合金装备全系列剧情。
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剧情很复杂，总体来说就是一个关于四条蛇和他们身边的人的关于战争与和平的故事。
合金装备全系列的正确顺序是
按照游戏发行顺序是：
合金装备1、合金装备2、合金装备索利德、合金装备索利德2、合金装备索利德3（MGS3，PS2）、合金装备索利德4、合金装备索利德：和平行者、合金装备索利德：原爆点、合金装备索利德5幻痛
下文先从游戏剧情内部的时间线入手，故事的发展顺序分别是：
《合金装备索利德3：食蛇者》→《合金装备索利德：掌上行动》→《合金装备索利德：和平行者》→《合金装备索利德5：原爆点》→《合金装备索利德5：幻痛》→《合金装备》→《合金装备2 ：索利德斯内克》→《合金装备索利德》→《合金装备索利德2:自由之子》→《合金装备索利德4：爱国者之枪》→《合金装备崛起：复仇》
按照游戏中世界观的时间顺序：MGS3、MGS：PW、MGS：GZ、MGS：TPP、MG1、MG2、MGS、MGS2、MGS4，以上例如本质、生存等游戏的资料片以及重制版没有算在内。
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我回答过N遍了，汗，给你个我回答的网址吧，故事开始的是3代，然后掌上行动，1,2,4
整个MGS世界的最前端，就是发生在MGS3中的故事。
合金装备3 食蛇者-- Metal Gear Solid 3 Snake Eater 游戏平台：PS2 2004年
剧情概括：
1964年
2战结束后，世界逐渐分裂为东西方两大势力,美苏两个超级大国开始对峙，冷战开始！美国为了应付冷战的谍报任务,THE BOSS成立了特种部队FOX UNIT. 不久后苏联也为了应付冷战的谍报任务,成立了特种部队HOUND UNIT。1963年METAL GEAR的主体开发完成,并被制造出来了。此时在苏联GRU上校认为时机成熟准备叛乱,目标为夺取METAL GEAR，妄图来征服世界，计划绑架苏联科学家，METAL GEAR的研发者-索科洛夫博士。而索科洛夫博士则美国提出求救,Snake临危授命，空降到诺亚斯克山区，降落到地面后正式开始"正义作战行动(COMMENCING VIRTUOUS MISSION)",任务目标为确保索科洛夫博士的安全并将其成功带回来。但是任务失败了，而且更糟的是GRU上校Thunderbolt发射了THE BOSS带来的两颗自带手持发射装置的微型核弹。核弹爆炸引起苏联的震动，接着THE BOSS被美国出卖，核掸爆炸所引起的一切责任都推到THE BOSS头上，成为世界的罪人。第一次任务未完成，Snake又被安排了新任务，被安排去了解这场危机，解决掉这其中所有对美国不利的人，因为将要面对的敌人中有THE BOSS创立的眼镜蛇特种部队，行动代号取名“食蛇者(Snake Eater)“。任务中又邂逅了另一名间谍EVA。在EVA的帮助下，Snake成功潜入守卫METAL GEAR的基地，消灭了眼镜蛇部队，摧毁了METAL GEAR，最后忍痛杀了自己心爱的人THE BOSS，回国后被授予”BIG BOSS“称号。
这时的BIG BOSS才醒悟到这一切是一个骗局，他想好了自己以后该走的路，就是不要相信，并继承了THE BOSS的意志，就是要靠要用强硬的手段再让东西方统一。BIG BOSS后来成立了FOXHOUND，开始用自己的意志来处理世界上的各种争端。
MGS3剧情简介
