发烧的哀去东都百货附近的诊所。在地下停车场与4台保时捷车主相识。他们同乘一部车去打高尔夫球。但是其中有一个人喝醉了，其他人去了百货商店。随即这个喝醉酒男子的尸体被发现。柯南阿笠博士带着发烧的小哀去医院方向，在东都百货的地下停车场遭遇杀人事件。
第339集 4台保时捷2
被害者是乘保时捷打高尔夫球回来途中的其中一人。目暮警部分别调查3人，事件发生时的不在场证明成立，3个人的保时捷车内照片被柯南发现…
340 厕所隐藏的秘密（前篇） （和黑暗组织有关但不大）
柯南、哀和阿笠博士一起去儿时朋友出岛的家。但是出岛却被什么人给毒杀了。哀认为是黑暗组织干的而感到不安。柯南却予以否定。认为是出岛的设计事物所里工作的设计师所犯下的案件。
341 厕所隐藏的秘密（后篇）
柯南、哀和阿笠博士一起去儿时朋友出岛的家。但是出岛却被什么人给毒杀了。哀认为是黑暗组织干的而感到不安。柯南却予以否定。认为是出岛的设计事物所里工作的设计师所犯下的案件。
第345集 与黑暗组织直面对决—满月之夜的二元推理
毛利侦探事物所突然收到一封假面宴会的邀请函。工藤新一也收到了同样内容的挑战书。而且里面还有一封“给江户川柯南”的信。毛利小五郎接受了挑战和园子一起来到了设在幽灵船上的宴会场。那里出现一名自称工藤新一且化装成透明人的男子。在船上宴会主办者“幽灵船长”被杀了。同时灰原也面临着前所未有的危机…
第425集 被组织的魔掌触碰的瞬间
小五郎在与播音员水无怜奈的对话中得知她被恶作剧的门铃所困扰一事，便与柯南及兰一同前往怜奈的家。 小五郎等人虽然抓到了犯人,但此时，柯南却从安装的窃听器中觉察到怜奈实际是黑色组织同党一事。 随后，黑色组织制定了于下午1点在edayP暗杀一个代号为DJ的人的计划。密切关注着怜奈的FBI探员朱蒂决定联手柯南，为了阻止暗杀计划，就要知道ADP和DJ的意思是什么，随即展开了推理…
第462集 黑暗组织的影子 年幼的目击者（这四集还是和黑暗组织有关而已）
本堂瑛佑来到毛利侦探事务所。忽然，柯南注意到自己看过的漫画杂志上有关著名音乐家－板垣ROCK的报道。兰也想起了ROCK的歌迷园子所说的话。当时园子认为，ROCK出道不足1年便中途隐退、一定是有原因的。
不久，柱谷及其儿子阿巧来到了事务所。而且，阿巧竟然说他亲眼目睹了ROCK从桥上坠落……。
第463集 黑暗组织的影子 奇妙的照明
一听说是在堤无津川发现著名音乐家板垣ROCK的尸体的，柯南等人与目击者阿巧急忙赶往现场。可是，阿巧已经记不清是在杯户新桥、杯户中央桥、还是杯户大桥，因此众人难以展开搜查。
后来，阿巧说他记得那名男子的手臂上刻着印度时代的乐队的记号。于是，柯南等人立即前往ROCK的歌迷刺青的商店……。
第464集 黑暗组织的影子 谜样的高额报酬
早晨，小五郎、柯南、小兰、本堂瑛佑来到楼下的波洛咖啡馆。本堂说在一个个人主页的站长日记中，发现了一件类似福尔摩斯的小说《红发联盟》中的事件。日记上写着这是一件会有很高报酬的工作。
工作只是一件与垃圾回收有些关联的事情，但是每次可以得到5万日元的回报。柯南等人认为这项工作存在很多疑点，决定前往放置垃圾的场所一探究竟…。
第465集 黑暗组织的影子 珍珠的流星
在垃圾场附近发生了枪杀事件。受害者是住在附近的船本兼世。由于有贵重金属丢失，警方认为抢劫的目的很明确。但是，被害人的儿子透司说是由于母亲说出了交通事故的真相，所以被杀人灭口了。透司是水无怜奈那起交通事故的目击者。 但是，柯南用别的事情替换掉了不能让目暮等人了解的事故真相。此后，柯南等人离开事件现场，前往受害人兼世的家…。
第492集 红与黑的碰撞开始
柯南将取得了本堂瑛佑小时候和父亲的照片一事，及本堂的父亲等人的会话内容在电话里告知了平次。2人觉得本堂的父亲与黑色组织之间似乎有某些关联。电话后，柯南与小兰、园子一起前往西米花医院看望初中时的同学。探望后出来，园子在医院的走廊看见了本堂。本堂手持水无怜奈的照片向护士打听着什么…。
第493集 红与黑的碰撞血缘
柯南他们拿出了本堂的姐姐的照片，庵野说很像怜奈年轻时候的样子。庵野还特地确认了以前的录像带，录像带的内容是工厂爆炸事故的新闻报道。因为需要输血，护士在寻找AB型血的人，此时，怜奈出现在屏幕中，称自己是AB型血。于是，本堂说怜奈不是自己的姐姐。此时，柯南想起本堂曾经说过他的血可以输给任意其他人的事情...
第494集 红与黑的碰撞绝叫
奥平角藏委托小五郎调查1年前儿子锻吾不幸身亡的事件，他认为凶手就是家中的某个人。事件发生的当天晚上19点到24点，角藏和妻子咏子、佣人菊代、管家濑川一起在房间里观看录像带。就在这段时间里，儿子锻吾溺死在家中的池子里。死亡时间推定为晚上21点到22点。听了奥平角藏的叙述，小五郎认为凶手不可能是家里的人…。
第495集 红与黑的碰撞冥土
上吊致死的角藏的脚边，放着一本名为《来自黄泉的杀手》的书。封面上的“黄泉”两个字沾有大量血迹，而且还有用血写成的像是平假名“こ”的字。目暮警官等人认为这是死者留下的死亡讯息，于是推断凶手便是死者家中的某一人。就在警官一一确认众人的不在场证明时，柯南留意到了桌上角藏的便条本…。
第496集 红与黑的碰撞昏睡
柯南跟灰原说，本堂瑛佑的姐姐不是水无怜奈。回家后，柯南从兰那里得知，进入寒假后本堂就不见了。而寒假前，本堂曾经跟兰说过，在杯户中央医院找到了水无怜奈的线索。柯南认为本堂已经知道了水无怜奈住入的医院了。可是，本堂说的线索，是关于他父亲的，他似乎找到了他父亲公司里的同事…。
第497集 红与黑的碰撞侵入
杯户中央医院的护士告诉柯南，本堂瑛佑曾经在另一家医院做过大手术。本堂得的好像是白血病，在举家搬迁到大阪前，在医院里做了手术。之后，FBI的詹姆斯报告说，已经查出了3位嫌疑犯，可能是潜伏在医院的组织成员。这3个人分别是，右脚骨折的新木张太郎、颈椎扭伤的楠田陆道、急性腰痛的西矢忠吾。詹姆斯他们想尽办法找出真正的黑衣组织成员…。
第498集 红与黑的撞击搅乱 银色子弹的怒吼 赌上侦探之名的决意
几乎是在同时，医院附近发生了集体食物中毒、异味气体泄漏、火灾3件突发事件。那时，医院里又收到了寄给詹姆斯的快递。寄件人竟然是与黑衣组织相关的、已经自杀的楠田！包裹里是一个洋牡丹的盆栽植物。之后，3件突发事件中受伤的病人涌入医院，造成守在门口的FBI成员无法一一确认身份，一片混乱。此时，赤井发现了设置在盆栽中的炸弹…。
499红与黑的撞击 伪装
60多个伪装成看望病人的礼品的炸弹，被黑衣组织送进了杯户中央医院。FBI搜查官们不得不在各个病房中回收炸弹，这时，病房里的电视节目中出现了身着病服的水无怜奈的画面。大吃一惊的FBI搜查官们一同赶往了水无怜奈的病房，发现她好好地躺在病床上。原来，电视里播放的画面是用以前的图像合成的。黑衣组织通过炸弹上装的发信装置，确定了水无怜奈病房的位置。詹姆斯察觉到中了黑衣组织的计谋，决定实行最后一套方案…。
500红与黑的撞击 遗言
FBI兵分3路，企图将基尔（水无怜奈）带出医院。琴酒准确地判断出基尔（水无怜奈）在3号车上，并追踪而去。3号车的司机卡梅尔想要甩开组织的跟踪，撞上了路边的栏杆。水无怜奈突然出现在副驾驶座上，千钧一发之际，3号车突然爆炸了…！？
501 红与黑的撞击 嫌疑
柯南和元太、步美、光彦、阿笠博士、灰原一起去新米花宾馆吃自助餐。途中，柯南跟灰原说起了这次的事情。到达宾馆后，柯南他们发现高木刑警也开着巡逻警车来了。据说，在宾馆发生了杀人事件。被害人是位于宾馆39楼的艺人事务所所长，好像是秘书发现了上半身中了好几枪的所长…。
502 红与黑的撞击 洁白
嫌疑犯是托比?凯3/2 假面戏剧中隐藏的恶意
2/23 真凶送来的礼物
2/16 讨厌的蓝色火花（后篇）
恩斯，哈鲁?巴库那，FBI的CAMEL探员三人中的一人。随后，千叶刑警在屋顶的用具里雨衣、手套、手枪后，秘书伊莉娜也成了嫌疑犯中的一人。调查遗体后，柯南决定从似乎握着什么的右手着眼调查。随后发现桌子上的备忘录用纸和钢笔杆。而此时，GIN为了消除疑虑，向Kir传达了让赤井秀一从这个世界上消失的命令。
503红与黑的撞击 决死
须内的被杀事件，调查工作一度没有进展，随着时间的推移，嫌疑犯哈尔?巴库纳和秘书率先获得了自由，回到自己的工作岗位，托比对此无法理解。
之后，柯南发现了犯人拿走备忘录的原因，并跟目暮警官说自己知道了识别出犯人的办法。这个办法就是准备好4把椅子，然后念出一句咒语，犯人就会自动现身。
目暮警官让4位嫌疑犯集合在一个房间里，并让他们站在4把椅子前，对他们念出了那句咒语......
504红与黑的撞击 殉职
赤井秀一和基尔按照约定在来叶崖碰头。之后，基尔用手枪射穿了赤井的肺部。通过监控关注事态发展的琴酒对基尔下命令，要她彻底解决赤井秀一。基尔再次将枪对准了赤井的头部，并开枪射击。由于远处传来警车的鸣笛声，基尔在赤井的尸体旁放置了炸弹之后，便驾车离去。当警车就要靠近赤井的车的时候，炸弹爆炸了......
