因为考试失败才从北海道到了东京的本须和秀树，是个心地善良，总是无意识的把自己想的东西都说出来的有点傻气的男孩。初到东京时，对随处可见的人形电脑深感兴趣，这些电脑除了拥有作为数据接续端子的耳朵外，外表和真人几乎没有差别。它们的外形都非常可爱，而且总是完全的服从于它们的主人，因此很多人都乐于和电脑为伴。为了可以赶上潮流，上网等，秀树渴望也有一个属于自己的电脑。一个偶然的机会，秀树在自己宿舍附近的垃圾堆里捡到了一个非常可爱的少女外表电脑，好不容易把她启动了，但她没有安装任何软件，所以什么也不懂，只会发出“叽”的叫声，于是秀树就给它起名“叽”。叽看来对秀树很有好感，她是一部特殊的电脑，有着自己的意识。尽管她只是一部电脑，但当她对着秀树甜甜的微笑说“你回来啦”时，却在不知不觉间赶走了秀树内心的孤独，于是，秀树和叽的故事开始了。秀树宿舍的管理员日比谷小姐是位漂亮的女性，幸好有她的帮助，叽才有了合适的衣服穿。不过背后日比谷小姐却掌握着叽的秘密，她是为了实现她丈夫的心愿，让他制造的叽得到幸福而故意让叽和秀树相遇的……
而秀树同时也认识了一个好朋友，叫做新保。新保在叽的方面给了秀树很多帮助。实际上新保和补习班清水老师是恋爱关系，因为清水老师的丈夫只和电脑说话，所以冷落了自己的妻子。新保在补习班刚开学的时候无意中发现了这一点，感觉清水老师很可怜，就渐渐的喜欢上了她。而管理员日比谷小姐的丈夫就是制造叽的人，实际上日比谷小姐也是重要的参与人员，因为本来叽就是给日比谷小姐当女儿的，叽还有个姐姐Freya（芙莱雅），但因为是Chobits有自己的感情，而芙莱雅竟然爱上了日比谷小姐的丈夫，最后忧郁而导致无法启动，决定消失，消失之前叽让Freya以灵魂的模式进入叽的身体，这也就是在叽受到危险的时候帮助叽的那个和叽很像的“东西”的真面目。至于叽为什么在垃圾箱附近就是因为Freya爱上了日比谷小姐的丈夫后日比谷小姐的丈夫也病死了，而日比谷小姐就把叽重启后让一个“只属于叽的人”找到，也就是秀树。当秀树确定了爱叽时，也就是叽找到了“只属于我的人”时就发动一个程序，和全世界的电脑相连，这个程序能让人型电脑失去辨别人型电脑与人的能力，也就是说——在人型电脑眼里人与人型电脑是没有区别的！（这个程序在动画版里没有做出解释，但在漫画版里做了解释。)而叽马上成功时却放弃了，因为她认为“电脑就是电脑，代替不了人，因为爱所以离开。”自毁了，把Freya形态变了出来，求日比谷小姐销毁她们，日比谷小姐报出了密码“CHOBITS”，删除了她们的所有资料，最后秀树很心痛的对着已经没有了记忆的躯壳说“帮我转告她，幸福就是与自己喜欢的人在一起，即使在一起会很痛苦，但如果不在一起，只会更加痛苦。请告诉她，我想让叽得到幸福。”这时，“躯壳”哭了，一道强光闪过，叽把程序执行完后变回了叽，和秀树抱在了一起。最后还有裕美和叽打工的蛋糕店的植田店长在一起了，本来就是一对却因为误会而没走到一起，最后裕美终于和他走到了一起。