1964年，正值东西两方阵营的冷战时期。CIA特工Snake奉命将位于前苏联某山区的秘密武器研究所内的科学家Sokolov带回美国。在Snake即将顺利的将Sokolov代出研究所的时候，他们碰到了一群同样以Sokolov为目的山猫小队的士兵，他们全部听命于一名叫Volgin的上校。从Sokolov口中得知，Volgin一的目的在于推翻何鲁晓夫的，盯上了Soklovo目的是想取得他的研究成果Shagohod（中程弹道导弹的复合射程扩展系统。Shagohod最初被设计为在任何地形上都可以发射核弹的战车）以增加其权利筹码。在吊桥上Snake遇到了The Boss——传说中的女战士，她在二战时期曾组建过一支名为眼镜蛇的传奇部队。这时的The Boss已经转投Volgin阵营，重新召集齐了眼镜蛇的旧部，并将无后坐力核弹头送给了Volgin，作为见面礼。Snake不敌The Boss，被她扔下了桥下的河中。Snake从河中爬上岸来的时候，The Boss和Volgin已经带上了Soklovo和他的研究成果Shagohod开始向其自己掌握的研究所转移。在转移的过程中Soklovo对着山谷在自己国家的领土上试射了The Boss送给他的核弹。导弹奔研究所而去，摧毁了一切，Snake凭借氦气球逃脱。
一周后，美国为了证明自己与之前的核爆无关，将snake重新排回苏联境内。他这次的任务是救回Sokolov，搞清Shagohod的情况并毁了它。最后，除掉The Boss。在这次的行动中，苏联提供了两名KGB内应，他们的代号是ADAM和EVA。而ADAM并没有在预定的地点和Snake接头，取而代之的是一名自称是EVA的女性，EVA潜伏在Volgin身边，以便帮助Snake获得各种情报。在营救Soklovo的过程中，Snake被发现。Soklovo在Volgin的考问中被活活打死，Snake收到了囚禁，并在考问中得知了“哲学家的遗产”（二战期间中美苏三国的最权威人员为了毁灭轴心国开发 、火箭技术和眼镜蛇部队而筹集的巨额资金）的存在因为Ocelot的误射而失去了昨眼。再次潜入敌方基地的Snake，在引爆Shagohod的关键时刻再次被发现。EVA的内鬼身份也被识破。经过一番鏖战，Snake解决掉了Volgin和Shagohod。经过最终的鏖战，Snake亲手处决了The Boss。并从The Boss手中拿到了Volgin寄存在她手中的“哲学家的遗产”，并和EVA共同从苏联逃出。在两人共同庆祝逃出升天后的第二天的早上，Snake从EVA给她的录音中得知，EVA并非KGB的特工，而是中国派来的间谍，她的任务就是查清Volgin把“哲学家的遗产”藏在哪里并偷走它。而且，通过录音EVA也把这次任务中关于The Boss的一切真相告诉给了Snake。The Boss的叛变只是美国策划的一个骗局，一切都是为了华盛顿当局是能得到“哲学家的遗产”。因为只有像The Boss这样的传奇英雄才会赢得Volgin的信任，只有这样他们就能得到Volgin上校继承的“遗产“同时摧毁Shagohod。
在这次任务之后，因为Snake的表现，他总统被授予BIG BOSS称号。但是，在授勋仪式上Snake却看见了自始至终都在与他为难的Ocelot。原来Ocelot就是当初没有与Snake碰面的ADAM。而他的目的则是确保美国得到“哲学家的遗产”，EVA拿走的只是赝品。
合金装备 Metal Gear (事件代号:Outer Heaven-塞外天国) 游戏平台：MSX2，FC 1987年
剧情概括：
1995年
核武器的阴影开始在全世界范围内扩散，整个世界笼罩在这种不安的阴云之下。在南非中部，发生军事暴动，一支不明身份的雇佣兵部队占领了一个叫“Outer Heaven”的军事基地，特种部队FOXHOUND随即派出了特工Grey Fox前去调查，后渺无音训。
