提rna纯度和浓度不行,怎么回事?
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具体提什么物种 什么部位 我们这儿专门做分子生物学的相关产品 看看我们的这能不能帮上你的忙
有个客户用RN3802提番茄的,开始试提还可以达到100ng左右,可昨天真正实验几个样品都在30ng左右,都是新鲜的果实,只是成熟度可能不一样,所以请问能帮忙找找原因,有更好的试剂盒推荐吗?或者怎样优化下条件呢?
1. 30ng已经足够做下游的反转录和荧光定量PCR了,不是每个样品,每个种类都要提取最高的量的,每种样品不同,甚至同一种样品的不同的部位,提取的产量浓度差10倍都是常见的现象,比如黑加仑的叶片产量大约是500ng/UL,但是根的产量连30ng都不一定有,同一个植株的不同部位,所有的试剂盒,操作一样的情况下。比如茶梅花瓣可以浓度超过2000ng/UL。所以,浓度提取够你完成实验就行,不需要每种样品,每种部位都去追求高浓度。
看见了北京林业大学这个提取杨树叶片,芽等RNA的客户了? 浓度是20-70ng/UL, 用于一般反转录的话,正常都可以,你提取了这个浓度,把你实验做完了,就完了。根据我们的经验,这个浓度足够你做完实验了。当然同时截图了另外两个,一个是客户用我们盒子提取茶梅花瓣的RNA(有发表文章的原文),浓度超过2000ng/UL,一个是油茶叶片RNA,浓度是165ng/ul。说明不同的样品之间浓度差距就是很大。
当然你碰到确实有客户的实验,比如建库等实验需求,需要浓度高的话。 我们当然也有办法
总结起来,还没有我们这个RNA提取技术第一的公司搞不定的, 有3种解决方法:
1.尝试强力裂解液CLB,并且加大处理量,比如加大10倍处理量,然后用几个基因组先清除后,把所有的上清加到一个吸附柱上去,就能提高浓度。
例子:比如北京药用植物研究所,植物的根,块根产量很低。
Jay 22:39:05
今天用了1g根 加3ml CLB 150ul ME
后面把上清过两个gDNA柱子 (絮状沉淀扔掉了)
过一个RA柱子
50ul洗脱
浓度 205ng/ul
260/280 2.08;
看见了吧? 根的浓度比较低,所有,加大10倍处理量,用了1克的根,然后用了3ml CLB, 然后过2个基因组DNA清除柱子后,把所有的洗脱下来的RNA,上到一个RNA柱子上去,浓度提高到了205ng/UL
2. 买我们的RNA大量提取试剂盒,一次可以处理1-2克的量。将来乙醇沉淀浓缩一下,或者冻干浓缩一下。
3. 用小量提取多处理几个样品,合并后浓缩一下,或者冻干浓缩一下。
4. 我们的RNA提取试剂盒纯度很高,不残留DNA,不残留杂质,所以,很多别人的测风光光度计测量的浓度高,不一定是真的浓度高,而是残留的杂质和残留的DNA导致的吸光值。
有个客户用RN3802提番茄的,开始试提还可以达到100ng左右,可昨天真正实验几个样品都在30ng左右,都是新鲜的果实,只是成熟度可能不一样,所以请问能帮忙找找原因,有更好的试剂盒推荐吗?或者怎样优化下条件呢?
1. 30ng已经足够做下游的反转录和荧光定量PCR了,不是每个样品,每个种类都要提取最高的量的,每种样品不同,甚至同一种样品的不同的部位,提取的产量浓度差10倍都是常见的现象,比如黑加仑的叶片产量大约是500ng/UL,但是根的产量连30ng都不一定有,同一个植株的不同部位,所有的试剂盒,操作一样的情况下。比如茶梅花瓣可以浓度超过2000ng/UL。所以,浓度提取够你完成实验就行,不需要每种样品,每种部位都去追求高浓度。
看见了北京林业大学这个提取杨树叶片,芽等RNA的客户了? 浓度是20-70ng/UL, 用于一般反转录的话,正常都可以,你提取了这个浓度,把你实验做完了,就完了。根据我们的经验,这个浓度足够你做完实验了。当然同时截图了另外两个,一个是客户用我们盒子提取茶梅花瓣的RNA(有发表文章的原文),浓度超过2000ng/UL,一个是油茶叶片RNA,浓度是165ng/ul。说明不同的样品之间浓度差距就是很大。
当然你碰到确实有客户的实验,比如建库等实验需求,需要浓度高的话。 我们当然也有办法
总结起来,还没有我们这个RNA提取技术第一的公司搞不定的, 有3种解决方法:
1.尝试强力裂解液CLB,并且加大处理量,比如加大10倍处理量,然后用几个基因组先清除后,把所有的上清加到一个吸附柱上去,就能提高浓度。
例子:比如北京药用植物研究所,植物的根,块根产量很低。
Jay 22:39:05
今天用了1g根 加3ml CLB 150ul ME
后面把上清过两个gDNA柱子 (絮状沉淀扔掉了)
过一个RA柱子
50ul洗脱
浓度 205ng/ul
260/280 2.08;
看见了吧? 根的浓度比较低,所有,加大10倍处理量,用了1克的根,然后用了3ml CLB, 然后过2个基因组DNA清除柱子后,把所有的洗脱下来的RNA,上到一个RNA柱子上去,浓度提高到了205ng/UL
2. 买我们的RNA大量提取试剂盒,一次可以处理1-2克的量。将来乙醇沉淀浓缩一下,或者冻干浓缩一下。
3. 用小量提取多处理几个样品,合并后浓缩一下,或者冻干浓缩一下。
4. 我们的RNA提取试剂盒纯度很高,不残留DNA,不残留杂质,所以,很多别人的测风光光度计测量的浓度高,不一定是真的浓度高,而是残留的杂质和残留的DNA导致的吸光值。
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