1、《名侦探柯南：计时引爆摩天楼》
新一收到了来自世界知名建筑家——森谷教授于其宅邸举行的晚会的请帖。柯南、小兰和小五郎应邀出席。此即为事件的开端……发生了作为特殊火药的塑胶炸弹大量失窃的案件。那个自称凶手的男子打来预告电话，与柯南展开博弈。
犯人再次向那里打电话，“工藤为什么没来！”那家伙是从哪里观察的？随后，凶手连续发来炸弹预告。炸弹究竟被安在了哪里？城市陷入了恐慌。
2、《名侦探柯南：通往天国的倒计时》
柯南一行人在露营的回家途中顺道参观一座位于西多摩市境内即将在近期完成的全日本最高双塔摩天大楼。而这摩天大楼的拥有者同时也邀请了小五郎与小兰前来参加开幕典礼，因而与柯南一行人偶然巧遇。一行人在秘书的带领之下参观了这座两栋几乎一模一样的最尖端高科技双塔摩天大楼。
但是，此时在这摩天大楼里却出现了多位与此建筑物有着不同关系的人士，不久之后第一个杀人事件发生了。而且，令人不敢相信的是黑衣组织的成员竟然同时也在大楼附近出现，这让人不免联想到灰原哀自从那些日子以来，在深夜里究竟是在跟谁联络。
而柯南的真正身份会被组织发现吗，且灰原哀真正的身份又是？不管目暮警官等人如何的劝说，双塔摩天大楼的开幕典礼仍按照预定进行。
为了查出这场发生在总楼层高300公尺的高科技摩天大楼的杀人事件真相，柯南将与其宿敌，也就是当初逼迫工藤新一喝下毒药使他身体缩小的凶手——黑衣组织，展开一场史上最恐怖的攻防战。
在信息技术行业的帝王托马斯·辛德勒的基础上，开发了人工智能程序“诺亚方舟”的10岁天才少年弘树离奇自杀。2年后，辛德勒公司发表了使用了最新的虚拟现实技术的前所未有的游戏“茧”。这是可支配五感，体验就像现实中事情的虚拟体感游戏。
柯南、小兰和少年侦探团一起，前往发布会。在那里也出现了与这部游戏开发有关系的新一父亲——优作的身影。然而在华丽的聚会开始之后，辛德勒手下“茧”的开发负责人——坚村被杀害了。发现了坚村留下的信息的柯南，直觉感到优作负责的“茧”的舞台中隐藏着线索。
少年侦探团和灰原、小兰、警视副总监的孙子·诸星等人一起，向夏洛克·福尔摩斯和混合了真实存在的杀人犯开膛手杰克的“古代伦敦”发起挑战。可就在游戏开始的同时，游戏被“诺亚方舟”控制了……
演员牧树里所拥有的珠宝“命运的宝石”被锁定成为目标，预告函的署名是怪盗基德。但是，预告函为什么是送给工藤新一，基德会再次在柯南面前现身吗，惨剧的真相到底是什么，26个文字、滑道、怪盗基德，这一次的谜题是什么，关键又会是什么。
某天，毛利侦探事务所接到了知名舞台剧女演员牧树里的委讬。委讬内容是牧树里收到怪盗基德预告信，信中指出怪盗基德将在舞台上夺取牧树里佩带的蓝宝石戒指，“命运的宝石”。于是毛利小五郎接受保护宝石的工作。
依据毛利小五郎的推理，基德将在演出的最后一天前来盗取这颗无价的宝石。在演出的最后一天，毛利小五郎、小兰和柯南受邀观赏舞台剧，在剧场里错综复杂的人群中，基德到底会假扮成谁出现在大家面前，在紧张的埋伏等候中，出现在大家面前的竟然是工藤新一。
柯南一方面必须保护宝石，另一方面又不能拆穿基德假扮的工藤新一，因为拆穿基德就等于公开自己身体缩小的秘密。柯南只好盯紧假的工藤新一，一刻都不能松懈。就在舞台剧即将落幕之前，柯南发现假的工藤新一不见了，随即追上，但却在一片混乱之中来是让基德逃脱了。
不过，“命运的宝石”终究是保护住了，牧树里为了表示感谢，邀请毛利侦探前往北海道函馆的别墅度假，同行的还有一同演出的其他演员。
就在大家都搭上飞机前往函馆的机舱里，一幕精心设计的杀人剧码就在大家面前实际上演了。柯南除了要防止基德再度混入人群中，又要解开发生在飞机上的密室杀人事件，到底柯南要怎么行动。
大富豪云集的拍卖会场人声鼎沸。铃木财团的顾问铃木次郎吉拍下了据说早已在日本被烧毁的梵高名作《向日葵》。电视正对这个重大新闻进行全球直播，柯南和小兰他们也在目不转睛地收看着。
为保护画作，铃木财团召集了以毛利小五郎为首的专业团队“七武士”。就在这时，怪盗基德突然出现！他大张旗鼓地扰乱了会场，随后消失在纽约上空。
此后载着《向日葵》的客机在飞往日本的途中突然爆炸！《向日葵》最终被潜伏在机上的基德夺走。飞机紧急迫降在羽田机场，柯南赶到并成功夺回了《向日葵》，然而让他深感不解的是，“向来只对大型宝石下手的基德，怎么会沦为不惜伤人性命的嫌犯？”
不久，灰原去新宿的美术馆参观，没想到基德居然大胆地出现在那里！媒体也被卷入其中，现场一片混乱。
巧妙的犯罪手法一步步升级之时，《向日葵》被安放在了雷克洛克美术馆。那里号称有着坚不可摧的保安系统。铃木次郎吉的目的是集齐世上现存的7幅《向日葵》，举办一场史无前例的画展。
这些极具历史意义的画作万一发生意外，极可能引发国际争端，在这样紧迫的状况下，纽约市警方也携手合作，还有柯南和“七武士”负责戒备。此时，小五郎收到了基德发出的神秘预告函！
基德的阴影不断逼近。另一方面，各幅《向日葵》也陆续从世界各国汇集到日本。终于到了画展开幕的这天，在宣告开幕的乐声中，高中生侦探工藤新一悄然现身！
第二部—第十四个目标
第二部—世纪末的魔法师
第四部—瞳孔中的暗杀者
第五部—通往天国的倒计时
第六部—贝克街的亡灵
第七部—迷宫的十字街
第八部—银翼的魔法师
第九部—水平线上的阴谋
第十部—侦探们的安魂曲
第十一部—深蓝的海盗旗
第十二部—战栗的乐谱
第十三部—漆黑的追迹者