在这种情况下，BIG BOSS之子（克隆）,FOXHOUND 特工 "Solid Snake"正式出场 ，在接到上级任务指令，单枪匹马的潜入非洲中部的恐怖分子要塞 "Outer Heaven"。任务是摧毁 "Metal Gear", 所谓的巨型核搭载战车, 海陆空作战核武器。在执行任务过程中, Snake 竟然地发现 "Outer Heaven" 的首领竟然是FOXHOUND的创建者兼最高指挥官 Big Boss, 而且 Snake还要独自面对Big Boss身边背叛他的FOXHOUND的前战友。经过惊心动魄的苦战，BIG BOSS最终还是倒下了，Snake拯救了世界，任务过后便一个人孤独的在阿拉斯加隐居。
合金装备 Metal Gear 2: Solid Snake (事件代号:Zanzibar-桑吉巴尔岛) 游戏平台：MSX2 1990年
剧情概括：
1999年
随着美苏关系缓和，国际局势区域冷却，世界军事力量进入了互相压制的时代。
1999年，在中东某国突发暴动，Zanzibar（桑吉巴尔岛）上的一个军事管制临时，突袭了世界各国的“核武器临时安置库”，夺取了那些并未来得及按照和平条约销毁的核武器。这样一来便成为了世界上唯一用有核武器的国家，对世界范围内造成了严重的核威胁。
同年，Marv博士被Zanzibar的武装力量所绑架，因为Marv博士发现研发了一种叫做OILIX的微生物，一种能精练石油的细菌。Zanzibar力图通控制过核武器和“OILIX”控制达成其控制全球的军事目的。对于Zanzibar的核武器威胁，为了世界的和平与稳定，避免一场核危机即将爆发，FOXHOUND特种部队临危授命再次出动。
在上次的Outer Heaven的事件中被BIG BOSS出卖FOXHOUND特种部队又回到了新司令官Roy Campbell手中，在其召唤下，已经退役Solid Snake再次接受了任务。
任务目的是潜入Zanzibar Land，救出Marv博士和销毁新型的Metal Gear。Snake独自潜入了Zanzibar，然而在任务中，Snake发现了Zanzibar's组织的首领竟然是前FOXHOUND的队友Grey Fox。经过苦战，Snake终将这夕日的战友亲手打败。然而事件还没完，Snake和“BIG BOSS”再度相遇，从塞外天国的火焰中生还的Big Boss，并驾驶着新型的Metal Gear回来了！经过一番苦战，Snake终于手韧了自己的老爸。任务完成后，Snake再度退出了FOXHOUND部队，独自隐居在偏远的阿拉斯加山双子湖地区。
合金装备 索利德 Metal Gear Solid (事件代号: Shadow Moses-影子摩西岛) 游戏平台：PS 1998年/NGC 峦蛇
剧情概括：
2005年
在 Shadow Moses 事件中,在位于影子摩西岛的核武器废除基地正在举行的演习的高科技特种部队FOXFOUND突然发起武装暴动，当时的FOXHOUND已经成为了一支反恐部队。其队员，都经过严格检测筛选，具有优秀战士DNA的最精锐部队，这支强悍的作战部队队员，甚至被灌以超人称号。
FOXHOUND武装控制了阿拉斯加海域上的 Shadow Moses岛，掠夺了新的Metal Gear"REX"，并以发射核弹作为要挟，要求得到20世纪最强战士—BIG BOSS的遗体和10亿美圆。这是历史上规模最大的恐怖行动。应美国的请求, FOXHOUND 的旧任指挥官-陆军上校 Roy Campbell 作为解决此次事件的总指挥官，由他召回在已经阿拉斯加隐居的传说之战士“Solid Snake”，来完成最后一次被认为不可能完成的任务。任务目的是在24小时内，解救被作为人质的DARPA局长唐纳德-安德森与ARMSTECH公司总裁肯尼斯-贝克，打击暴动的FOXFOUND，解除他们的武装与Metal Gear的核威胁！
