此战给太平军造成重大损失，为太平天国后来失败埋下了祸根
蓑衣渡是湘江上的一个渡口，在全州城东北，行陆路才十里，行水路则有十二里。过蓑衣渡五十里，即可经黄沙河水路进入湖南。蓑衣渡一战，是清廷战胜太平天国、苟延残喘的关键之战。"天下不可一日无湖南"，如无蓑衣渡之战，长沙陷落，湖南尽入太平军之手，丁忧的曾国藩必不能回乡募勇甚至会为太平军所俘，曾、胡、左、李诸中兴名臣永无出头之日， 历史 上将不再有湘军这一支武装。
清军获报太平军攻陷全州，“掳马掳船，水陆并进，凶焰益张”；“又大张伪示，欲直扑长沙”。乃在一天之内连下四道上谕，严令赛尚阿“飞饬各路将弁督带兵勇，或由间道绕越贼前；或跟踪紧迫，使贼无暇喘息”，并指明“全州与湖南水陆兼通，水路尤关紧要，或设法阻其行舟；或于要害地方密置兵船，暗藏枪炮，截击尾追，俾匪船不能顺流直下，方为万全”。清军“厚集兵力”的布防部署是：提督鲍起豹驻屯永州。总兵孙应照防守湘桂交界之黄沙河。和春率领之七千清军扼守距州城北十五里之太平铺，“首当贼冲”。提督余万清奉命赶赴道州堵截。刘长清等部清军则尾追不舍。江忠源率领的楚勇千余人原是追兵，尾随刘长清等部之后，由桂林至全州。他深恐太平军继续北进，攻取其家乡湖南新宁，乃急忙趋前阻击。正如他自己所说的：“先军桥头(即太平桥桥头，位于狮子岭附近的桥渡村旁)，堵其西窜新宁之陆路；并钉塞河道，断其北窜零陵之水路。”他还急请和春速派兵“于河东扎营，以为合力攻剿之计”。然而，和春慑于太平军之声势，不肯“分兵扼截”；只檄调非已统属的张国梁部前往东岸防堵。张国梁尚未到达阻击地点，蓑衣渡的战斗便已经打响了。
6月5日(阴历四月十八日)，太平军的船队蔽江而下，陆路沿江行进。当船队通过蓑衣渡口，下驶到水塘湾过险滩时，发现狭窄的河道已被清军“伐木作堰”所堵塞，船只因无法前进而密集江面，遭到左岸狮子岭江忠源伏兵居高临下的猛烈轰击。太平天国领导人措手不及，只好把拥挤不堪，乱成一团的船只横亘江面，搭成沟通东西两岸的浮桥，抢占河岸阵地，仓猝还击。其陆路部队闻炮声也急行靠拢救援。据清方记载：十八日，清军“用劈山炮向河流钉塞处彻夜轰打”。十九日黎明，太平铺方面的清军“分路攻剿”过来，“贼船二百余只已在蓑衣渡江心泊如营垒，两岸安设大炮。我兵一进，贼枪炮如雨。和春亲督兵勇四路奋攻，该逆亦死力拒敌数时之久。贼匪情形，颇为迫蹙”。尽管太平军奋勇拒敌，不让清军靠近江岸，并杀伤了不少敌人。但经过二昼夜的激战，仍无法疏通航道前进。在前有阻敌，后有追兵，多面受敌，无法立足的危急情况下，太平天国领导人不得不改变沿江而下永州，直捣长沙的原定计划。于6月7日(阴历四月二十日)下令舍舟登右岸，“并将船只自行焚烧，遗弃辎重米粮器械甚多”，在右岸集合队伍，翻越半边山，过扁担坳，向湖南而进，“欲攻永州”。及至永州，“将薄城，以大水不得渡”，“知城中有备，不敢攻，遂趋道州”。6月12日，清军提督余万清“亦弃城不守”，太平军“乘虚袭道州，踞之”。
蓑衣渡受挫绝不是“太平军失败之起点”，对战争全局并没有产生决定性的影响。但也应该承认，它是太平军在广西期间遭受挫折最大的一次战役。其损失可以用三句话进行概括：船只尽毁，辎重尽失，伤亡惨重。关于太平军伤亡的具体数目、清方记载：一说“悍贼毙者数千”。一说“毙贼千余”。一说“(贼)被杀者七、八百人”。上述数字都令人难以置信，夸大邀功也罢，主观臆测也罢，太平军在蓑衣渡之战中蒙受一定伤亡却是毫无疑义的。当时人记述和评论说：“其时所毙贼尸，蔽江而下，衡湘之人皆见之”。“蓑衣渡之战，贼尸蔽江，自焚其船，遗其辎重妇女，仓皇东奔、为贼从来未有之败” 。
综上所述，太平军在蓑衣渡受挫的原因，可概括为二点。
第一，战略目标与战役指挥脱节。太平军自永安突围的战略任务是：打出广西去，挥师北上，建基立业、开创“小天堂”。然而，太平天国人领导却没有处理好战略全局与战役局部的关系。太平军本应神速行动，力戒拖延，乘虚奔袭湖南长沙。这是发展革命形势的战略大转移，而不应该费时耗力围攻全州达十一天之久。事实充分表明：太平天国领导人主观上犯了轻敌的错误，自以为可不费吹灰之力攻下全州城。然而却事与愿违，得不偿失，为此而付出了极其昂贵的代价。不仅遭受很大伤亡，连南王冯云山也在全州受伤而牺牲。太平天国过早地失去了一位忠勇坚毅、能顾全大局和协调内部的杰出领导人，确实是无法弥补的极大损失。正是由子攻城伤亡很大和冯云山不幸牺牲，使太平军被仇恨蒙住了眼睛，失去了理智，非竭尽全力打下无关轻重的全州城不可。这是农民狭隘的复仇思想的反映。
清方记载直言不讳地供认：“是时，湘水盛涨，顺流直下，三日可达长沙。长沙方拆修城垣，工不及半，城中空虚无备。贼若猝来，竟可长驱直入，事不可问矣”。又说：“是时，湘水涨，省防尚无备，方拆治城垣。微忠源堵击，贼船三、四日即抵省。言者谓蓑衣渡一战，为保全湖南首功云”。这些说法虽属推测之词，但也说明太平天国领导人久攻全州的失策。
第二，麻痹轻敌造成蓑衣渡之败。太平军围攻全州时。救援的清军皆胆怯惧战，在距州城十里外扎营，畏死不前，坐视不救。于是，太平天国领导人产生严重的轻敌思想，自以为清军不堪一击。太平军撤离全州北进，放弃自已所惯用的审时度势、灵活机动、声东击西、迂回包抄等战术，居然鸣锣放炮，大摇大摆地坐轿出城，蔽江而下。如果太平军在进军蓑衣渡途中。能先派出先锋精兵，扫清前进路上之清军，或使敌坚壁自守，或驱逐阻击之敌，清除江面上的障碍。其船队是可以顺利通过的。由于太平天国领导人对自己估计得过高，对上帝保佑信赖得太过，麻痹大意，不明敌情，疏于防范，造成了蓑衣渡受挫。郦纯先生指出：“其致败之由，则在行军不侦敌情。否则，以江忠源千余之勇，太平军自不难派队先行驱逐，疏通江路，不仅不至挫败，且可照原计划直攻长沙。
其时，军事已归东王主持，不能不说是杨秀清行军的一次严重疏忽。幸而东（右）岸没有敌兵，否则局势将更艰危”。这话是有道理的。
