Question

跑电泳后，如何根据Marker亮度估计目的条带的浓度？

跑电泳后，如何根据Marker亮度来估计目的条带拷贝数？本人Marker一般点5ul。

Answer 1

如果非常粗略的估计，还是可以做到的。
一般的MARKER条带浓度是50ng，加亮带是100ng。如果你的条带与其相当，可以估计出你的条带的量，并计算出浓度。
这样有浓度了，有条带大小了，就可以计算拷贝数了。
拷贝数计算公式:
(6.02 x 10的23次拷贝数/摩尔) x (浓度g/ml) / (MW g/mol) = copies/ml.
例：3000 碱基质粒， 浓度100 ng/ml ， MW = 3000 bp x 660 dalton/bp = 1.98 x 10的6次 daltons，1 mol = 1.98 x 10的6次 g.

Answer 2

博凌科为-为你解答：Marker不能用来估计拷贝数，因为你本身也不知道Marker每一个条带的拷贝数。事实上。你要用单纯比较亮度的方式来估计拷贝数是很难的，除非你用已知拷贝数，已知序列长度的。如果你非要这么做的话，用一个已知拷贝数，和总长度质粒，用单一内切酶，酶切线性化后，和你的样品一起跑，然后可以用软件比如Quantity One计算。

Answer 3

跑电泳后，可以根据Marker亮度估计目的条带的浓度。方法如下：
1. 制备定量Marker，例如1kb、100bp等Marker，按说明书的量上样电泳。
2. 电泳完毕后，比较目的DNA条带和Marker条带的亮度，找出两者最接近亮度的条带。
3. 根据Marker各条带已知的DNA浓度，推测目的DNA的浓度。