Snake 这一次潜入到基地的核心.Snake发现叛变武装的首领是Lquid Snake。Liquid身边的是FOXHOUND部队里最顶尖的成员，gunslinging torture、左轮、心理螳螂、乌鸦、狙击狼、伪装大师章鱼。而Liquid Snake的目的就是企图得到BIG BOSS后，通过基因技术，筛选那“传说中的战士”的基因，实现优化DNA精锐战士部队的量产化。
在行动中, Snake得到了Hal Emmerich 博士的协助. Hal Emmerich 博士(代号 Otacon)曾经参与过合金装备的研制工作。任务中Snake不幸被捕，却意外邂逅了坎贝尔上校的侄女-Meryl，帮助Snake成功越狱，任务后成为了Snake的爱人。另外,Snake还遇到了个神秘忍者。其实神秘忍者的真正身份是Sanke的FOXHOUND战友-Grey Fox, 也是在 Zanzibar Island （桑吉巴尔岛）事件中投靠 Big Boss 的 FOXHOUND 成员. 不过, 他这一次来是要助 Snake 一臂之力的。在FOX的帮助下, Snake 成功地摧毁了REX, FOX光荣牺牲。 最后Snake找到了恐怖组织的首脑 Liquid. Solid Snake 和 Liquid Snake两人都带有20世纪最完美的战士Big Boss的基因。他们两人之间展开了一场激烈拼杀。最后还是 Snake 击败了Liquid。任务完成之后, Snake和Meryl一起消失在阿拉斯加的冰天雪地中，传为经典！
合金装备 2 自由之子 Metal Gear Solid 2: Sons of Liberty 游戏平台：PS2 2001年
剧情概括：
2007年
经过上次影子摩西岛事件后，Snake加入了国际性组织，与OTACON博士合作调查新型“METAL GEAR”的详细资料，并向全世界发表以阻止其生产。Snake潜入停泊在港口的美军的一部运载着新型“METAL GEAR”的油轮内，搜寻所需的资料。但是上船后不久就发生了突发事件，军舰被一伙似乎是俄军的武装组织占领，Snake从望远镜里面看见武装中其中一人是苏联GRU的上校GURLUKOVICH。随后Snake先是和武装成员，GURLUKOVICH的女儿OLGA展开枪战，后终于找到了新型号的METAL GEAR RAY。找到METAL GEAR RAY后，便用手持数码相机拍照做为证据。利用电脑将照片传送给了OTACON。 就在这时OCELOT也杀出，而OCELOT的体内似乎存在着LIQUID的意志。OCELOT成功地将METAL GEAR RAY夺走，破坏了油轮，SNAKE也消失在茫茫大海之中，生死未卜
2009年
在METAL GEAR RAY被夺走的“TANKER事件”后两年，美国总统和一批政要被恐怖份子“DEAD CELL”绑架在一个名为“BIG SHELL”的海上装置上。并索要30亿美元，否则除了杀死全数人质外，还会将“BIG SHELL”炸毁，令该处的有毒废料严重污染海洋。为了解决此绑架事件，派出代号为“RAIDEN”的特工。
雷电成功地潜入，碰到了由Snake假拌的PLISKIN，完成了拆除C4的艰巨任务。在和总统见面后得知不少关于这次事件的真相，此次绑架事件的首领为“SOLIDUS snake",BIG BOSS又一个克隆体，而且竟然是自己的养父。为了阻止新型METAL GEAR“ARSENAL GEAR”的启动，RAIDEN从总统手上接过载有病毒程序的光碟，以及奉命寻找ARSENAL GEAR主程序员之一的EMMA，以阻止发生核弹危机。后来RAIDEN找到了OTOCON的妹妹EMMA。可惜病毒战术未能生效，最后还是没有阻止得了ARSENAL GEAR的启动，而EMMA在哥哥OTACON身边死去。
ARSENAL GEAR终于还是启动，而RAIDEN也被由OLGA假扮的“X先生”抓到SODLIUS处。但随后又得到OLGA的帮助，RAIDEN成功逃出。
