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一般来说有微生物固氮，即用固氮菌将空气中的氮气固定下来供植物吸收利用；微生物农药，利用某些微生物能专性寄生某种昆虫，某种真菌而制成的微生物农药，同时微生物的次生代谢产物也可以用来做农药杀灭细菌，如毛霉素；利用微生物发酵，将有机物分解为小分子物质，释放出无机盐，供植物吸收利用，农业上叫沤肥；微生物饲料，微生物本身具有丰富的营养价值，用来做饲料再好不过了。
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