Question

控制果蝇朱红眼和深红眼的基因是等位基因吗

Answer 1

不是。
等位基因要求在同源染色体的同一位置，深红眼与朱红眼的位置是在同一条染色体上，一上一下，不是同一位置，所以不是同源染色体。
同理，在同源染色体上的基因才遵循分离定律，白眼与朱红眼在同一条染色体上，所以不遵循该定律。