在消灭了许多量产型METAL GEAR 后，RAIDEN和SOLIDUS展开了大决战。并最终将SOLIDUS击败。
实际上，雷电是“爱国者”组织S3计划的核心，S3的真正含义是SELECTION FOR SOCIETAL SANITY（民智选择），其真正意图是控制人类的思想。雷电在BIG SHELL中的行动是S3的最后一步，经过雷电的整个战斗过程，爱国者组织已经完成了S3计划的最后信息收集。
《合金装备4 爱国者之枪》 发生在MGS2故事的5年后，已经完全被LIQUID占据思想的OCELOT再发暴乱。OLD SNAKE最后出击，将终结SNAKE的传奇故事。
整个MGS世界的最前端，就是发生在MGS3中的故事。
合金装备3 食蛇者-- Metal Gear Solid 3 Snake Eater 游戏平台：PS2 2004年
剧情概括：
1964年
2战结束后，世界逐渐分裂为东西方两大势力,美苏两个超级大国开始对峙，冷战开始！美国为了应付冷战的谍报任务,THE BOSS成立了特种部队FOX UNIT. 不久后苏联也为了应付冷战的谍报任务,成立了特种部队HOUND UNIT。1963年METAL GEAR的主体开发完成,并被制造出来了。此时在苏联GRU上校认为时机成熟准备叛乱,目标为夺取METAL GEAR，妄图来征服世界，计划绑架苏联科学家，METAL GEAR的研发者-索科洛夫博士。而索科洛夫博士则美国提出求救,Snake临危授命，空降到诺亚斯克山区，降落到地面后正式开始"正义作战行动(COMMENCING VIRTUOUS MISSION)",任务目标为确保索科洛夫博士的安全并将其成功带回来。但是任务失败了，而且更糟的是GRU上校Thunderbolt发射了THE BOSS带来的两颗自带手持发射装置的微型核弹。核弹爆炸引起苏联的震动，接着THE BOSS被美国出卖，核掸爆炸所引起的一切责任都推到THE BOSS头上，成为世界的罪人。第一次任务未完成，Snake又被安排了新任务，被安排去了解这场危机，解决掉这其中所有对美国不利的人，因为将要面对的敌人中有THE BOSS创立的眼镜蛇特种部队，行动代号取名“食蛇者(Snake Eater)“。任务中又邂逅了另一名间谍EVA。在EVA的帮助下，Snake成功潜入守卫METAL GEAR的基地，消灭了眼镜蛇部队，摧毁了METAL GEAR，最后忍痛杀了自己心爱的人THE BOSS，回国后被授予”BIG BOSS“称号。
这时的BIG BOSS才醒悟到这一切是一个骗局，他想好了自己以后该走的路，就是不要相信，并继承了THE BOSS的意志，就是要靠要用强硬的手段再让东西方统一。BIG BOSS后来成立了FOXHOUND，开始用自己的意志来处理世界上的各种争端。
MGS3剧情简介
1964年，正值东西两方阵营的冷战时期。CIA特工Snake奉命将位于前苏联某山区的秘密武器研究所内的科学家Sokolov带回美国。在Snake即将顺利的将Sokolov代出研究所的时候，他们碰到了一群同样以Sokolov为目的山猫小队的士兵，他们全部听命于一名叫Volgin的上校。从Sokolov口中得知，Volgin一的目的在于推翻何鲁晓夫的，盯上了Soklovo目的是想取得他的研究成果Shagohod（中程弹道导弹的复合射程扩展系统。Shagohod最初被设计为在任何地形上都可以发射核弹的战车）以增加其权利筹码。在吊桥上Snake遇到了The Boss——传说中的女战士，她在二战时期曾组建过一支名为眼镜蛇的传奇部队。这时的The Boss已经转投Volgin阵营，重新召集齐了眼镜蛇的旧部，并将无后坐力核弹头送给了Volgin，作为见面礼。Snake不敌The Boss，被她扔下了桥下的河中。Snake从河中爬上岸来的时候，The Boss和Volgin已经带上了Soklovo和他的研究成果Shagohod开始向其自己掌握的研究所转移。在转移的过程中Soklovo对着山谷在自己国家的领土上试射了The Boss送给他的核弹。导弹奔研究所而去，摧毁了一切，Snake凭借氦气球逃脱。