剧场版
通往天国的倒计时
终于那些家伙全员出动，看不见出口的杀人游戏，现在，终于开始…… 危险的陷阱让时间陷入停止。 那些黑衣人的背后拥有凶恶的阴谋，这些家伙目的到底为何？？ 而且，灰原哀真正的真面目有是如何呢？雪莉在电话中说：“任务已进行完毕。” 以地面上300公尺的摩天大楼为死亡舞台，魔鬼般的手正在暗处悄悄伸向柯南！……
柯南一行人及高木老弟前往超高层摩天大楼参加落成典礼，另一方面，大概知道叛徒雪莉还活著现身在这典礼上，黑衣组织全员出动，在这典礼上杀害数条人命，同时命令伏特加暗中地进行另一项破坏计画，那就是将这大楼给炸毁,不留活口。在一栋300层的双摩天大楼里，伏特加引爆大楼里的变电器，使得整栋大楼大停电，引起大家的恐慌，纷纷透过空中走廊逃往隔壁大楼避难，唯独小兰困在该大楼而没逃出来，空中走廊被爆炸的威力给炸断，但又必须救出小兰，因此柯南利用他的滑板飞越这天际到爆炸的大楼里，成功地将小兰给救出，但走廊炸断了，滑板也无法让两人成功地飞越这天际，小兰便想到利用蹦极的方法带著柯南从高处往下跳……
参考：http://zhidao.baidu.com/question/86045629.html?si=6&pt=sobar_ik
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这几乎是关于主线的所有剧集了，有一些只有一两句话的可能没有列上。
001云霄飞车杀人事件，新一和青梅竹马的毛利兰一起去多罗碧加游乐场玩，在乘坐云霄飞车时遭遇了杀人事件。成功解决案件后，新一跟踪两个神秘的黑衣男子，并目击了一名黑衣男子进行现金交易的现场，正当他全神贯注的时候，不料另一名黑衣男子突然从背后出现，将新一击倒，并灌下了组织新开发的毒药，新一感觉自己的骨头都要裂开了。。。
054电玩公司杀人事件，在参加满天堂游戏公司的新作发布会时，柯南意外听见黑衣组织成员之一的Tequila给VODKA打电话。不过Tequila旋即被误炸身亡。他本来的目的是想与电玩公司职员中岛交易获得全世界最有才华的程序设计师的名单，柯南迅速赶往中岛经常与之见面的酒吧时，那里却发生了爆炸，线索也随之灰飞烟灭。
128 黑暗组织10亿元抢劫事件，因为之前与漫画对应的“013奇怪的寻亲杀人事件”被改编，因此动画在这里添了一集，重新讲述了灰原的姐姐宫野明美被琴酒所杀的情节，为之后灰原出现作铺垫。通过GIN与宫野明美的对话我们得知，与仅仅是组织小卒的姐姐不同，宫野志保是组织里少数有头脑的人之一。
129 来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件，组织代号SHERRY的宫野志保因姐姐被杀以停止APTX4869研究的方式表示抗议，结果被组织囚禁在瓦斯室。绝望的她服下了藏着的APTX4969想要自杀，没想到与新一一样没被毒死而身体缩小成儿童时期模样，得以挣脱了手铐从垃圾信道逃了出来。因为她之前已经从对新一家的调查中发现新一也变小了，所以新一成了她唯一的希望，最后疲惫的她倒在新一家门口，被隔壁的阿笠博士所救，并寄住博士家里，以一名转校生的身份成为了柯南的同班同学和少年侦探团成员。柯南因此得知了导致他变小的药的名字和大概信息，不过灰原却暗示此药原本的用途不是毒药。两人取回了错寄在广田教授家的存有药物资料的软盘正要查看时，不料电脑却被软盘里的暗夜男爵病毒感染，结果资料全毁。灰原虽然隐藏了起来，但是组织却没有放弃寻找叛徒的努力，柯南与灰原也就从此卷入了对组织侦查与反侦察的大戏中。不过灰原好像也没有透露更多组织的情报，此时的她对组织有着极度的恐惧感。
170-171黑暗中的死角，新出智明的父亲被其继母杀害，小五郎在柯南的协助下破案，乍看与主线毫无关系，之后的剧情却表明这里是青山历时两年的一个大伏笔，也是真正的新出智明在三方对决前唯一的一次出场。为保护无辜的女佣，警方修改的了案件的纪录，隐瞒了真实的作案手法，这一点只有真正的新出知道，日后也被朱蒂用来指证贝尔摩得假扮的新出智明。这时候新出只是帝丹高中篮球队的临时教练而不是校医，真新出本来是要去青森的医院工作而不是当校医，校医应该是VERMOUTH假扮成新出后为了调查当上的。从《361帝丹高中的学校怪谈（前篇）》中的柯南的话可以得到佐证。
另外值得一提的是在这一集里，因为新出智明，柯南吃醋了。
176-178 与黑暗组织的再会，柯南和灰原意外发现了GIN停在路边的车子，于是柯南在车上装上了发信器与窃听器想获得组织的情报，虽然得知了黑衣组织成员之一PISCO将在杯户饭店暗杀吞口议员的计划，但是窃听器被Gin发现并毁掉，而且他也通过遗留在车里的茶色头发联想到了SHERRY，并肯定她会在酒店现场出现。（一根茶色头发就联想到了灰原，更证明了灰原在组织里不是个一般人物。）柯南与灰原潜入宴会想阻止暗杀计划，不料非但没有来得及，而且灰原也不幸被PISCO识破身份并绑架囚禁在酒窖中。柯南一方面利用警察拖住嫌疑犯PISCO，一方面提醒灰原喝下白干成功恢复为SHERRY从壁炉逃出。不料GIN正在屋顶守株待兔，并开枪向SHERRY射击，在这千钧一发的时刻，柯南携变声器出现用麻醉针射中了GIN，SHERRY得以趁机从烟囱逃生，并恢复成了灰原。PISCO这时也来到酒窖想杀死灰原，却被柯南揭破了身份，结果PISCO被GIN灭口，死前也没来得及说出灰原＝SHERRY的秘密。GIN在与柯南的对决中被麻醉针所伤，也发现SHERRY有骑士保护。这一集我们的得到了很多信息，通过PISCO的话，我们的得知灰原研究的药不是单纯的毒药（“进展到了这个阶段”），而且她是继承了父母的研究。从后来GIN与VERMOUTH的对话中，我们比柯南更早得知了VERMOUTH就是当时的在场的美国超人气女星克里斯宾雅德，是她将紫色手帕分给PISCO想替他掩盖罪行。后来柯南怀疑当时PISCO有同伙也是基于此。VERMOUTH在事件后熄影并在日本隐居下来，不过从她的话中却看不出是接受了组织寻找灰原的任务，而是要“弄清楚一直担心的事”。（本人推测，这个“一直担心的事”应该与寻找新一有关。VERMOUTH在组织中虽然很受BOSS宠爱，但是长期混迹于冰冷的黑色中的生活厌倦，她的内心深处其实一直期待有美好的事物出现，有一颗划破黑暗的银色子弹解脱这阴暗的生活。在NY事件中VERMOUTH认识了的聪明勇敢的新一和阳光善良的兰，两人都给她留下了深刻印象。纯洁善良的兰使她重新燃起了希望，相信世间有真善美的存在，她也从此称兰为ANGLE。新一那相信一切都可以做到的自信眼神和聪慧练达的洞察力，更使她认定新一就是那个能终结黑暗组织的银色子弹。VERMOUTH十分珍视两人这份纯真的感觉，因此后来也一直不愿伤害两人，还多次设法保护，甚至柯南不离开就不对灰原下手。因此当她得知新一被组织用APTX4869下毒一直神秘失踪时，这个深受她器重的新一的下落就成了她“一直担心的事”，她也在日本隐居下来开始寻找新一，因此我认为是VERMOUTH先发现柯南的身份，然后才发现了灰原。这里她极有可能结合了自身变年轻的经历想到了新一变小的可能性。我推测她当年由于某种巧合使自身细胞活化重组而变的年轻，而那时宫野教授正因为怀有细胞自死然后活化的激进理论而被人称为疯狂科学家，黑暗组织的BOSS看到了宫野教授细胞理论对其计划的巨大价值而给宫野教授提供资金和资源供其研究，而VERMOUTH的变年轻更给了宫野教授的理论以现实的支持。在宫野夫妇死去后，他们的女儿志保继承了研究，但药物并未完成，此实验阶段的药物造成了实验对象的大量死亡，并且毒素无法从尸体里验出，从而使组织看到了APTX4869作为毒药的可能性，并且还可以顺带做人体实验，从而擅自将其作为杀人工具，此举还引起了灰原的不满。）VERMOUTH决定从小兰入手寻找新一，因此她盯上了新出智明的身份，决心杀死他并冒充他的身份当上帝丹高中的校医进行秘密侦查。VERMOUTH利用女星克里斯宾雅德的身份频繁出入新出的诊所，调查新出的生活习惯和人际关系，准备伺机取而代之。这时从美国尾随她而来的FBI朱蒂等人也洞察到了VERMOUTH的举动，便设下骗局，使真正的新出在她面前“事故死去”，其实将之秘密转移，并且开始监视新出的诊所。VERMOUTH看见新出一家在自己眼前出了事故，虽然有些疑惑，但还是假扮成新出出现。
188-193危命的复活，在这一系列中，VERMOUTH假扮的新出已经当上了帝丹高中和帝丹小学的校医。吃了灰原研制的解药后柯南短暂的变回了新一，并化妆成黑衣骑士与兰见面，却被化身为新出的VERMOUTH发现，而且被VERMOUTH偷偷拍下了照片，这一点可以从后来在朱蒂老师复制的照片那里得到佐证。VERMOUTH这时确认了新一没有死，但是由于当时灰原假扮的柯南也在场，因此还没猜到柯南=新一。有人说朱蒂这时也在场，照片有可能就是朱蒂拍的。朱蒂当时却是在场，从227格斗游戏的陷阱（后篇），她对兰夸奖舞会上的新一“SO COOL”来看，那天她一定见过新一。（这时朱蒂就已经潜进了学校这件事本身也证明了另一个事实，这时的新出就已经是VERMOUTH假扮的了。）可是除了那时有心调查新一的VERMOUTH会特别拍下照片外，都不知道新一是何方神圣的朱蒂怎么会特别拍下这个素未谋面的小子的照片呢？因此，照片还是VERMOUTH拍的。
226-227格斗游戏的陷阱，朱蒂与柯南相识，并注意到他借助园子破案，因此她发现了柯南不简单，在临走时COPY了VERMOUTH在照片上对柯南的称呼――COOL GUY。（这一举动也暗示着VERMOUTH已经在她的房间贴上了柯南的照片，并且已经知道了柯南的真实身份。我推测这时候并没有贴出宫野志保的照片。）事后朱蒂打电话给同伴时，给VERMOUTH取了“腐烂的苹果”的代号。但她表示她的监视对象“换了个身份，正在上学”在当时也给了我们她监视的就是柯南的误导。
230-231迷一样的乘客，刚开始时VERMOUTH与GIN的一段戏就表明了本集和主线有关，我们不但得到了VERMOUTH精于易容的信息，而且知道了她的目的是在日本寻找什么人，她的口头禅是A SECRET MAKES A WOMAN WOMAN。少年侦探团和博士一行在公车上遇到一起去美术馆的朱蒂和新出，这时哀感到车上有组织的成员变得非常害怕（青山在漫画中告诉我们这个人就是VERMOUTH），后来公车被强盗劫持，虽然最后在众人的努力下强盗被抓，但是哀留在快爆炸的车上想一死了之，最后被柯南所救。朱蒂和赤井都是在监视VERMOUTH，好在在柯南的掩护下无论是朱蒂或是VERMOUTH都没有发现到哀。本集也是赤井秀一的第一次正式登场，不过他由于伪装感冒蒙着脸，灰原也因为柯南的保护没有露脸，所以两人都没有发现对方。当被制服的劫匪问朱蒂到底是谁时，她竟然也爆出了一句"A SECRER MAKES A WOMAN WOMAN"! 难道朱蒂老师的真实身份便是VERMOUTH？这一集灰原的感觉使我们找出了三个嫌疑人，朱蒂，赤井和新出，另外值得一提的是新出（VERMOUTH）在车上有维护柯南的举动。少年侦探团在车上说，感谢新出医生前几天帮他们做内科检查，但是灰原缺席。（新出医生可能通过这次身体检查，确认了柯南就是新一的事实。而且证明了假新出当时的目的是新一而不是到哀，否则哀的身份早就被她发现了，这一点可以从“361帝丹高中的学校怪谈”得到印证。）这一集开始VERMOUTH发现了自己的诊所受到了FBI的监视，也知道自己化妆的假新出身份已被FBI所知。（这时FBI已经掌握了VERMOUTH诊所里柯南，小兰和舞会上新一的照片，但是这时应该还没有贴出志保的。）因此她开始采取一系列误导和利用FBI的措施，首先她故意偷走了与毛利相关的所有案卷，在《269-270犯罪的纪念品》可以知道。
