Question

我做的植物SSR引物设计，现在发现我的SSR引物PCR反应后，用PAGE电泳的结果会出现多条带，正常吗？为什么？

Answer 1

验证你的引物是否特意：首先，再设计完一对因为后，要去NCBI上blast一下，看看是否会有很多条产物出现，如果产物单一的是目的片段，基本可以确定你的引物是特意的了。
另外，如果PCR反应后出现多条条带，有可能是退火温度低，导致产物不特意，你可以试试梯度PCR，先确定最佳的退火温度。当然有些基因比较不容易扩增，无论什么温度，基本上出现的都是很多条带。比较正常。目的片段3K以上这个情况还是比较常见的。

Answer 2

是不是引物特异性不强

追问

但我设计了50对引物，不至于每一对都特异性不强吧？问题在于我大多数引物都会跑出5-6条带

追答

你看看容易导致非特异性扩增的那几个方面你都考虑全了吗，是不是gc含量过高，或者dntp或酶的量或循环次数有问题？