Question

如何用Python脚本实现查询CDS序列中的SSR序列（简单重复序列），并输出SSR序列？

比如基因中的ATATAT和GAAGAAGAA序列，就是找到类似这些重复的序列！求高手指点一二啊！想了好久没有想出来怎么用正则表达式去找？或者有没有其他的思路？

Answer 1

RULE={'A':'T','T':'A','C':'G','G':'C'}
DNA_LIST='CATGCATCGT'
print "".join(map(lambda x:RULE[x],DNA_LIST))[::-1]

s = ""
for i in DNA_LIST:
if i == "A":
s = s+"T"
if i == "T":
s = s+"A"
if i == "C":
s = s+"C"
if i == "G":
s = s+"G"
print s