258-259来自芝加哥的男人，FBI头头登场。柯南等人认识了来自芝加哥的老男人“詹姆士 布莱克”，后来他被误认为是某名人而遭绑架，其实是将计就计，试试柯南的本事。柯南破解出熊猫车的暗号，救出了布莱克。布莱克最后竟然也称呼柯南为COOL GUY，说明了他和朱蒂是一伙的。赤井接布莱克走的时候说他被恋人甩了，所以剪短了头发。PS：这一集赤井的长发和点烟的样子甚至让人怀疑他和GIN是同一人！赤井驾车出现时被柯南和灰原瞥了一眼，灰原有奇怪的反应。柯南说布莱克先生不是坏人，只是对詹姆斯这个名字与莫利亚蒂教授相同有些在意（与詹姆斯 莫利亚蒂――福尔摩斯的宿敌同名），同时怀疑赤井。
266-268情人节的真相，京极真也带着黑色针织帽，被人看见，柯南以为是赤井，十分紧张。而小兰则说她可能认识这个带黑色针织帽的男人，引起了柯南的注意。
269-270犯罪的纪念品，破获录像带杀人事件的时候，从高木那里得知公车劫持案那天，毛利小五郎相关的案卷被偷，后又被送回来，暗示有人在调查他们，弄得柯南相当紧张。（后来据VERMOUTH说，偷窃毛利小五郎相关的所有案卷是让人不知道她其实是在找新出一个案子的记录，她找新出案件的资料是为了瞒柯南等人，虽然FBI已经知晓她的真实身份，但为了不在与小兰，柯南等历经了案件的人的接触中露出马脚，她还是要掌握案件的资料，但没想到是被改过的。再送回来是误导FBI让他们以为她留在日本的目的是与毛利侦探有关，从而让FBI监视毛利事务所来暴露身份。）故事的最后有赤井监视毛利侦探所的画面，表明了FBI果然将注意力转向毛利，但给人以赤井监视柯南的的误导。还有柯南本来想问兰关于带黑色针织帽的男人的事，但是最终没有说出口。
271-272急忙掩饰的忽略，柯南又一次在朱蒂面前破案。从朱蒂提醒兰有无人跟踪看，案卷被窃引起了FBI的警觉，朱蒂怀疑黑衣组织将对毛利不利。朱蒂在谈话中用鸵鸟一词来形容柯南小孩却有大人的智慧，并且提到了bureaus（事务所）代指FBI。（好像和后面出来的COMPANY代指CIA有点对应啊）本集结束时朱蒂说到了收割苹果的时候了，暗示FBI要对VERMOUTH采取行动了。VERMOUTH发邮件给GIN，提到了“久藏”雪利酒，并且向打了叉的宫野志保的照片发飞镖，旁边还有柯南和兰的照片。（本人推测此时VERMOUTH已经通过在《188-193危命的复活》系列中柯南暂时恢复新一这一事实联想到志保可能就在附近给柯南配置解药，并且决定将其找出来加以消灭，她借助FBI监视诊所的机会贴出了SHERRY的照片作为靶子，希望FBI帮她找出SHERRY。）
277-278英语教师VS西部名侦探，博士得知毛利小五郎相关的案卷被偷，后又被送回来，于是请来平次帮助柯南。两人分析偷盗案卷的人是想把某个人引出来的圈套，然后柯南又回顾了PISCO案件，怀疑克里斯是他的同伙，并进一步怀疑朱蒂=克里丝。虽然两人长相完全不同，但柯南知道克里斯精于化装。于是两人去朱蒂的公寓试探，并拜托博士在网上调查克里斯的资料。在双方接触过程中发生命案，案子虽然解决，但是对朱蒂的试探未果。这一集的重点就是最后在朱蒂的浴室的镜子后面出现的柯南，兰和舞会上的新一的照片，并且照片上的字迹和VERMOUTH的一模一样。按照后来的说法，这是朱蒂曾潜入新出医院，发现相关的照片后复制的。不过当时这些照片的出现，显然给了我们朱蒂=贝尔摩的的很大的误导，还有她最喜欢喝雪莉酒的提示更是使之雪上加霜。另外柯南最后说的除朱蒂外的另两个可疑人物应该是赤井和新出。
279-280迷宫的阴暗，博士应柯南的要求去克里斯的网站上查过信息，发现她就是美国已故大明星莎隆宾亚德的女儿。在母亲的葬礼上，她才第一次面对媒体。面对记者的追问，克里斯曾神秘的回答道：A SECRET MAKES A WOMAN WOMAN。另外，日本的前超人气女明星也出现在了莎隆的葬礼中，从画面看正是有希子。（我认为正是基于这个证据，柯南推理出了莎龙和克里斯其实是一个人。）
284-285中华街雨中的似曾相识，
286-288工藤新一NY事件，承接前面兰回忆起的“带黑色针织帽的男子”，通过兰在发烧病倒时的回忆倒述了去纽约经历的黄金苹果事件。还交代了新一和兰和莎龙的初次见面，以及他们对银发杀人魔的救命之恩。最后提到真杀人魔其实是别人灭口的，后来得知假杀人魔正是VERMOUTH所扮，这次计划本来是将秀一引出并杀死，但是没有成功。
309-311与黑暗组织接触，案子的开头柯南和兰遇到了赤井秀一，在谈话中赤井提到了一个表面坚强、暗地流泪的女孩。（估计应该是指宫野明美，他的女朋友。）有人提到，对赤井说兰“经常”哭感到难以理解，其实这是因为赤井曾经监视过毛利侦探所，因此多次看见兰暗暗哭泣。另外借此，柯南也了解到了当年兰和赤井相遇的事情，获知了赤井FBI的身份，赤井的嫌疑大大降低。通过阅读板仓的日记得知，黑衣组织委托其开发一种危害人类的软件，但他并未最终完成。柯南诱骗VODKA改时间交易，试图冒充板仓与VODKA接头，从而想得到他的指纹和行踪的情报，不料即将成功之际，却由于GIN的忽然出现而功亏一篑，柯南还险些被发现，最后躲在储物柜里才侥幸得脱。最后柯南和哀离开的时候，在附近的赤井和哀好像对彼此都有所感觉。
335-336东都显影所的秘密，有希子回到日本，接侦探团去东都显影所看电影。在路上有希子和柯南发现他们正在被人跟踪，柯南认为跟踪者不是冲着他就是冲着灰原来的，并且很有可能就是黑衣组织的人。其实后来得知是赤井手下的人在监视柯南等人，结尾处赤井还拍下了少年侦探团的照片，还看着哀说太像了，说明了FBI已经中了VERMOUTH的圈套，帮助她找到了变小的SHERRY。但是当时却让人觉得赤井很可疑。
338-339 4辆保时捷，开头处柯南奇怪的骗博士说新出不在家，为什么不对博士老实说出对新出的怀疑？但后来不明情况的博士还是找来了新出给小哀看病，VERMOUTH假扮的新出就正式确认了哀就是SHERRY，并且在博士家装了窃听器，但是朱蒂同时也在场，所以那时我们将所有的怀疑都加到了朱蒂身上。结尾处VERMOUTH冷笑着用打火机烧掉了SHERRY的照片，并得意地自言自语道：“找到了……你准备好了吗？我来找你了！”VERMOUTH要准备采取行动了，真是山雨欲来风满楼啊。
340-341厕所隐藏的秘密，柯南、灰原和博士去了灰原的父亲宫野博士生前工作过的事物所，想从那里得到一些黑衣组织的资料以及灰原父母的行踪。结果他们在厕所中找到了宫野明美放在那里的灰原妈妈留给灰原的磁带。这一集透露了很多内容，开头处柯南说了句“如果我的推理正确的话，我们应该已经不在人世了”，证明他已经知道新出是克里斯假扮的，而且明白灰原和他的身份已经暴露，正是不知道她为什么还没有采取行动。灰原找到了明美藏起来的录音带，她的母亲的面目也浮出水面，“Hell Angle”由此而来。在她母亲留给她的18岁生日末尾的话语中应该提到了某件惊人的事情，但是青山并没有说明。结尾处，VERMOUTH边从飞机场出来边用手机通着电话，从谈话中我们得知，她找来了一个叫Calvados（苹果酒）的组织成员，似乎是为她下一步要采取的行动做的一个重要部署。另外值得一提的是，在灰原的梦中，青山已经给出了VERMOUTH究竟装扮成了何人的暗示，眼睛没问题的话，一定就可以发现了。
343-344便利店的阴谋，柯南发现工藤宅子有人来过的痕迹，而且不是小兰。朱蒂老师突然间辞去了帝丹高中英文教师的工作，说是想回美国了。（其实是要对VERMOUTH采取行动了）在告别派对上，小兰无意间在朱蒂的卫生间的镜子后面发现了朱蒂藏着的自己与柯南，灰原等人的照片，不禁疑云顿生。这也促使她下一集中偷偷躲在朱蒂后车厢里想调查她究竟想做什么。
345与黑衣组织直面对决满月之夜的二元推理,柯南收到了VERMOUTH寄来的邀请新一去参加化妆舞会的信件，称呼竟然是江户川柯南！柯南知道自己的身份已经暴露并且决定开始行动，他一方面邀请服部假扮新一去参加化妆舞会，另一方面用麻醉针麻醉灰原后假扮成她的样子准备独闯组织。来接他的不是VERMOUTH假扮的新出，而是朱蒂！原来FBI也有自己的计划，他们准备先VERMOUTH一步接走灰原，引诱VERMOUTH跟踪至码头，然后实施抓捕。（柯南这时应该不确定朱蒂和新出谁是VERMOUTH，而且他俩还有可能是一伙的，所以他带上了窃听器）朱蒂在车上表明了FBI的身份后，柯南告诉了她新出一案（170-171黑暗中的死角）的真相，要求她利用此来揭穿VERMOUTH，以取得自己的信任。朱蒂揭穿了VERMOUTH同时是克里斯宾雅德和莎龙宾雅德，但在她招呼同伴要抓捕VERMOUTH时，不料却被埋伏的Calvados击伤。原来VERMOUTH棋高一着，她早就知道了FBI的抓捕计划，提前化妆成朱蒂来到码头，命令埋伏的FBI探员撤退了。而且VERMOUTH对FBI监视新出诊所也早已知晓，偷走案卷是为了引诱FBI暴露身份，贴出宫野志保的照片是利用FBI寻找目标。正当朱蒂形势危及时，另一边化妆的服部解决了舞会上的案子扯下了伪装，柯南也撕下面具用麻醉针控制住了VERMOUTH，柯南的筹划终于笑到了最后。但是这时风云突变，担心柯南安危的灰原利用备用的追踪眼镜忽然找来，反而破坏了柯南的大好计划，VERMOUTH趁机用麻醉针射中了柯南，并把手枪对准了灰原！就在这形势失控的时候，小兰忽然从朱蒂车子的后备箱跳出保护了灰原，赤井也及时出现迫使VERMOUTH不得不以柯南为人质逃离了码头。正当VERMOUTH向BOSS发邮件报告时，忽然发现柯南身上有发信器，原来柯南留了一手，他早料到VERMOUTH找到灰原后一定会向BOSS报告。VERMOUTH不得不承认放弃SHERRY，为了避免BOSS的邮件地址和身份泄露，VERMOUTH不得不使用了催眠瓦斯，并且朝自己开了一枪以保持清醒，毁掉发信器后狼狈逃离了现场。
425 Black impact！被组织的魔掌触碰的瞬间，通过忘记取回的窃听器，柯南却发现了惊天的大秘密！原来电视台主持人水无怜奈也是黑衣组织的成员，柯南窃听到了她和GIN等人的暗杀计划，并成功阻止。不料琴酒发现水无鞋底的窃听器，小五郎反而受到他们怀疑，危在旦夕。好在秀一及时出现，击伤了GIN，将装窃听器的勾当揽到了FBI身上。VERMOUTH也又再次保护了毛利等人。代号KIR的水无怜奈在行动中受伤昏迷，被FBI送入杯户中央医院控制了起来。另外这一集中柯南得知了布莱克也是FBI的人。
429-430无法回到从前的两个人，小兰的倒霉同学本堂英佑出场，眼睛长的和水无很像，好像注意到了柯南通过毛利破案，这让柯南感觉很不安，对本堂的身份产生了怀疑。
462黑衣组织的影子 年幼的目击者，一个孩子目击某歌星被人从桥上扔下，本堂用和水无一样的摸脉搏测谎术，引起了柯南的怀疑。
463.黑衣组织的影子 奇怪的照明，本堂数次想让毛利等人想起水无的事情来获取信息，但是都被柯南看出并把话题岔开。
464 黑衣组织的影子 谜样的高额报酬，本堂故意引诱毛利注意到一个小孩家发生的奇怪事件，这个小孩正是目击水无怜奈受伤的小孩，他说他的母亲生前曾经和奇怪的外国女人对话，打听水无怜奈的去向。
465.黑衣组织的影子 珍珠流星，在那个小孩就要说出摔下摩托车的就是主持人水无怜奈时，柯南及时用假面超人将话题岔了开去。柯南通过外国女人对孩子的回答"A SECRER MAKES A WOMAN WOMAN"推测出这个女人就是VERMOUTH。另外本集GIN所说的水无取得BOSS信任的事件也表明她与一个叫本堂的卧底的死有很大关系。
484-485黑色照片的去向，服部调查水无未果，但意外发现本堂及其父亲在大阪生活的情况，因为瑛佑小时候曾经和父亲一起去大阪的烧烤屋吃烧烤，其父和店长很谈得来。然而店长已经去世，所以柯南、阿笠博士和灰原决定造访住在东京的店长的孙子家，想从他那里得到些本堂及其父亲的情报。不料在这个模型爱好者西郡家里遭遇了盗窃案件，成功解决后柯南他们终于看到了瑛佑无意间照的照片，照片上看到了瑛佑的父亲，并了解到瑛佑的父亲常和黑西装的外国人打交道，并在Company（＝CIA）工作，曾打入过黑衣组织。
491-504 红与黑的碰撞系列 呵呵，自己看吧，秀一......
