Question

已经做完细菌的全基因组测序，怎么能够找到我要的某个基因的代谢路径呢？

已经做完细菌的全基因组测序，怎么能够找到我要的某个基因的代谢路径呢？

Answer 1

代谢通路是kegg数据库里的pathway数据库。可以通过全基因组预测了编码基因后，进行pathway数据库注释，从注释结果的功能信息中通过关键字查找。一般都能找到。如果找不到，有可能是关键字不对或者基因组中没有这样的代谢通路功能基因。
一般现在的科技服务公司如果做了kegg pathway数据库注释的话，都会做代谢通路图的注释，可以从结果文件中的代谢通路图查找，找到想要的代谢通路图后，再分析哪些基因在基因组上存在。