一周后，美国为了证明自己与之前的核爆无关，将snake重新排回苏联境内。他这次的任务是救回Sokolov，搞清Shagohod的情况并毁了它。最后，除掉The Boss。在这次的行动中，苏联提供了两名KGB内应，他们的代号是ADAM和EVA。而ADAM并没有在预定的地点和Snake接头，取而代之的是一名自称是EVA的女性，EVA潜伏在Volgin身边，以便帮助Snake获得各种情报。在营救Soklovo的过程中，Snake被发现。Soklovo在Volgin的考问中被活活打死，Snake收到了囚禁，并在考问中得知了“哲学家的遗产”（二战期间中美苏三国的最权威人员为了毁灭轴心国开发 、火箭技术和眼镜蛇部队而筹集的巨额资金）的存在因为Ocelot的误射而失去了昨眼。再次潜入敌方基地的Snake，在引爆Shagohod的关键时刻再次被发现。EVA的内鬼身份也被识破。经过一番鏖战，Snake解决掉了Volgin和Shagohod。经过最终的鏖战，Snake亲手处决了The Boss。并从The Boss手中拿到了Volgin寄存在她手中的“哲学家的遗产”，并和EVA共同从苏联逃出。在两人共同庆祝逃出升天后的第二天的早上，Snake从EVA给她的录音中得知，EVA并非KGB的特工，而是中国派来的间谍，她的任务就是查清Volgin把“哲学家的遗产”藏在哪里并偷走它。而且，通过录音EVA也把这次任务中关于The Boss的一切真相告诉给了Snake。The Boss的叛变只是美国策划的一个骗局，一切都是为了华盛顿当局是能得到“哲学家的遗产”。因为只有像The Boss这样的传奇英雄才会赢得Volgin的信任，只有这样他们就能得到Volgin上校继承的“遗产“同时摧毁Shagohod。
在这次任务之后，因为Snake的表现，他总统被授予BIG BOSS称号。但是，在授勋仪式上Snake却看见了自始至终都在与他为难的Ocelot。原来Ocelot就是当初没有与Snake碰面的ADAM。而他的目的则是确保美国得到“哲学家的遗产”，EVA拿走的只是赝品。
合金装备 Metal Gear (事件代号:Outer Heaven-塞外天国) 游戏平台：MSX2，FC 1987年
剧情概括：
1995年
核武器的阴影开始在全世界范围内扩散，整个世界笼罩在这种不安的阴云之下。在南非中部，发生军事暴动，一支不明身份的雇佣兵部队占领了一个叫“Outer Heaven”的军事基地，特种部队FOXHOUND随即派出了特工Grey Fox前去调查，后渺无音训。
在这种情况下，BIG BOSS之子（克隆）,FOXHOUND 特工 "Solid Snake"正式出场 ，在接到上级任务指令，单枪匹马的潜入非洲中部的恐怖分子要塞 "Outer Heaven"。任务是摧毁 "Metal Gear", 所谓的巨型核搭载战车, 海陆空作战核武器。在执行任务过程中, Snake 竟然地发现 "Outer Heaven" 的首领竟然是FOXHOUND的创建者兼最高指挥官 Big Boss, 而且 Snake还要独自面对Big Boss身边背叛他的FOXHOUND的前战友。经过惊心动魄的苦战，BIG BOSS最终还是倒下了，Snake拯救了世界，任务过后便一个人孤独的在阿拉斯加隐居。
合金装备 Metal Gear 2: Solid Snake (事件代号:Zanzibar-桑吉巴尔岛) 游戏平台：MSX2 1990年
剧情概括：
1999年
随着美苏关系缓和，国际局势区域冷却，世界军事力量进入了互相压制的时代。