001云霄飞车杀人事件，新一和青梅竹马的毛利兰一起去多罗碧加游乐场玩，在乘坐云霄飞车时遭遇了杀人事件。成功解决案件后，新一跟踪两个神秘的黑衣男子，并目击了一名黑衣男子进行现金交易的现场，正当他全神贯注的时候，不料另一名黑衣男子突然从背后出现，将新一击倒，并灌下了组织新开发的毒药，新一感觉自己的骨头都要裂开了。。。
054电玩公司杀人事件，在参加满天堂游戏公司的新作发布会时，柯南意外听见黑衣组织成员之一的Tequila给VODKA打电话。不过Tequila旋即被误炸身亡。他本来的目的是想与电玩公司职员中岛交易获得全世界最有才华的程序设计师的名单，柯南迅速赶往中岛经常与之见面的酒吧时，那里却发生了爆炸，线索也随之灰飞烟灭。
128 黑暗组织10亿元抢劫事件，因为之前与漫画对应的“013奇怪的寻亲杀人事件”被改编，因此动画在这里添了一集，重新讲述了灰原的姐姐宫野明美被琴酒所杀的情节，为之后灰原出现作铺垫。通过GIN与宫野明美的对话我们得知，与仅仅是组织小卒的姐姐不同，宫野志保是组织里少数有头脑的人之一。
129 来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件，组织代号SHERRY的宫野志保因姐姐被杀以停止APTX4869研究的方式表示抗议，结果被组织囚禁在瓦斯室。绝望的她服下了藏着的APTX4969想要自杀，没想到与新一一样没被毒死而身体缩小成儿童时期模样，得以挣脱了手铐从垃圾信道逃了出来。因为她之前已经从对新一家的调查中发现新一也变小了，所以新一成了她唯一的希望，最后疲惫的她倒在新一家门口，被隔壁的阿笠博士所救，并寄住博士家里，以一名转校生的身份成为了柯南的同班同学和少年侦探团成员。柯南因此得知了导致他变小的药的名字和大概信息，不过灰原却暗示此药原本的用途不是毒药。两人取回了错寄在广田教授家的存有药物资料的软盘正要查看时，不料电脑却被软盘里的暗夜男爵病毒感染，结果资料全毁。灰原虽然隐藏了起来，但是组织却没有放弃寻找叛徒的努力，柯南与灰原也就从此卷入了对组织侦查与反侦察的大戏中。不过灰原好像也没有透露更多组织的情报，此时的她对组织有着极度的恐惧感。
170-171黑暗中的死角，新出智明的父亲被其继母杀害，小五郎在柯南的协助下破案，乍看与主线毫无关系，之后的剧情却表明这里是青山历时两年的一个大伏笔，也是真正的新出智明在三方对决前唯一的一次出场。为保护无辜的女佣，警方修改的了案件的纪录，隐瞒了真实的作案手法，这一点只有真正的新出知道，日后也被朱蒂用来指证贝尔摩得假扮的新出智明。这时候新出只是帝丹高中篮球队的临时教练而不是校医，真新出本来是要去青森的医院工作而不是当校医，校医应该是VERMOUTH假扮成新出后为了调查当上的。从《361帝丹高中的学校怪谈（前篇）》中的柯南的话可以得到佐证。
另外值得一提的是在这一集里，因为新出智明，柯南吃醋了。
176-178 与黑暗组织的再会，柯南和灰原意外发现了GIN停在路边的车子，于是柯南在车上装上了发信器与窃听器想获得组织的情报，虽然得知了黑衣组织成员之一PISCO将在杯户饭店暗杀吞口议员的计划，但是窃听器被Gin发现并毁掉，而且他也通过遗留在车里的茶色头发联想到了SHERRY，并肯定她会在酒店现场出现。（一根茶色头发就联想到了灰原，更证明了灰原在组织里不是个一般人物。）柯南与灰原潜入宴会想阻止暗杀计划，不料非但没有来得及，而且灰原也不幸被PISCO识破身份并绑架囚禁在酒窖中。柯南一方面利用警察拖住嫌疑犯PISCO，一方面提醒灰原喝下白干成功恢复为SHERRY从壁炉逃出。不料GIN正在屋顶守株待兔，并开枪向SHERRY射击，在这千钧一发的时刻，柯南携变声器出现用麻醉针射中了GIN，SHERRY得以趁机从烟囱逃生，并恢复成了灰原。PISCO这时也来到酒窖想杀死灰原，却被柯南揭破了身份，结果PISCO被GIN灭口，死前也没来得及说出灰原＝SHERRY的秘密。GIN在与柯南的对决中被麻醉针所伤，也发现SHERRY有骑士保护。这一集我们的得到了很多信息，通过PISCO的话，我们的得知灰原研究的药不是单纯的毒药（“进展到了这个阶段”），而且她是继承了父母的研究。从后来GIN与VERMOUTH的对话中，我们比柯南更早得知了VERMOUTH就是当时的在场的美国超人气女星克里斯宾雅德，是她将紫色手帕分给PISCO想替他掩盖罪行。后来柯南怀疑当时PISCO有同伙也是基于此。VERMOUTH在事件后熄影并在日本隐居下来，不过从她的话中却看不出是接受了组织寻找灰原的任务，而是要“弄清楚一直担心的事”。（本人推测，这个“一直担心的事”应该与寻找新一有关。VERMOUTH在组织中虽然很受BOSS宠爱，但是长期混迹于冰冷的黑色中的生活厌倦，她的内心深处其实一直期待有美好的事物出现，有一颗划破黑暗的银色子弹解脱这阴暗的生活。在NY事件中VERMOUTH认识了的聪明勇敢的新一和阳光善良的兰，两人都给她留下了深刻印象。纯洁善良的兰使她重新燃起了希望，相信世间有真善美的存在，她也从此称兰为ANGLE。新一那相信一切都可以做到的自信眼神和聪慧练达的洞察力，更使她认定新一就是那个能终结黑暗组织的银色子弹。VERMOUTH十分珍视两人这份纯真的感觉，因此后来也一直不愿伤害两人，还多次设法保护，甚至柯南不离开就不对灰原下手。因此当她得知新一被组织用APTX4869下毒一直神秘失踪时，这个深受她器重的新一的下落就成了她“一直担心的事”，她也在日本隐居下来开始寻找新一，因此我认为是VERMOUTH先发现柯南的身份，然后才发现了灰原。这里她极有可能结合了自身变年轻的经历想到了新一变小的可能性。我推测她当年由于某种巧合使自身细胞活化重组而变的年轻，而那时宫野教授正因为怀有细胞自死然后活化的激进理论而被人称为疯狂科学家，黑暗组织的BOSS看到了宫野教授细胞理论对其计划的巨大价值而给宫野教授提供资金和资源供其研究，而VERMOUTH的变年轻更给了宫野教授的理论以现实的支持。在宫野夫妇死去后，他们的女儿志保继承了研究，但药物并未完成，此实验阶段的药物造成了实验对象的大量死亡，并且毒素无法从尸体里验出，从而使组织看到了APTX4869作为毒药的可能性，并且还可以顺带做人体实验，从而擅自将其作为杀人工具，此举还引起了灰原的不满。）VERMOUTH决定从小兰入手寻找新一，因此她盯上了新出智明的身份，决心杀死他并冒充他的身份当上帝丹高中的校医进行秘密侦查。VERMOUTH利用女星克里斯宾雅德的身份频繁出入新出的诊所，调查新出的生活习惯和人际关系，准备伺机取而代之。这时从美国尾随她而来的FBI朱蒂等人也洞察到了VERMOUTH的举动，便设下骗局，使真正的新出在她面前“事故死去”，其实将之秘密转移，并且开始监视新出的诊所。VERMOUTH看见新出一家在自己眼前出了事故，虽然有些疑惑，但还是假扮成新出出现。
188-193危命的复活，在这一系列中，VERMOUTH假扮的新出已经当上了帝丹高中和帝丹小学的校医。吃了灰原研制的解药后柯南短暂的变回了新一，并化妆成黑衣骑士与兰见面，却被化身为新出的VERMOUTH发现，而且被VERMOUTH偷偷拍下了照片，这一点可以从后来在朱蒂老师复制的照片那里得到佐证。VERMOUTH这时确认了新一没有死，但是由于当时灰原假扮的柯南也在场，因此还没猜到柯南=新一。有人说朱蒂这时也在场，照片有可能就是朱蒂拍的。朱蒂当时却是在场，从227格斗游戏的陷阱（后篇），她对兰夸奖舞会上的新一“SO COOL”来看，那天她一定见过新一。（这时朱蒂就已经潜进了学校这件事本身也证明了另一个事实，这时的新出就已经是VERMOUTH假扮的了。）可是除了那时有心调查新一的VERMOUTH会特别拍下照片外，都不知道新一是何方神圣的朱蒂怎么会特别拍下这个素未谋面的小子的照片呢？因此，照片还是VERMOUTH拍的。
226-227格斗游戏的陷阱，朱蒂与柯南相识，并注意到他借助园子破案，因此她发现了柯南不简单，在临走时COPY了VERMOUTH在照片上对柯南的称呼――COOL GUY。（这一举动也暗示着VERMOUTH已经在她的房间贴上了柯南的照片，并且已经知道了柯南的真实身份。我推测这时候并没有贴出宫野志保的照片。）事后朱蒂打电话给同伴时，给VERMOUTH取了“腐烂的苹果”的代号。但她表示她的监视对象“换了个身份，正在上学”在当时也给了我们她监视的就是柯南的误导。
230-231迷一样的乘客，刚开始时VERMOUTH与GIN的一段戏就表明了本集和主线有关，我们不但得到了VERMOUTH精于易容的信息，而且知道了她的目的是在日本寻找什么人，她的口头禅是A SECRET MAKES A WOMAN WOMAN。少年侦探团和博士一行在公车上遇到一起去美术馆的朱蒂和新出，这时哀感到车上有组织的成员变得非常害怕（青山在漫画中告诉我们这个人就是VERMOUTH），后来公车被强盗劫持，虽然最后在众人的努力下强盗被抓，但是哀留在快爆炸的车上想一死了之，最后被柯南所救。朱蒂和赤井都是在监视VERMOUTH，好在在柯南的掩护下无论是朱蒂或是VERMOUTH都没有发现到哀。本集也是赤井秀一的第一次正式登场，不过他由于伪装感冒蒙着脸，灰原也因为柯南的保护没有露脸，所以两人都没有发现对方。当被制服的劫匪问朱蒂到底是谁时，她竟然也爆出了一句"A SECRER MAKES A WOMAN WOMAN"! 难道朱蒂老师的真实身份便是VERMOUTH？这一集灰原的感觉使我们找出了三个嫌疑人，朱蒂，赤井和新出，另外值得一提的是新出（VERMOUTH）在车上有维护柯南的举动。少年侦探团在车上说，感谢新出医生前几天帮他们做内科检查，但是灰原缺席。（新出医生可能通过这次身体检查，确认了柯南就是新一的事实。而且证明了假新出当时的目的是新一而不是到哀，否则哀的身份早就被她发现了，这一点可以从“361帝丹高中的学校怪谈”得到印证。）这一集开始VERMOUTH发现了自己的诊所受到了FBI的监视，也知道自己化妆的假新出身份已被FBI所知。（这时FBI已经掌握了VERMOUTH诊所里柯南，小兰和舞会上新一的照片，但是这时应该还没有贴出志保的。）因此她开始采取一系列误导和利用FBI的措施，首先她故意偷走了与毛利相关的所有案卷，在《269-270犯罪的纪念品》可以知道。
258-259来自芝加哥的男人，FBI头头登场。柯南等人认识了来自芝加哥的老男人“詹姆士 布莱克”，后来他被误认为是某名人而遭绑架，其实是将计就计，试试柯南的本事。柯南破解出熊猫车的暗号，救出了布莱克。布莱克最后竟然也称呼柯南为COOL GUY，说明了他和朱蒂是一伙的。赤井接布莱克走的时候说他被恋人甩了，所以剪短了头发。PS：这一集赤井的长发和点烟的样子甚至让人怀疑他和GIN是同一人！赤井驾车出现时被柯南和灰原瞥了一眼，灰原有奇怪的反应。柯南说布莱克先生不是坏人，只是对詹姆斯这个名字与莫利亚蒂教授相同有些在意（与詹姆斯 莫利亚蒂――福尔摩斯的宿敌同名），同时怀疑赤井。
266-268情人节的真相，京极真也带着黑色针织帽，被人看见，柯南以为是赤井，十分紧张。而小兰则说她可能认识这个带黑色针织帽的男人，引起了柯南的注意。
