SSR标记转化为SCAR标记,引物如何设计 20

大神快出来,SSR标记转化为SCAR标记时,引物如何设计,在SSR引物的基础上向内延伸多少bp???谢谢了... 大神快出来,SSR标记转化为SCAR标记时,引物如何设计,在SSR引物的基础上向内延伸多少bp???谢谢了 展开
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余永旗
2014-05-09 · TA获得超过820个赞
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如何你想转变首先你要懂得两个概念
1)SSR(Si mple Sequence Repeats)标记也称为微卫星DNA(MicrosatelliteDNA),近年来发展起来的一种以特异引物PCR为基础的分子标记技术。是一类由几个核苷酸(一般为1~6个)为重复单位组成的长达几十个核苷酸的串联重复序列.由于每个SSR两侧的序列一般是相对保守的单拷贝序列。
2)SCAR (sequence characterized amplified regions特定序列扩增)标记通常是由RAPD、SRAP、SSR标记转化而来
下面就是如何转变的问题了:
a)首先利用SSR引物扩增你的目的DNA片段,然后回收,克隆到T载体(其他载体也行,只是T载体比较测序比较方便),然后送到测序公司进行测序。

b)根据测序的结果会得到序列,根据序列在设计引物,这对引物一般要特异才可以哦
c)SCAR标记一般表现为扩增片断的有无,是一种显性标记,当扩增区域内部发生少数碱基的插入、缺失、重复等变异时,表现为共显性遗传的特点。若待检DNA间的差异表现为扩增片段的有无,则可直接在PCR反应管中加入溴化乙锭,通过在紫外灯下观察有无荧光来判断有无扩增产物,检测DNA间的差异,从而省去电泳的步骤,使检测变得更方便、快捷,可用于快速检测大量个体。相对于RAPD标记,SCAR标记所用引物较长且引物序列与模板DNA完全互补,可在严谨条件下进行扩增,因此结果稳定性好、可重复性强。由于上述优点,SCAR标记成为目前分子标记在育种实践中能直接应用的首选标记,实际上,它也是标记辅助育种中可以直接应用的一类一标记。在近几年的研究中,很多RAPD标记、RFLP标记、AFLP标记以及一些工SSR标记己成功转化成了SCAR标记,并得到了较好的验证

祝你好运,希望你能成功。OVER
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