相对定量PCR是用目的基因拷贝数/内参拷贝数，还是用2-ΔΔCt值去分析？为什么有的文献是直接用前者？
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基因拷贝数/内参拷贝数绝对是骗人的方法。ΔΔCt常用，但是前提要保证扩增效率一致
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2-ΔΔCt法。定量的作用是比较两个或多个样本（前提是细胞数目要相等）基因表达量差异的，基因拷贝数/内参拷贝数只是一个样本的相对定量值。内参的作用只是消除样本间细胞数目的差异。
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相对定量在扩增效率一致的前提下使用2-ΔΔCt法，也可以使用标准曲线法，我感觉你说的前者-目的基因拷贝数/内参拷贝数可能是用的标准曲线法吧
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