269-270犯罪的纪念品，破获录像带杀人事件的时候，从高木那里得知公车劫持案那天，毛利小五郎相关的案卷被偷，后又被送回来，暗示有人在调查他们，弄得柯南相当紧张。（后来据VERMOUTH说，偷窃毛利小五郎相关的所有案卷是让人不知道她其实是在找新出一个案子的记录，她找新出案件的资料是为了瞒柯南等人，虽然FBI已经知晓她的真实身份，但为了不在与小兰，柯南等历经了案件的人的接触中露出马脚，她还是要掌握案件的资料，但没想到是被改过的。再送回来是误导FBI让他们以为她留在日本的目的是与毛利侦探有关，从而让FBI监视毛利事务所来暴露身份。）故事的最后有赤井监视毛利侦探所的画面，表明了FBI果然将注意力转向毛利，但给人以赤井监视柯南的的误导。还有柯南本来想问兰关于带黑色针织帽的男人的事，但是最终没有说出口。
271-272急忙掩饰的忽略，柯南又一次在朱蒂面前破案。从朱蒂提醒兰有无人跟踪看，案卷被窃引起了FBI的警觉，朱蒂怀疑黑衣组织将对毛利不利。朱蒂在谈话中用鸵鸟一词来形容柯南小孩却有大人的智慧，并且提到了bureaus（事务所）代指FBI。（好像和后面出来的COMPANY代指CIA有点对应啊）本集结束时朱蒂说到了收割苹果的时候了，暗示FBI要对VERMOUTH采取行动了。VERMOUTH发邮件给GIN，提到了“久藏”雪利酒，并且向打了叉的宫野志保的照片发飞镖，旁边还有柯南和兰的照片。（本人推测此时VERMOUTH已经通过在《188-193危命的复活》系列中柯南暂时恢复新一这一事实联想到志保可能就在附近给柯南配置解药，并且决定将其找出来加以消灭，她借助FBI监视诊所的机会贴出了SHERRY的照片作为靶子，希望FBI帮她找出SHERRY。）
277-278英语教师VS西部名侦探，博士得知毛利小五郎相关的案卷被偷，后又被送回来，于是请来平次帮助柯南。两人分析偷盗案卷的人是想把某个人引出来的圈套，然后柯南又回顾了PISCO案件，怀疑克里斯是他的同伙，并进一步怀疑朱蒂=克里丝。虽然两人长相完全不同，但柯南知道克里斯精于化装。于是两人去朱蒂的公寓试探，并拜托博士在网上调查克里斯的资料。在双方接触过程中发生命案，案子虽然解决，但是对朱蒂的试探未果。这一集的重点就是最后在朱蒂的浴室的镜子后面出现的柯南，兰和舞会上的新一的照片，并且照片上的字迹和VERMOUTH的一模一样。按照后来的说法，这是朱蒂曾潜入新出医院，发现相关的照片后复制的。不过当时这些照片的出现，显然给了我们朱蒂=贝尔摩的的很大的误导，还有她最喜欢喝雪莉酒的提示更是使之雪上加霜。另外柯南最后说的除朱蒂外的另两个可疑人物应该是赤井和新出。
279-280迷宫的阴暗，博士应柯南的要求去克里斯的网站上查过信息，发现她就是美国已故大明星莎隆宾亚德的女儿。在母亲的葬礼上，她才第一次面对媒体。面对记者的追问，克里斯曾神秘的回答道：A SECRET MAKES A WOMAN WOMAN。另外，日本的前超人气女明星也出现在了莎隆的葬礼中，从画面看正是有希子。（我认为正是基于这个证据，柯南推理出了莎龙和克里斯其实是一个人。）
284-285中华街雨中的似曾相识，
286-288工藤新一NY事件，承接前面兰回忆起的“带黑色针织帽的男子”，通过兰在发烧病倒时的回忆倒述了去纽约经历的黄金苹果事件。还交代了新一和兰和莎龙的初次见面，以及他们对银发杀人魔的救命之恩。最后提到真杀人魔其实是别人灭口的，后来得知假杀人魔正是VERMOUTH所扮，这次计划本来是将秀一引出并杀死，但是没有成功。
309-311与黑暗组织接触，案子的开头柯南和兰遇到了赤井秀一，在谈话中赤井提到了一个表面坚强、暗地流泪的女孩。（估计应该是指宫野明美，他的女朋友。）有人提到，对赤井说兰“经常”哭感到难以理解，其实这是因为赤井曾经监视过毛利侦探所，因此多次看见兰暗暗哭泣。另外借此，柯南也了解到了当年兰和赤井相遇的事情，获知了赤井FBI的身份，赤井的嫌疑大大降低。通过阅读板仓的日记得知，黑衣组织委托其开发一种危害人类的软件，但他并未最终完成。柯南诱骗VODKA改时间交易，试图冒充板仓与VODKA接头，从而想得到他的指纹和行踪的情报，不料即将成功之际，却由于GIN的忽然出现而功亏一篑，柯南还险些被发现，最后躲在储物柜里才侥幸得脱。最后柯南和哀离开的时候，在附近的赤井和哀好像对彼此都有所感觉。
335-336东都显影所的秘密，有希子回到日本，接侦探团去东都显影所看电影。在路上有希子和柯南发现他们正在被人跟踪，柯南认为跟踪者不是冲着他就是冲着灰原来的，并且很有可能就是黑衣组织的人。其实后来得知是赤井手下的人在监视柯南等人，结尾处赤井还拍下了少年侦探团的照片，还看着哀说太像了，说明了FBI已经中了VERMOUTH的圈套，帮助她找到了变小的SHERRY。但是当时却让人觉得赤井很可疑。
338-339 4辆保时捷，开头处柯南奇怪的骗博士说新出不在家，为什么不对博士老实说出对新出的怀疑？但后来不明情况的博士还是找来了新出给小哀看病，VERMOUTH假扮的新出就正式确认了哀就是SHERRY，并且在博士家装了窃听器，但是朱蒂同时也在场，所以那时我们将所有的怀疑都加到了朱蒂身上。结尾处VERMOUTH冷笑着用打火机烧掉了SHERRY的照片，并得意地自言自语道：“找到了……你准备好了吗？我来找你了！”VERMOUTH要准备采取行动了，真是山雨欲来风满楼啊。
340-341厕所隐藏的秘密，柯南、灰原和博士去了灰原的父亲宫野博士生前工作过的事物所，想从那里得到一些黑衣组织的资料以及灰原父母的行踪。结果他们在厕所中找到了宫野明美放在那里的灰原妈妈留给灰原的磁带。这一集透露了很多内容，开头处柯南说了句“如果我的推理正确的话，我们应该已经不在人世了”，证明他已经知道新出是克里斯假扮的，而且明白灰原和他的身份已经暴露，正是不知道她为什么还没有采取行动。灰原找到了明美藏起来的录音带，她的母亲的面目也浮出水面，“Hell Angle”由此而来。在她母亲留给她的18岁生日末尾的话语中应该提到了某件惊人的事情，但是青山并没有说明。结尾处，VERMOUTH边从飞机场出来边用手机通着电话，从谈话中我们得知，她找来了一个叫Calvados（苹果酒）的组织成员，似乎是为她下一步要采取的行动做的一个重要部署。另外值得一提的是，在灰原的梦中，青山已经给出了VERMOUTH究竟装扮成了何人的暗示，眼睛没问题的话，一定就可以发现了。
343-344便利店的阴谋，柯南发现工藤宅子有人来过的痕迹，而且不是小兰。朱蒂老师突然间辞去了帝丹高中英文教师的工作，说是想回美国了。（其实是要对VERMOUTH采取行动了）在告别派对上，小兰无意间在朱蒂的卫生间的镜子后面发现了朱蒂藏着的自己与柯南，灰原等人的照片，不禁疑云顿生。这也促使她下一集中偷偷躲在朱蒂后车厢里想调查她究竟想做什么。
345与黑衣组织直面对决满月之夜的二元推理,柯南收到了VERMOUTH寄来的邀请新一去参加化妆舞会的信件，称呼竟然是江户川柯南！柯南知道自己的身份已经暴露并且决定开始行动，他一方面邀请服部假扮新一去参加化妆舞会，另一方面用麻醉针麻醉灰原后假扮成她的样子准备独闯组织。来接他的不是VERMOUTH假扮的新出，而是朱蒂！原来FBI也有自己的计划，他们准备先VERMOUTH一步接走灰原，引诱VERMOUTH跟踪至码头，然后实施抓捕。（柯南这时应该不确定朱蒂和新出谁是VERMOUTH，而且他俩还有可能是一伙的，所以他带上了窃听器）朱蒂在车上表明了FBI的身份后，柯南告诉了她新出一案（170-171黑暗中的死角）的真相，要求她利用此来揭穿VERMOUTH，以取得自己的信任。朱蒂揭穿了VERMOUTH同时是克里斯宾雅德和莎龙宾雅德，但在她招呼同伴要抓捕VERMOUTH时，不料却被埋伏的Calvados击伤。原来VERMOUTH棋高一着，她早就知道了FBI的抓捕计划，提前化妆成朱蒂来到码头，命令埋伏的FBI探员撤退了。而且VERMOUTH对FBI监视新出诊所也早已知晓，偷走案卷是为了引诱FBI暴露身份，贴出宫野志保的照片是利用FBI寻找目标。正当朱蒂形势危及时，另一边化妆的服部解决了舞会上的案子扯下了伪装，柯南也撕下面具用麻醉针控制住了VERMOUTH，柯南的筹划终于笑到了最后。但是这时风云突变，担心柯南安危的灰原利用备用的追踪眼镜忽然找来，反而破坏了柯南的大好计划，VERMOUTH趁机用麻醉针射中了柯南，并把手枪对准了灰原！就在这形势失控的时候，小兰忽然从朱蒂车子的后备箱跳出保护了灰原，赤井也及时出现迫使VERMOUTH不得不以柯南为人质逃离了码头。正当VERMOUTH向BOSS发邮件报告时，忽然发现柯南身上有发信器，原来柯南留了一手，他早料到VERMOUTH找到灰原后一定会向BOSS报告。VERMOUTH不得不承认放弃SHERRY，为了避免BOSS的邮件地址和身份泄露，VERMOUTH不得不使用了催眠瓦斯，并且朝自己开了一枪以保持清醒，毁掉发信器后狼狈逃离了现场。
425 Black impact！被组织的魔掌触碰的瞬间，通过忘记取回的窃听器，柯南却发现了惊天的大秘密！原来电视台主持人水无怜奈也是黑衣组织的成员，柯南窃听到了她和GIN等人的暗杀计划，并成功阻止。不料琴酒发现水无鞋底的窃听器，小五郎反而受到他们怀疑，危在旦夕。好在秀一及时出现，击伤了GIN，将装窃听器的勾当揽到了FBI身上。VERMOUTH也又再次保护了毛利等人。代号KIR的水无怜奈在行动中受伤昏迷，被FBI送入杯户中央医院控制了起来。另外这一集中柯南得知了布莱克也是FBI的人。
429-430无法回到从前的两个人，小兰的倒霉同学本堂英佑出场，眼睛长的和水无很像，好像注意到了柯南通过毛利破案，这让柯南感觉很不安，对本堂的身份产生了怀疑。
462黑衣组织的影子 年幼的目击者，一个孩子目击某歌星被人从桥上扔下，本堂用和水无一样的摸脉搏测谎术，引起了柯南的怀疑。
463.黑衣组织的影子 奇怪的照明，本堂数次想让毛利等人想起水无的事情来获取信息，但是都被柯南看出并把话题岔开。
464 黑衣组织的影子 谜样的高额报酬，本堂故意引诱毛利注意到一个小孩家发生的奇怪事件，这个小孩正是目击水无怜奈受伤的小孩，他说他的母亲生前曾经和奇怪的外国女人对话，打听水无怜奈的去向。
465.黑衣组织的影子 珍珠流星，在那个小孩就要说出摔下摩托车的就是主持人水无怜奈时，柯南及时用假面超人将话题岔了开去。柯南通过外国女人对孩子的回答"A SECRER MAKES A WOMAN WOMAN"推测出这个女人就是VERMOUTH。另外本集GIN所说的水无取得BOSS信任的事件也表明她与一个叫本堂的卧底的死有很大关系。
484-485黑色照片的去向，服部调查水无未果，但意外发现本堂及其父亲在大阪生活的情况，因为瑛佑小时候曾经和父亲一起去大阪的烧烤屋吃烧烤，其父和店长很谈得来。然而店长已经去世，所以柯南、阿笠博士和灰原决定造访住在东京的店长的孙子家，想从他那里得到些本堂及其父亲的情报。不料在这个模型爱好者西郡家里遭遇了盗窃案件，成功解决后柯南他们终于看到了瑛佑无意间照的照片，照片上看到了瑛佑的父亲，并了解到瑛佑的父亲常和黑西装的外国人打交道，并在Company（＝CIA）工作，曾打入过黑衣组织。
491-504 红与黑的碰撞系列 呵呵，自己看吧，秀一......