1999年，在中东某国突发暴动，Zanzibar（桑吉巴尔岛）上的一个军事管制临时，突袭了世界各国的“核武器临时安置库”，夺取了那些并未来得及按照和平条约销毁的核武器。这样一来便成为了世界上唯一用有核武器的国家，对世界范围内造成了严重的核威胁。
同年，Marv博士被Zanzibar的武装力量所绑架，因为Marv博士发现研发了一种叫做OILIX的微生物，一种能精练石油的细菌。Zanzibar力图通控制过核武器和“OILIX”控制达成其控制全球的军事目的。对于Zanzibar的核武器威胁，为了世界的和平与稳定，避免一场核危机即将爆发，FOXHOUND特种部队临危授命再次出动。
在上次的Outer Heaven的事件中被BIG BOSS出卖FOXHOUND特种部队又回到了新司令官Roy Campbell手中，在其召唤下，已经退役Solid Snake再次接受了任务。
任务目的是潜入Zanzibar Land，救出Marv博士和销毁新型的Metal Gear。Snake独自潜入了Zanzibar，然而在任务中，Snake发现了Zanzibar's组织的首领竟然是前FOXHOUND的队友Grey Fox。经过苦战，Snake终将这夕日的战友亲手打败。然而事件还没完，Snake和“BIG BOSS”再度相遇，从塞外天国的火焰中生还的Big Boss，并驾驶着新型的Metal Gear回来了！经过一番苦战，Snake终于手韧了自己的老爸。任务完成后，Snake再度退出了FOXHOUND部队，独自隐居在偏远的阿拉斯加山双子湖地区。
合金装备 索利德 Metal Gear Solid (事件代号: Shadow Moses-影子摩西岛) 游戏平台：PS 1998年/NGC 峦蛇
剧情概括：
2005年
在 Shadow Moses 事件中,在位于影子摩西岛的核武器废除基地正在举行的演习的高科技特种部队FOXFOUND突然发起武装暴动，当时的FOXHOUND已经成为了一支反恐部队。其队员，都经过严格检测筛选，具有优秀战士DNA的最精锐部队，这支强悍的作战部队队员，甚至被灌以超人称号。
FOXHOUND武装控制了阿拉斯加海域上的 Shadow Moses岛，掠夺了新的Metal Gear"REX"，并以发射核弹作为要挟，要求得到20世纪最强战士—BIG BOSS的遗体和10亿美圆。这是历史上规模最大的恐怖行动。应美国的请求, FOXHOUND 的旧任指挥官-陆军上校 Roy Campbell 作为解决此次事件的总指挥官，由他召回在已经阿拉斯加隐居的传说之战士“Solid Snake”，来完成最后一次被认为不可能完成的任务。任务目的是在24小时内，解救被作为人质的DARPA局长唐纳德-安德森与ARMSTECH公司总裁肯尼斯-贝克，打击暴动的FOXFOUND，解除他们的武装与Metal Gear的核威胁！
Snake 这一次潜入到基地的核心.Snake发现叛变武装的首领是Lquid Snake。Liquid身边的是FOXHOUND部队里最顶尖的成员，gunslinging torture、左轮、心理螳螂、乌鸦、狙击狼、伪装大师章鱼。而Liquid Snake的目的就是企图得到BIG BOSS后，通过基因技术，筛选那“传说中的战士”的基因，实现优化DNA精锐战士部队的量产化。
