芯片分析中的go分析 和 pathway分析 怎么解读
芯片分析中的go分析解读 ：
基因本体（gene ontology），简称GO，是一种描述基因或基因产物基本特性的词汇，由基因本体协会开发。
GO数据库在建立注释基因和蛋白质知识的标准词汇体系，使各数据库中基因产物功能描述相一致，随着研究的深入，基因本体语义词汇也在不断更新。
Gene Ontology的分析，就是把你的基因的功能归类注释。
芯片分析中的pathway分析解读 ：
Pathway Analysis就是把基因、蛋白或者分子放到“Map”到某个特定的经典代谢或者调控网络，或者自己根据你的分子集的作用关系与功能，形成自己的特异的pathway。这对于阐释分子作用机理，找到Biomarker等非常重要。
1. Pathway功能分析及显著性判断
对差异表达基因进行Pathway功能分析，并计算Pvalue进行显著性判断，Pvalue越小，表明该pathway变化越显著，并可对每条Pathway通路图进行展示，同时在相应的位置标注差异表达基因。
2. Pathway中基因相关性分析
根据每两个基因共出现在同一pathway中的次数统计，绘制基因共相关点线图，进而得到不同pathway上基因的关联情况。在分析工具上点击“cell differentiation”，在“Term Information”中描述了细胞分化术语的基本信息，包括树形及与父结点、子节点关系。
对于未知基因名的序列，可以用序列直接检索GO数据库。点击AmiGO首页上方的“BLAST”，进入检索界面。在检索框输入氨基酸或核酸序列或上传序列文件，检索工具能自动识别并相应地选择BLASTP或BLASTX来与数据库中的序列进行比对。以大肠杆菌DNA聚合酶Ⅱ基因polB为例，“High Scoring Gene Products”栏内显示基因产物的名称、物种信息、p值。
扩展：
GO的局限性：
GO不是基因序列或基因产物数据库，它强调基因产物在细胞中的功能。
GO是对基因功能的注释，不能反映此基因的表达情况，即是否在特定细胞中、特定组织中、特定发育阶段或与某种疾病相关。
GO不对生物学的每个方面进行描述，如功能域的结构、进化特性等。
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2023-10-24 广告