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组织构成重要成员：
"那位先生"
姓名：不详
简述："那位先生"即组织内成员对黑组织首领的称呼。黑组织首领的身份一直是一个谜，即使在漫画中也从未露面或者有过一个剪影。现在唯一可以知道的是，组织的首领手机号码在鸟取县(TV387 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(尾奏曲))。据说作者青山刚昌曾经在2006年的一次访谈中指出组织的首领其实是之前的漫画中出现的人物，由此产生了一些猜测。
代号:琴酒 (GIN)
姓名:不详
性别：男
年龄：不详
简述：琴酒是组织中最早出现的人物，Vodka的大哥，新一就是被他从背后打倒，再灌下了毒药APTX4869。永远都是一身黑色长风衣，黑色的帽沿下披散的金色长发，和一张总是那样邪恶的脸。残酷无情，极度冷静,有着冷酷的眼神，杀过许多人也不在乎的样子,在组织里似乎有极高的地位，只要达到他的地位就可以见到"那位先生"，主要负责很危险的暗杀和重要交易。和雪莉似有很深的关系，是个智能型的罪犯，和柯南多次交手都未曾吃亏。有一辆从德国买来的黑色保时捷，型号是356A,左撇子。
声优：堀之纪
初登场：漫画：Vol.1 File.1 《平成的福尔摩斯》TV：001 云霄飞车杀人事件
代号：伏特加(Vodka)
姓名：不详
性别：男
年龄：不详
简述：琴酒的助手，也是早期登场的人物。Vodka长的非常壮，头脑简单，遇事没有主见，做事稍嫌不细密，全听琴酒的，称琴酒为「大哥」。有几次几乎上了柯南的当而暴露组织的情况，幸由琴酒发现而得以弥补。
声优：立木文彦
初登场：漫画：Vol.1 File.1 《平成的福尔摩斯》TV：001云霄飞车杀人事件
代号：苦艾酒（Vermouth 也有译为贝尔摩德）
姓名：克莉丝·温亚德
年龄：29岁
职业：演员
擅长：易容、射击
名言：A secret makes a woman woman
简述：组织重要人物之一，长得相当漂亮，头脑冷静，判断力强，是组织中相当有实力的人。公开身份是美国著名女演员。习惯于单独行动。深受组织"那位先生"的宠爱。曾化装成自己的母亲莎朗以及小兰学校的新出医生，时而复出，时而隐退，行迹与想法都无法掌握猜度，精通易容术，真实身份应该是其母亲莎朗.宾亚，纽约事件中变装成银发杀人犯 。把赤井秀一的存在视为银色子弹的危险。头脑好、枪法高明。在组织中负责收集重要的情报、她还是组织BOSS所中意的人。变装成新出老师、刺探出宫野志保（灰原哀），然后除之。好像非常痛恨宫野志保的双亲所研究的东西。可能也吃过APTX4869。二十年前杀死FBI探员朱蒂的父母，留下了一个带有指纹的眼镜，并因此而暴露身份。曾经帮过黑暗组织的一名成员皮斯科一回，一直在追查组织的叛徒雪莉，身手、智慧都堪与和琴酒媲美，大概还在其上。种种诡异的举动总是能让人感到不寒而栗，但是对柯南和小兰又极力的保护，似乎有叛变组织的倾向。
声优：小山茉美
初登场：漫画：Vol.24 File.8 《漆黑的葬丧行列》TV：176—178与黑暗组织的再会
代号：龙舌兰(Tequila，死亡)
姓名：不详
简述：组织人物之一，关西口音的大汉，在一次在和满天堂公司职员交易的时候因拿错箱子被误炸而死。曾与电脑工程师板仓卓接触过。
初登场：漫画：Vol.12 File.4 《突如其来的遭遇》TV：054 电玩公司杀人事件
代号：皮斯克(Pisco，死亡)
姓名：枡山宪三（升山绘三）
年龄：71岁
职业：汽车公司董事长
简述：组织人物之一，原名枡山宪三，身为汽车公司老板的他是经济界的巨子,同时也是为组织长年工作的老成员。他是宫野志保的父亲宫野厚司的好友，所以经常能听到一些开发中的药物的事情。与组织老大关系密切，封住有受贿嫌疑问题的政治家吞口重彦口的人。暗杀宫野志保失败。之后在漫画《背叛的街角》中，哀悼会上举枪射杀目标人物--另一组织成员吞口重彦时被在场记者拍到。因过多的失败，被琴酒所杀。
初登场：漫画：Vol.24 File.8 《漆黑的葬丧行列》TV：176—178与黑暗组织的再会
代号：卡尔瓦多斯(Calvados)
姓名：不详
简述：组织人物之一，似乎是苦艾酒的助手，是个枪法很准的狙击手。所持来福枪、手枪、猎枪等各种武器。最喜欢用的是猎枪。头次出场带着3把枪，之后就被赤井秀一打断双腿然后在自己被捕前自杀了。真是个倒霉的家伙，连个面都没露，连句话都没说出来……不过在2006年的SP TV425 黑色冲击！组织墨爪伸来的瞬间 中，在组织成员chianti和korn的回忆中出现过一个剪影，大约是一个戴眼镜的瘦高个子。但被赤井秀一所击中
初登场：漫画：File.433 《面具下的真相》TV：345 直面黑色组织的对决!满月之夜的二元神秘事件
代号：雪莉(Sherry)
姓名：宫野志保
化名：灰原哀
年龄：18
简述：组织科学家宫野厚司的次女。美国留学后在组织里负责开发APTX4869，是组织里的"红人"（琴酒语）。但在组织杀害她的姐姐宫野明美后放弃研制作为抗议。在被组织处决前服下APTX4869自杀，却变回小孩并逃出组织。现在化名灰原哀住在阿笠博士家中，和柯南一起生活并躲避组织的追杀。曾经在一次哀悼会中被皮斯克认出，并在短暂变回宫野志保后被琴酒枪击。多亏得到柯南的帮助才得以逃出。 后来在动画345中身份暴露，被Vermouth发现。但是至今为止不为Gin等其他成员所知。
初登场：TV 129 来自黑暗组织的女子
声优：林原惠美
代号：基安蒂(Chianti)
姓名：不详
简述：组织的优秀狙击手，据说有狙击600码外目标的能力。因为苦艾酒的行动害死了卡尔瓦多斯，对她非常反感。
初登场：TV 425 黑色的冲击！组织魔爪伸来的瞬间
声优： 井上喜久子
代号：科恩(Korn)
姓名：不详
简述：组织的优秀狙击手，和基安蒂是搭档，射击能力也与她不相上下。似乎和之前死去的卡尔瓦多斯关系很好。同样反感苦艾酒
初登场：TV 425 黑色的冲击！组织魔爪伸来的瞬间
声优：木下浩之
代号：波本(Bourbon)
姓名：不详
简述：谜一样的组织成员，对他的认识只少可以说仅次于那位先生。最早的“登场”来自于水无怜奈在返回组织后给FBI的一通电话中。水无怜奈提到组织为寻找雪莉而派出了强大的侦探。这名侦探很可能是组织高层人物，但是连水无怜奈也没有听说过，而他的代号就是波本（Bourbon ，一种烈性美国威士忌）。在随后的漫画中，可以感受到波本已经出现在柯南的周围。但并没有被明确地指出。有人认为赤井秀一死后忽然出现的大学生冲矢昴就是波本，但他也可能是赤井秀一假扮的。因此，这个人物虽然应该已经出现过了，但他究竟是谁还是一个谜。
初登场：存有疑问，动画尚未出。
代号：基尔(KIR)
姓名：本堂瑛海
化名：水无怜奈
简述：CIA特工，为破坏组织而打入内部。她的父亲伊森.本堂也是侦办组织的CIA特工，在女儿身份暴露后自杀，并伪造成审问基尔却反被她所杀的假象，使本堂瑛海躲过了组织的怀疑并得到"那位先生"的信任。她平时的身份是日卖电视台的主持人。在一次暗杀政要的行动中因为事故被FBI当作组织成员擒获，并一直在医院伪装昏迷。直到她"苏醒"后FBI才知道她的真实身份，并且将她送回组织继续完成任务。但在刚回去不久时，在琴酒的要求下杀死了赤井秀一。不过很多人怀疑这只是做给琴酒的戏而已。
初登场：TV 425 黑色的冲击！组织魔爪伸来的瞬间
声优：三石琴乃
代号：黑麦威士忌（RYE）
姓名：赤井秀一（あかい しゅういち akai shuichi)
化名：诸星大
年龄：不详。推测大约为28—30
爱车:雪弗莱C1500（黑色皮卡）
简述：神秘的FBI特工，以青山刚昌偶像红色彗星“夏亚”为原型创作的人物，宫野明美的男友，为进入组织曾接近明美，不过假戏真做陷入情网，后无奈与其分手，似与明美的妹妹志保有很深的关系。在组织待过三年，逐渐崭露头角成为重要骨干成员，又因FBI安德鲁·卡迈尔的失误被迫逃离组织，之后回到纽约，追击VERMOUTH，与黑组织的几次交手都呈现较大的优势，多次从枪口下就出灰原、柯南、毛利、JUDIE、JAMES等人，组织BOSS及GIN认为他是可以射穿黑组织心脏的银色子弹(SILVER BULLET)，是一个头脑一级，身手一级，枪法一级的人。平时总戴黑色针织帽，（492集受伤时没有戴），和GIN同为左撇子。在漫画单行本57—58与组织会击，为保护水无怜奈的卧底身份不被泄漏壮烈牺牲。不过大多数人认为这不过是个幌子，是青山掩人耳目的一招。File.622初登场的大学生冲矢昴，因为一些原因被认为可能是赤井秀一假扮的。
声优：池田秀一
初登场:TV230 充满谜团的乘客(前编)
姓名：宫野明美（死亡）
化名：广田雅美
年龄：24-25
简述：宫野志保的姐姐，黑暗组织的基层成员，赤井秀一的女朋友。参与了黑暗组织10亿元抢劫案，得手后因背叛组织被琴酒所杀。和妹妹志保不同，因为是基层成员，所以可以像正常人一样生活，但其实是在组织的监控下。是为了让志保脱离组织，作为交换条件，才加入组织的。为了逃避组织的追查，自己有一间秘密住所，为了自己和妹妹能够脱离组织，参与了抢劫10亿元的案件，最后被Gin杀死。
初登场：漫画Vol.2 File.6 《追踪高大的男人》TV：128 黑暗组织10亿抢劫事件
声优：玉川纱己子（赤井秀一配音池田秀一的妻子）
姓名：宫野 厚司（死亡）
简述：宫野志保的父亲，科学家。在科学界以"被业界驱逐的疯狂科学家"而知名。在发表会类的活动中遇到过阿笠博士，并表示过对阿笠博士的发明的兴趣，是个相当直爽的人。在组织中与妻子一起进行"使死者复活的秘密药物"的研究，在实验中因事故死亡（根据组织的报告）。在《夕阳染红的女儿节人偶》中被小哀提到。
姓名：宫野 艾理娜（死亡）
简述：宫野志保的母亲，可能是英国人。从英国到日本留学时遇到厚司，此后结婚。虽然跟阿立博士见过面，但因为其寡言少语，所以留下了不知道在想些什么的印象。虽然在组织中被称为地狱的坠落天使（HELL ANGEL）、但把录有自己声音的录音带委托给宫野明美交给女儿志保。录音带里反映出其对女儿志保的事情非常重视的想法。 性格忧郁阴沉，小哀的阴沉是她的遗传？与丈夫一同死亡。还有很多未可知之处，但是从留给女儿的录音带中可以了解到她其实很关心小哀。 在《金钱买不到的友情》中被博士提到。
- 原 佳明 - 日本 游戏工程师。因为入侵黑衣组织电脑被GIN所杀害。
初登场第五部剧场版——通往天国的倒数计时。
姓名：邵渊己一郎（死亡）
简述：组织底层人物之一，组织的一员，是末端的末端的人物。组织教他一系列的杀人手法，以协助优秀的杀手作案。但是他达不到预期的培养效用， 就被送到宫野志保处来作实验对象。后来在作人体实验前逃跑。后被警察逮捕判了死刑。
初登场：漫画：Vol.19 File.7 《钱包疑云》TV：118 浪花连续杀人事件
就目前来说组织里Gin最厉害了
"那位先生"
姓名：不详
简述："那位先生"即组织内成员对黑组织首领的称呼。黑组织首领的身份一直是一个谜，即使在漫画中也从未露面或者有过一个剪影。现在唯一可以知道的是，组织的首领手机号码在鸟取县(TV387 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(尾奏曲))。据说作者青山刚昌曾经在2006年的一次访谈中指出组织的首领其实是之前的漫画中出现的人物，由此产生了一些猜测。
