Question

怎样分析系统进化树

Answer 1

问题一：如何读懂进化树 进化树在生物学中，用来表示物种之间的进化关系。生物分类学家和进化论者根据各类生物间的亲缘关系的远近，把各类生物安置在有分枝的树状的图表上，简明地表示生物的进化历程和亲缘关系。在进化树上每个叶子结点代表一个物种，如果每一条边都被赋予一个适当的权值，那么两个叶子结点之间的最短距离就可以表示相应的两个物种之间的差异程度。从进化树中还可看出：生物进化有一个规律，都是从水生到陆生，从低等到高等，从简单到复杂。
希望对你有帮助。

问题二：怎么分析这个系统进化树图？有图。求大侠赐教？ 10分 一个结点，从序列的进化关系上就是一个新的物种。所以可以看出1-9在已鉴定的菌株中都未出现过，均为新物种。从进化的角度来分析。1,3,4,5,6,7,8,9属于一个簇，进化关系比较接近。2和最下面的一簇物种比较接近。根据以上结果，可以进一步做生理生化鉴定，确认物种。

问题三：做了一个系统进化树，请问怎么分析 做了一个系统进化树，请问怎么分析
生物进化是指一切生命形态发生、发展的演变过程。“进化”一词来源于拉丁文evolution，原义为“展开”，一般用以指事物的逐渐变化、发展，由一种状态过渡到另一种状态。1762年，瑞士学者邦尼特最先将此词应用于生物学中。
简介
生物进化是指一切生命形态发生、发展演变的过程。
生物进化树
“进化”一词来源于拉丁文evolution，原义为“展开”，一般用以指事物的逐渐变化、发展，由一种状态过渡到另一种状态。
最先将此词应用于生物学中的是邦尼特。生物进化的基本单位是种群而非个体。

问题四：MEGA做出来的进化树要怎么分析 这个问题还是很easy的
MEGA 4
1.打开MEGA4软件
2.在界面中选择Alignment->Alignment Explorer/CLUSTAL
3.在弹出的窗口中选择create a new alignment
4.弹出的窗口中点击no用于蛋白质的分析
输入序列什么的就不说了
5.采用菜单栏Alignment中的Align by ClastalW
6.利用默认参数进行多序列比对
7.点击Data菜单栏中的Exit AlnExplorer
8.点击Yes保存current align session (.mas)及MEGA file(.meg)
9.我暂且认为你是要构建phylogeny，NJ(neighbor joining)和MP(Maximum parsimony)方法都可以，当然还有其他很多方法，依据不同标准，需求选择
10.调好参数，计算就可以了

问题五：怎么对mega构建的系统进化树分析 我是只能看出来亲缘关系的远近

问题六：做了一个系统进化树，请问怎么分析 首先你需要一个能够对序列进行编辑的软件（比如Mac系统的MacGDE、WIndows的BioEdit、Mega、Genuis、ClusterX等）对整个数据库排序（Alignment）,就是把相似的位点放到一起去.
同时你要决定构建树用的方法,一般来说用Maximum Likelihood（Paup）、Bayesian（Mr Bayes）,不过在此之前先用Neibour-Joining（快速,不准确）看一看大概情况也是必要的
然后就是把数据库里有Gap的部分切掉,然后放到构建树的程序（Paup、MrBayes等）去做树
具体方法见那些软件的说明书……

问题七：如何分析SNP，做进化树 1.TaqMan探针法　针对染色体上的不同SNP位点分别设计PCR引物和TaqMan探针，进行实时荧光PCR扩增。探针的5’-端和3’-端分别标记一个报告荧光基团和一个淬灭荧光基团。当溶液中存在PCR产物时，该探针与模板退火，即产生了适合于核酸外切酶活性的底物，从而将探针5’-端连接的荧光分子从探针上切割下来，破坏两荧光分子间的PRET，发出荧光。通常用于少量SNP位点分析。
2.SNaPshot法　该技术由美国应用生物公司（ABI）开发，是基于荧光标记单碱基延伸原理的分型技术，也称小测序，主要针对中等通量的SNP分型项目。在一个含有测序酶、四种荧光标记ddNTP、紧临多态位点5’-端的不同长度延伸引物和PCR产物模板的反应体系中，引物延伸一个碱基即终止，经ABI测序仪检测后，根据峰的移动位置确定该延伸产物对应的SNP位点，根据峰的颜色可得知掺入的碱基种类，从而确定该样本的基因型。对于PCR产物模板可通过多重PCR反应体系来获得。通常用于10-30个SNP位点分析。