在行动中, Snake得到了Hal Emmerich 博士的协助. Hal Emmerich 博士(代号 Otacon)曾经参与过合金装备的研制工作。任务中Snake不幸被捕，却意外邂逅了坎贝尔上校的侄女-Meryl，帮助Snake成功越狱，任务后成为了Snake的爱人。另外,Snake还遇到了个神秘忍者。其实神秘忍者的真正身份是Sanke的FOXHOUND战友-Grey Fox, 也是在 Zanzibar Island （桑吉巴尔岛）事件中投靠 Big Boss 的 FOXHOUND 成员. 不过, 他这一次来是要助 Snake 一臂之力的。在FOX的帮助下, Snake 成功地摧毁了REX, FOX光荣牺牲。 最后Snake找到了恐怖组织的首脑 Liquid. Solid Snake 和 Liquid Snake两人都带有20世纪最完美的战士Big Boss的基因。他们两人之间展开了一场激烈拼杀。最后还是 Snake 击败了Liquid。任务完成之后, Snake和Meryl一起消失在阿拉斯加的冰天雪地中，传为经典！
合金装备 2 自由之子 Metal Gear Solid 2: Sons of Liberty 游戏平台：PS2 2001年
剧情概括：
2007年
经过上次影子摩西岛事件后，Snake加入了国际性组织，与OTACON博士合作调查新型“METAL GEAR”的详细资料，并向全世界发表以阻止其生产。Snake潜入停泊在港口的美军的一部运载着新型“METAL GEAR”的油轮内，搜寻所需的资料。但是上船后不久就发生了突发事件，军舰被一伙似乎是俄军的武装组织占领，Snake从望远镜里面看见武装中其中一人是苏联GRU的上校GURLUKOVICH。随后Snake先是和武装成员，GURLUKOVICH的女儿OLGA展开枪战，后终于找到了新型号的METAL GEAR RAY。找到METAL GEAR RAY后，便用手持数码相机拍照做为证据。利用电脑将照片传送给了OTACON。 就在这时OCELOT也杀出，而OCELOT的体内似乎存在着LIQUID的意志。OCELOT成功地将METAL GEAR RAY夺走，破坏了油轮，SNAKE也消失在茫茫大海之中，生死未卜
2009年
在METAL GEAR RAY被夺走的“TANKER事件”后两年，美国总统和一批政要被恐怖份子“DEAD CELL”绑架在一个名为“BIG SHELL”的海上装置上。并索要30亿美元，否则除了杀死全数人质外，还会将“BIG SHELL”炸毁，令该处的有毒废料严重污染海洋。为了解决此绑架事件，派出代号为“RAIDEN”的特工。
雷电成功地潜入，碰到了由Snake假拌的PLISKIN，完成了拆除C4的艰巨任务。在和总统见面后得知不少关于这次事件的真相，此次绑架事件的首领为“SOLIDUS snake",BIG BOSS又一个克隆体，而且竟然是自己的养父。为了阻止新型METAL GEAR“ARSENAL GEAR”的启动，RAIDEN从总统手上接过载有病毒程序的光碟，以及奉命寻找ARSENAL GEAR主程序员之一的EMMA，以阻止发生核弹危机。后来RAIDEN找到了OTOCON的妹妹EMMA。可惜病毒战术未能生效，最后还是没有阻止得了ARSENAL GEAR的启动，而EMMA在哥哥OTACON身边死去。
ARSENAL GEAR终于还是启动，而RAIDEN也被由OLGA假扮的“X先生”抓到SODLIUS处。但随后又得到OLGA的帮助，RAIDEN成功逃出。
在消灭了许多量产型METAL GEAR 后，RAIDEN和SOLIDUS展开了大决战。并最终将SOLIDUS击败。
实际上，雷电是“爱国者”组织S3计划的核心，S3的真正含义是SELECTION FOR SOCIETAL SANITY（民智选择），其真正意图是控制人类的思想。雷电在BIG SHELL中的行动是S3的最后一步，经过雷电的整个战斗过程，爱国者组织已经完成了S3计划的最后信息收集。
《合金装备4 爱国者之枪》 发生在MGS2故事的5年后，已经完全被LIQUID占据思想的OCELOT再发暴乱。OLD SNAKE最后出击，将终结SNAKE的传奇故事。
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