清朝入关后祭祀用了太庙，那原来太庙里明朝的老祖宗们去哪里了？
明永乐十八年（1420年），靖难获胜后的明太宗（成祖）朱棣，经过十多年的策划和后续建设，终于将大明都城自南京迁往北京（京师）。此后京师北京作为大明国都，延续了二百二十四年。成祖及其之后的十四代皇帝，都在此登基，在此去世。
自迁都后，原大明皇室的家庙----太庙，也从南京迁往京师，供奉明太祖朱元璋以下历代大明皇帝的神主，及太祖追赠的四代祖先（德祖、懿祖、熙祖、仁祖）牌位。
太庙，起源在三代，夏时期就有了雏形，当时称为“世室”，商朝时称“重屋”，周代称“明堂”，自秦汉起，始称“太庙”。这即是帝王家庙，用于祭祀祖先，传承统治合法性。太庙里祖先的牌位，几乎相当于社稷的代指。
明崇祯十七年（1644年），兴起于东北的清政权入关，击败李自成起义军，占据了京师。清摄政王多尔衮在占据了京师后，立即将继位不久的顺治帝迎进京师，入居于明皇宫紫禁城，之后又将及清朝前两代皇帝：清太祖努尔哈赤、清太宗皇太极的牌位，及清太祖追赠的四代祖先（肇祖、兴祖、景祖、显祖）牌位自盛京（沈阳）原清室太庙迁往京师，摆放进原属于明朝皇室的家庙---京师太庙。
为什么清军刚刚入关，只不过占据了河北、山东、山西等地，中原大部分地区还处在明朝剩余势力、李自成、张献忠起义军等三方统治之下，清实际统治者多尔衮就要急不可耐地将小皇帝接到京师居住，并立马把清朝太庙中历代皇帝牌位奉迎至京师，摆进原本明朝的太庙中？
其实，这个和中华历代传统王朝更替兴亡中所遵循的“顺应天意、传承有序”是分不开的，清朝原本发源于东北，和明朝相互争斗、厮杀了近三十年，在明朝内外交困、被农民起义军攻破京师的情况下，抓住机会，得以入主中原。
为了显示自己夺取社稷是顺应天意，得国合法，那么清朝就必须把自己包装为明朝的合法继承者，以此获取程序上的正义性。这也是为了以后争取天下人心最有利的手段。
而太庙，及其所供奉的皇帝牌位，差不多可以算作江山社稷的化身。清朝是以接受明朝大臣(吴三桂）借兵复仇的名义出兵关内的，在击败李自成起义军之后，顺势占领了京师，并以明崇祯帝已死，明朝已亡（其实南方明朝剩余势力还很强，不过多尔衮当看不到）的理由，宣布清朝接替了明朝的传承，成为中原新的主人，作为新一代王朝，来统治天下。
所以，将清朝的皇帝牌位摆进太庙，就是向天下宣布，清朝已经接替明朝，顺治帝也成为新的天子，向天下人显示自己的正统。
虽然在实际上清朝对于前明宗室皇族大加杀戮，恨不得斩草除根。但是表面上，对于毫无危害的明朝帝陵、太庙，清朝统治者为了表示尊崇，并拉拢汉族官员及民众，还是加以保护、修缮，表明自己是继承明朝的正统地位，天命所归，同时也是收买广大汉族士绅民心。
但是清朝已经占据了京师，将来还要继续南下，攻取中原及南方，皇帝也来到京师住进皇宫，前代皇帝的神主也摆进了太庙。即使在尊崇前明皇帝，也不可能让他们的神主继续摆在太庙，和清朝皇帝的神主放在一起。
于是，清朝统治者有样学样，学习当年明太祖朱元璋开创明朝时，在南京另立历代帝王庙，把元朝部分皇帝神主和之前各王朝开国或者中兴皇帝的神主一同安放供奉的做法，在顺治元年（1644年）五月，首先将崇祯帝的神主供奉在明朝于嘉靖十年（1531年）于京师（北京）所修建的历代帝王庙中，八月，明太祖的神主也被移到历代帝王庙供奉。
顺治三年（1646年），清朝将其他明朝皇帝神主，也全部移到历代帝王庙，这样，明代皇帝的祭祀仪式，就从太庙转为到历代帝王庙，和其他历代帝王，一同接受供奉。
康熙六十年（1721年），康熙帝在和大臣们议论时说：
“朕披览史册……前代帝王虽无过失，亦必刻意指摘，论列短长，全无公是公非……前代帝王曾为天下主，后世之人俱分属其臣子，而可轻肆议论、定其崇祀与不崇祀乎……凡曾在位，除无道被弑、亡国之主外，应尽入庙崇祀。”
所以，在这个时候，前代帝王只要不是无道昏庸、亡国，都可以入庙祭祀。而崇祯帝虽然亡国，但是康熙帝认为不是他的过失，而应该是神宗、光宗、熹宗三人负责，所以崇祯帝可以入祀，神宗、光宗、熹宗三人神主则被撤出历代帝王庙。
雍正二年（1724年），雍正帝秉承康熙帝的意见，将大多数明朝皇帝神主于之前陆续进入历代帝王庙的各王朝守成之君牌位一起，接受祭祀。
乾隆四十三年（1778年），乾隆帝提出“中华统绪，绝不断线”的说法，把之前没有涉及入庙祭祀的十六国、十国、三国、晋、隋等朝代，也选出代表性皇帝入庙祭祀，并把建文帝的神主也一同摆进来接受供奉。
这样，在几经调整后，历代帝王庙中接受祭祀的帝王确定为一百八十八位。其中就包括了明朝绝大部分皇帝（神宗、光宗、熹宗除外）。这，就是原来明朝太庙中，所供奉的历代明代皇帝神主的最终结局。