代号:琴酒 (GIN)
姓名:不详
性别：男
年龄：不详
简述：琴酒是组织中最早出现的人物，Vodka的大哥，新一就是被他从背后打倒，再灌下了毒药APTX4869。永远都是一身黑色长风衣，黑色的帽沿下披散的金色长发，和一张总是那样邪恶的脸。残酷无情，极度冷静,有着冷酷的眼神，杀过许多人也不在乎的样子,在组织里似乎有极高的地位，只要达到他的地位就可以见到"那位先生"，主要负责很危险的暗杀和重要交易。和雪莉似有很深的关系，是个智能型的罪犯，和柯南多次交手都未曾吃亏。有一辆从德国买来的黑色保时捷，型号是356A,左撇子。
声优：堀之纪
初登场：漫画：Vol.1 File.1 《平成的福尔摩斯》TV：001 云霄飞车杀人事件
代号：伏特加(Vodka)
姓名：不详
性别：男
年龄：不详
简述：琴酒的助手，也是早期登场的人物。Vodka长的非常壮，头脑简单，遇事没有主见，做事稍嫌不细密，全听琴酒的，称琴酒为「大哥」。有几次几乎上了柯南的当而暴露组织的情况，幸由琴酒发现而得以弥补。
声优：立木文彦
初登场：漫画：Vol.1 File.1 《平成的福尔摩斯》TV：001云霄飞车杀人事件
代号：苦艾酒（Vermouth 也有译为贝尔摩德）
姓名：克莉丝·温亚德
年龄：29岁
职业：演员
擅长：易容、射击
名言：A secret makes a woman woman
简述：组织重要人物之一，长得相当漂亮，头脑冷静，判断力强，是组织中相当有实力的人。公开身份是美国著名女演员。习惯于单独行动。深受组织"那位先生"的宠爱。曾化装成自己的母亲莎朗以及小兰学校的新出医生，时而复出，时而隐退，行迹与想法都无法掌握猜度，精通易容术，真实身份应该是其母亲莎朗.宾亚，纽约事件中变装成银发杀人犯 。把赤井秀一的存在视为银色子弹的危险。头脑好、枪法高明。在组织中负责收集重要的情报、她还是组织BOSS所中意的人。变装成新出老师、刺探出宫野志保（灰原哀），然后除之。好像非常痛恨宫野志保的双亲所研究的东西。可能也吃过APTX4869。二十年前杀死FBI探员朱蒂的父母，留下了一个带有指纹的眼镜，并因此而暴露身份。曾经帮过黑暗组织的一名成员皮斯科一回，一直在追查组织的叛徒雪莉，身手、智慧都堪与和琴酒媲美，大概还在其上。种种诡异的举动总是能让人感到不寒而栗，但是对柯南和小兰又极力的保护，似乎有叛变组织的倾向。
声优：小山茉美
初登场：漫画：Vol.24 File.8 《漆黑的葬丧行列》TV：176—178与黑暗组织的再会
代号：龙舌兰(Tequila，死亡)
姓名：不详
简述：组织人物之一，关西口音的大汉，在一次在和满天堂公司职员交易的时候因拿错箱子被误炸而死。曾与电脑工程师板仓卓接触过。
初登场：漫画：Vol.12 File.4 《突如其来的遭遇》TV：054 电玩公司杀人事件
代号：皮斯克(Pisco，死亡)
姓名：枡山宪三（升山绘三）
年龄：71岁
职业：汽车公司董事长
简述：组织人物之一，原名枡山宪三，身为汽车公司老板的他是经济界的巨子,同时也是为组织长年工作的老成员。他是宫野志保的父亲宫野厚司的好友，所以经常能听到一些开发中的药物的事情。与组织老大关系密切，封住有受贿嫌疑问题的政治家吞口重彦口的人。暗杀宫野志保失败。之后在漫画《背叛的街角》中，哀悼会上举枪射杀目标人物--另一组织成员吞口重彦时被在场记者拍到。因过多的失败，被琴酒所杀。
初登场：漫画：Vol.24 File.8 《漆黑的葬丧行列》TV：176—178与黑暗组织的再会
代号：卡尔瓦多斯(Calvados)
姓名：不详
简述：组织人物之一，似乎是苦艾酒的助手，是个枪法很准的狙击手。所持来福枪、手枪、猎枪等各种武器。最喜欢用的是猎枪。头次出场带着3把枪，之后就被赤井秀一打断双腿然后在自己被捕前自杀了。真是个倒霉的家伙，连个面都没露，连句话都没说出来……不过在2006年的SP TV425 黑色冲击！组织墨爪伸来的瞬间 中，在组织成员chianti和korn的回忆中出现过一个剪影，大约是一个戴眼镜的瘦高个子。但被赤井秀一所击中
初登场：漫画：File.433 《面具下的真相》TV：345 直面黑色组织的对决!满月之夜的二元神秘事件
代号：雪莉(Sherry)
姓名：宫野志保
化名：灰原哀
年龄：18
简述：组织科学家宫野厚司的次女。美国留学后在组织里负责开发APTX4869，是组织里的"红人"（琴酒语）。但在组织杀害她的姐姐宫野明美后放弃研制作为抗议。在被组织处决前服下APTX4869自杀，却变回小孩并逃出组织。现在化名灰原哀住在阿笠博士家中，和柯南一起生活并躲避组织的追杀。曾经在一次哀悼会中被皮斯克认出，并在短暂变回宫野志保后被琴酒枪击。多亏得到柯南的帮助才得以逃出。 后来在动画345中身份暴露，被Vermouth发现。但是至今为止不为Gin等其他成员所知。
初登场：TV 129 来自黑暗组织的女子
声优：林原惠美
代号：基安蒂(Chianti)
姓名：不详
简述：组织的优秀狙击手，据说有狙击600码外目标的能力。因为苦艾酒的行动害死了卡尔瓦多斯，对她非常反感。
初登场：TV 425 黑色的冲击！组织魔爪伸来的瞬间
声优： 井上喜久子
代号：科恩(Korn)
姓名：不详
简述：组织的优秀狙击手，和基安蒂是搭档，射击能力也与她不相上下。似乎和之前死去的卡尔瓦多斯关系很好。同样反感苦艾酒
初登场：TV 425 黑色的冲击！组织魔爪伸来的瞬间
声优：木下浩之
代号：波本(Bourbon)
姓名：不详
简述：谜一样的组织成员，对他的认识只少可以说仅次于那位先生。最早的“登场”来自于水无怜奈在返回组织后给FBI的一通电话中。水无怜奈提到组织为寻找雪莉而派出了强大的侦探。这名侦探很可能是组织高层人物，但是连水无怜奈也没有听说过，而他的代号就是波本（Bourbon ，一种烈性美国威士忌）。在随后的漫画中，可以感受到波本已经出现在柯南的周围。但并没有被明确地指出。有人认为赤井秀一死后忽然出现的大学生冲矢昴就是波本，但他也可能是赤井秀一假扮的。因此，这个人物虽然应该已经出现过了，但他究竟是谁还是一个谜。
初登场：存有疑问，动画尚未出。
代号：基尔(KIR)
姓名：本堂瑛海
化名：水无怜奈
简述：CIA特工，为破坏组织而打入内部。她的父亲伊森.本堂也是侦办组织的CIA特工，在女儿身份暴露后自杀，并伪造成审问基尔却反被她所杀的假象，使本堂瑛海躲过了组织的怀疑并得到"那位先生"的信任。她平时的身份是日卖电视台的主持人。在一次暗杀政要的行动中因为事故被FBI当作组织成员擒获，并一直在医院伪装昏迷。直到她"苏醒"后FBI才知道她的真实身份，并且将她送回组织继续完成任务。但在刚回去不久时，在琴酒的要求下杀死了赤井秀一。不过很多人怀疑这只是做给琴酒的戏而已。
初登场：TV 425 黑色的冲击！组织魔爪伸来的瞬间
声优：三石琴乃
代号：黑麦威士忌（RYE）
姓名：赤井秀一（あかい しゅういち akai shuichi)
化名：诸星大
年龄：不详。推测大约为28—30
爱车:雪弗莱C1500（黑色皮卡）
简述：神秘的FBI特工，以青山刚昌偶像红色彗星“夏亚”为原型创作的人物，宫野明美的男友，为进入组织曾接近明美，不过假戏真做陷入情网，后无奈与其分手，似与明美的妹妹志保有很深的关系。在组织待过三年，逐渐崭露头角成为重要骨干成员，又因FBI安德鲁·卡迈尔的失误被迫逃离组织，之后回到纽约，追击VERMOUTH，与黑组织的几次交手都呈现较大的优势，多次从枪口下就出灰原、柯南、毛利、JUDIE、JAMES等人，组织BOSS及GIN认为他是可以射穿黑组织心脏的银色子弹(SILVER BULLET)，是一个头脑一级，身手一级，枪法一级的人。平时总戴黑色针织帽，（492集受伤时没有戴），和GIN同为左撇子。在漫画单行本57—58与组织会击，为保护水无怜奈的卧底身份不被泄漏壮烈牺牲。不过大多数人认为这不过是个幌子，是青山掩人耳目的一招。File.622初登场的大学生冲矢昴，因为一些原因被认为可能是赤井秀一假扮的。
声优：池田秀一
初登场:TV230 充满谜团的乘客(前编)
姓名：宫野明美（死亡）
化名：广田雅美
年龄：24-25
简述：宫野志保的姐姐，黑暗组织的基层成员，赤井秀一的女朋友。参与了黑暗组织10亿元抢劫案，得手后因背叛组织被琴酒所杀。和妹妹志保不同，因为是基层成员，所以可以像正常人一样生活，但其实是在组织的监控下。是为了让志保脱离组织，作为交换条件，才加入组织的。为了逃避组织的追查，自己有一间秘密住所，为了自己和妹妹能够脱离组织，参与了抢劫10亿元的案件，最后被Gin杀死。
初登场：漫画Vol.2 File.6 《追踪高大的男人》TV：128 黑暗组织10亿抢劫事件
声优：玉川纱己子（赤井秀一配音池田秀一的妻子）
姓名：宫野 厚司（死亡）
简述：宫野志保的父亲，科学家。在科学界以"被业界驱逐的疯狂科学家"而知名。在发表会类的活动中遇到过阿笠博士，并表示过对阿笠博士的发明的兴趣，是个相当直爽的人。在组织中与妻子一起进行"使死者复活的秘密药物"的研究，在实验中因事故死亡（根据组织的报告）。在《夕阳染红的女儿节人偶》中被小哀提到。
姓名：宫野 艾理娜（死亡）
简述：宫野志保的母亲，可能是英国人。从英国到日本留学时遇到厚司，此后结婚。虽然跟阿立博士见过面，但因为其寡言少语，所以留下了不知道在想些什么的印象。虽然在组织中被称为地狱的坠落天使（HELL ANGEL）、但把录有自己声音的录音带委托给宫野明美交给女儿志保。录音带里反映出其对女儿志保的事情非常重视的想法。 性格忧郁阴沉，小哀的阴沉是她的遗传？与丈夫一同死亡。还有很多未可知之处，但是从留给女儿的录音带中可以了解到她其实很关心小哀。 在《金钱买不到的友情》中被博士提到。
- 原 佳明 - 日本 游戏工程师。因为入侵黑衣组织电脑被GIN所杀害。
初登场第五部剧场版——通往天国的倒数计时。
姓名：邵渊己一郎（死亡）
简述：组织底层人物之一，组织的一员，是末端的末端的人物。组织教他一系列的杀人手法，以协助优秀的杀手作案。但是他达不到预期的培养效用， 就被送到宫野志保处来作实验对象。后来在作人体实验前逃跑。后被警察逮捕判了死刑。
初登场：漫画：Vol.19 File.7 《钱包疑云》TV：118 浪花连续杀人事件
就目前来说组织里Gin最厉害了
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我知道的只有这些：(我忘记剧情了，总之先介绍一下登场人物）
176 与黑暗组织的再会（灰原篇）
177 与黑暗组织的再会（柯南篇）}
178 与黑暗组织的再会（解决篇）}是（灰原变大的那几集，有：琴酒，伏特加，匹斯克登场）
230 谜一样的乘客（前篇）
231 谜一样的乘客（后篇）
（赤井秀一登场，柯南救灰原逃出即将爆炸的巴士）
309 与黑暗组织接触（交涉篇）
310 与黑暗组织接触（追击篇）
311 与黑暗组织接触（决死篇）
（赤井秀一有短暂的出场。琴酒和伏特加也有出场。柯南得到了组织的最新情报，和博士去了郊外的木屋，以及柯南差点被发现，那时他藏在储物箱里，后来被灰原找到。）
345 与黑暗组织直面对决!满月之夜的二元神秘事件（柯南，毛利小五郎受到邀请参加万圣节（在船上），园子也参加了，中间且不说，伏特加混入怪物们中，工藤新一有出场，后来就精彩了，柯南假扮灰原与组织的贝尔摩得接触，后来被灰原用眼镜找到，赤井秀一，卡瓦卡多斯，朱蒂，新出智明（贝尔摩得假扮）也登场了，小兰躲在车厢后，救了灰原一命...)
425 黑色的冲击！黑色组织魔爪伸来的瞬间 （特别篇）
492 红与黑的碰撞 血缘
495 红与黑的碰撞 昏睡
501 红与黑的碰撞 嫌疑
502 红与黑的碰撞 洁白
503 红与黑的碰撞 决死
504 红与黑的碰撞 殉职
（赤井秀一在504集中死亡，被受琴酒指使的基尔/水无怜奈/本堂瑛海用枪射死，前面几集是本堂瑛佑为证实水无怜奈是她姐姐寻找证据，后来在追杀黑暗组织时，贝尔摩得与本堂瑛海调换，使得本堂瑛海昏迷被送入医院，之后才了解到水无怜奈就是本堂瑛佑的姐姐，苏醒过来的水无怜奈与FBI合作，但后来琴酒怀疑基尔背叛，让他杀死赤井秀一，中间还有几次黑暗组织为找出基尔在哪个医院而设置炸弹等物）
176 与黑暗组织的再会（灰原篇）
177 与黑暗组织的再会（柯南篇）}
178 与黑暗组织的再会（解决篇）}是（灰原变大的那几集，有：琴酒，伏特加，匹斯克登场）
230 谜一样的乘客（前篇）
231 谜一样的乘客（后篇）
（赤井秀一登场，柯南救灰原逃出即将爆炸的巴士）
309 与黑暗组织接触（交涉篇）
310 与黑暗组织接触（追击篇）
311 与黑暗组织接触（决死篇）
（赤井秀一有短暂的出场。琴酒和伏特加也有出场。柯南得到了组织的最新情报，和博士去了郊外的木屋，以及柯南差点被发现，那时他藏在储物箱里，后来被灰原找到。）
345 与黑暗组织直面对决!满月之夜的二元神秘事件（柯南，毛利小五郎受到邀请参加万圣节（在船上），园子也参加了，中间且不说，伏特加混入怪物们中，工藤新一有出场，后来就精彩了，柯南假扮灰原与组织的贝尔摩得接触，后来被灰原用眼镜找到，赤井秀一，卡瓦卡多斯，朱蒂，新出智明（贝尔摩得假扮）也登场了，小兰躲在车厢后，救了灰原一命...)
425 黑色的冲击！黑色组织魔爪伸来的瞬间 （特别篇）
492 红与黑的碰撞 血缘
495 红与黑的碰撞 昏睡
501 红与黑的碰撞 嫌疑
502 红与黑的碰撞 洁白
503 红与黑的碰撞 决死
504 红与黑的碰撞 殉职
（赤井秀一在504集中死亡，被受琴酒指使的基尔/水无怜奈/本堂瑛海用枪射死，前面几集是本堂瑛佑为证实水无怜奈是她姐姐寻找证据，后来在追杀黑暗组织时，贝尔摩得与本堂瑛海调换，使得本堂瑛海昏迷被送入医院，之后才了解到水无怜奈就是本堂瑛佑的姐姐，苏醒过来的水无怜奈与FBI合作，但后来琴酒怀疑基尔背叛，让他杀死赤井秀一，中间还有几次黑暗组织为找出基尔在哪个医院而设置炸弹等物）
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001 云霄飞车杀人事件
013 奇怪的寻亲杀人事件
054 电玩公司杀人事件
128 黑暗组织10亿元抢劫事件
129 来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件
176 与黑暗组织的再会（灰原篇）
177 与黑暗组织的再会（柯南篇）
178 与黑暗组织的再会（解决篇）
230 迷一样的乘客（前篇）
231 迷一样的乘客（后篇）
258 来自芝加哥的男人（前篇）
259 来自芝加哥的男人（后篇）
286 工藤新一纽约事件（事件篇）
287 工藤新一纽约事件（推理篇）
288 工藤新一纽约事件（解决篇）
307 没有声音的证词（前篇）
308 没有声音的证词（后篇）
309 与黑暗组织接触（交涉篇）
310 与黑暗组织接触（追击篇）
311 与黑暗组织接触（决死篇）
338 四辆保时捷（上）
339 四辆保时捷（下）
340 厕所隐藏的秘密（前篇）
341 厕所隐藏的秘密（后篇）
345 与黑衣组织直面对决 满月之夜的双重迷案
425 黑色冲击！黑暗组织魔爪伸来的瞬间
462 黑衣组织的影子 年幼的目击者
463 黑衣组织的影子 奇妙的照明
464 黑衣组织的影子 谜样的高额报酬
465 黑衣组织的影子 珍珠的流星
484黑色照片的行踪（前篇）
485黑色照片的行踪（后篇）
491 红与黑的碰撞 开端
492 红与黑的碰撞 血缘
493 红与黑的碰撞 绝叫
494 红与黑的碰撞 冥土
495 红与黑的碰撞 昏睡
496 红与黑的碰撞 侵入
497 红与黑的碰撞 觉醒
498 红与黑的碰撞 搅乱
499 红与黑的碰撞 伪装
500 红与黑的碰撞 遗言
501 红与黑的碰撞 嫌疑
502 红与黑的碰撞 洁白
503 红与黑的碰撞 决死
504 红与黑的碰撞 殉职
509 红白黄色与侦探团
数码重映版
与黑衣组织的再会
剧场版
2001 剧场版5：通往天国的倒计时（天国へのカウントダウン）2001/04/11
2009剧场版13：漆黑的追迹者（漆黒の追迹者） 2009/04/18
漫画版
01/01 001 现代的福尔摩斯
01/02 002 变成小孩子的名侦探
12/04 114 突如其来的遭遇
12/05 115 炸弹的下落
12/06 116 柯南失算了
18/06 176 转学生
18/07 177 黑衣女郎
18/08 178 秘密组织成员·
18/09 179 伪装的少女
18/10 180 将死
19/01 181 为什么？
19/09 189 被狙击的球！
19/10 190 5万6千名人质
20/01 191 远方之眼
24/07 238 背叛的街角
24/08 239 漆黑的丧葬行列
24/09 240 不告而别
24/10 241 来自过去的子弹
24/11 242 白色世界
29/03 287 看不见的恐怖
29/04 288 危险讯号
29/05 289 光天化日下的埋
34/11 350 金苹果（1）
35/01 351 金苹果（2）
35/02 352 金苹果（3）
35/03 353 金苹果（4）
35/04 354 金苹果（5）
37/05 377 黑暗的足迹（1）
37/06 378 黑暗的足迹（2）
37/07 379 黑暗的足迹（3）
37/08 380 白雪…黑影…
37/09 381 危险的相遇
37/10 382 顺风车
38/01 383 新兵器！
41/10 423 到访者留下的谜
41/11 424 小小密室的秘密
42/01 425 隐藏的真相
42/05 429 月圆之夜和黑宴
42/06 430 染血的幽灵船
42/07 431 隐形人出现
42/08 432 工藤新一登场
42/09 433 面具下的真相
42/10 434 腐坏的苹果
48/09 499 门铃怪客
48/10 500 新的黑衣组织成员
49/01 501 追踪目标！
49/02 502 新的指令！
49/03 503 黑衣组织vsFBI
49/04 504 黑衣组织vsFBI
53/07 550 目击者一人
53/08 551 钉子与蛇
53/09 552 锤子的真面目
53/10 553 不可思议的兼职
54/01 554 晚餐的菜单
54/02 555 梦中之星
013 奇怪的寻亲杀人事件
054 电玩公司杀人事件
128 黑暗组织10亿元抢劫事件
129 来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件
176 与黑暗组织的再会（灰原篇）
177 与黑暗组织的再会（柯南篇）
178 与黑暗组织的再会（解决篇）
230 迷一样的乘客（前篇）
231 迷一样的乘客（后篇）
258 来自芝加哥的男人（前篇）
259 来自芝加哥的男人（后篇）
286 工藤新一纽约事件（事件篇）
287 工藤新一纽约事件（推理篇）
288 工藤新一纽约事件（解决篇）
307 没有声音的证词（前篇）
308 没有声音的证词（后篇）
309 与黑暗组织接触（交涉篇）
310 与黑暗组织接触（追击篇）
311 与黑暗组织接触（决死篇）
338 四辆保时捷（上）
339 四辆保时捷（下）
340 厕所隐藏的秘密（前篇）
341 厕所隐藏的秘密（后篇）
345 与黑衣组织直面对决 满月之夜的双重迷案
425 黑色冲击！黑暗组织魔爪伸来的瞬间
462 黑衣组织的影子 年幼的目击者
463 黑衣组织的影子 奇妙的照明
464 黑衣组织的影子 谜样的高额报酬
465 黑衣组织的影子 珍珠的流星
484黑色照片的行踪（前篇）
485黑色照片的行踪（后篇）
491 红与黑的碰撞 开端
492 红与黑的碰撞 血缘
493 红与黑的碰撞 绝叫
494 红与黑的碰撞 冥土
495 红与黑的碰撞 昏睡
496 红与黑的碰撞 侵入
497 红与黑的碰撞 觉醒
498 红与黑的碰撞 搅乱
499 红与黑的碰撞 伪装
500 红与黑的碰撞 遗言
501 红与黑的碰撞 嫌疑
502 红与黑的碰撞 洁白
503 红与黑的碰撞 决死
504 红与黑的碰撞 殉职
509 红白黄色与侦探团
数码重映版
与黑衣组织的再会
剧场版
2001 剧场版5：通往天国的倒计时（天国へのカウントダウン）2001/04/11
2009剧场版13：漆黑的追迹者（漆黒の追迹者） 2009/04/18
漫画版
01/01 001 现代的福尔摩斯
01/02 002 变成小孩子的名侦探
12/04 114 突如其来的遭遇
12/05 115 炸弹的下落
12/06 116 柯南失算了
18/06 176 转学生
18/07 177 黑衣女郎
18/08 178 秘密组织成员·
18/09 179 伪装的少女
18/10 180 将死
19/01 181 为什么？
19/09 189 被狙击的球！
19/10 190 5万6千名人质
20/01 191 远方之眼
24/07 238 背叛的街角
24/08 239 漆黑的丧葬行列
24/09 240 不告而别
24/10 241 来自过去的子弹
24/11 242 白色世界
29/03 287 看不见的恐怖
29/04 288 危险讯号
29/05 289 光天化日下的埋
34/11 350 金苹果（1）
35/01 351 金苹果（2）
35/02 352 金苹果（3）
35/03 353 金苹果（4）
35/04 354 金苹果（5）
37/05 377 黑暗的足迹（1）
37/06 378 黑暗的足迹（2）
37/07 379 黑暗的足迹（3）
37/08 380 白雪…黑影…
37/09 381 危险的相遇
37/10 382 顺风车
38/01 383 新兵器！
41/10 423 到访者留下的谜
41/11 424 小小密室的秘密
42/01 425 隐藏的真相
42/05 429 月圆之夜和黑宴
42/06 430 染血的幽灵船
42/07 431 隐形人出现
42/08 432 工藤新一登场
42/09 433 面具下的真相
42/10 434 腐坏的苹果
48/09 499 门铃怪客
48/10 500 新的黑衣组织成员
49/01 501 追踪目标！
49/02 502 新的指令！
49/03 503 黑衣组织vsFBI
49/04 504 黑衣组织vsFBI
53/07 550 目击者一人
53/08 551 钉子与蛇
53/09 552 锤子的真面目
53/10 553 不可思议的兼职
54/01 554 晚餐的菜单
54/02 555 梦中之星
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