Question

如何命名微生物：微生物命名的规则与实例解读 2021-02-01

Answer 1

二、细菌和古菌的系统分类学：
1）细菌和古菌的分类学地位：
从高到低：（Domain）、门（Phylum）、纲（Class）、目（Order）、科（Family）、属（Genus）、种（Species）。
备注：细菌和古菌的分类学中没有界（kingdom）！

三、 如何命名？
生物学中物种（细菌，真菌，植物，动物，昆虫等）的命名都是基于拉丁语（或拉丁语与希腊语的组合）语法规则进行，而且已有成文的规范。对于原核生物物种命名来说，也已有专门的委员会公布了对应的命名规则，即：国际原核生物命名法（International Code of Nomenclature of Prokaryotes）。

2.1 种（species）的命名：
2.1.1 命名时，根据潜在新物种：①分离源（如：土壤，肠道，人或动物来源，分离地点等）；②形态特征（如：形状（球状，杆状，弧状，线装）；③细胞大小（如：两端尖，或棒状），鞭毛特征）；④菌落形态与质地（菌落大小，菌落颜色）；⑥生长快慢；⑦是否产生色素；⑧是否利用特定的碳源或氮源等特性来命名；⑨非特异性命名：如用某个人的或者动物的名字命名。

2.1.2 种（species）命名实例：

①根据分离源：Blautia hominis 人源布劳蒂亚菌（human 人）；Blautia intestini 肠源布劳蒂亚菌（intestine肠道）；②根据形态和颜色特征等：Blautia recta 直杆布劳蒂亚菌（rectus直的）；Blautia lenta 生长缓慢的布劳蒂亚菌（lentus缓慢的，懒惰的）；Blautia rubra 红色布劳蒂亚菌（ruber红色的）；③人名与地名： Blautia wangii 王氏劳蒂亚菌；Blautia beijingensis 北京布劳蒂亚菌；

2.1.3 完整的物种名称（属+种名）怎么翻译和理解：
2.1.3.1 翻译：种名当形容词而属名当名词进行翻译和理解。比如：Roseburia（罗斯布里氏或罗氏） faecis（粪便的）=粪源罗氏菌；

2.2 属（genus）的命名：

2.2.1 命名时，根据潜在新属：①分离源（如：土壤，肠道，人或动物来源，分离地点等）；②形态特征（如：形状（球状，杆状，弧状，线装）；③细胞大小（如：两端尖，或棒状），鞭毛特征）；④菌落形态与质地（菌落大小，菌落颜色）；⑥生长快慢；⑦是否产生色素；⑧是否利用特定的碳源或氮源等特性来命名。

2.2.2 属（genus）的命名实例:

①分离源（ Humibacillus土壤杆菌属：土壤（humus）杆（bacillus=rod）菌属）；Intestinibacter肠杆菌属：肠（intestine）杆（bacter）菌属；Indibacter：印度杆菌属，indi=india印度, bacter=rod 杆状）；②形态和颜色特征等（如：Rhodococcus：rhodon=the rose，玫瑰，coccus球状的，rhodococcus红球菌）；③生长快慢与细胞特性组合：Lentibacillus 慢长杆状菌属：lentus（慢的），bacillus=rod（杆状的））；④人名与地名：人名（Zunongwangia 祖农菌属）；地名（Sinobacter，Sinae中国的，sina中国，bacter=rod杆状，中华杆状菌属 ）；⑤其他理化特性：Butyratibacter产丁酸杆菌属，butyratum=butyrate丁酸，bacter=rod杆状的，丁酸杆菌属；

2.2 科（Family）的命名：

对于已经界定好的潜在新科来说，命名是相对简单的。比如：我们鉴定某个分离物（isolate）为一个潜在新属（potential novel genus,假设：我们命名这个属的名称为：Xiaomingia, 小明菌属），而且它与原先系统进化上临近的科（neighbor families）中的各属（genera）有明显的不同，那么界定它为新科，此时：就取这个新属为该科的模式属（type genus）,并基于该模式属的名称（Xiaomingia）加上科标志后缀aceae，来生成新科的名称：Xiaomingiaeae （ 小明菌科）；

3.1 物种名称的性别（Gender）（阳性Masculine，阴性 Feminine ，中性Neuter）
与众多其他语言（如：西班牙语，意大利语，葡萄牙语，阿拉伯语等）类似，拉丁语也区分词汇的性别，即：阳性，阴性，中性。具体区分来说：性别很明确的（跟女/雌性直接相关的）词汇都可直接确定为阴性，如：amica（女朋友）；而与男/雄性直接相关的词汇可直接确定为为阳性，如：mustaceus（胡须）；还有一些词不分男女，即：中性词，如Bacterium，细菌。

3.1.1 名词与形容词性别的统一性：
描述阳性词的其他词（如：形容词，动词），也都是有性别的，也就是说前后统一。
比如：美丽bellus（美丽的，阴性）；bella（美丽的，阳性） ；bellum（美丽的，中性）

3.1.2 阳性与阴性的区分（此处仅论结尾规律性阴阳性词，对固有性别直的直接略过）：
1）阳性结尾：us,i,o,e,os,is,er,io,ax,es
2）阴性结尾：as,a,ia,ea
3）中性结尾：um,im,ii

3.1.3 对于新物种（species）起名（注意：种名全小写，斜体！）：

3.1.3.1 用形容词起种名：lentus慢的，（阳/阴/中：lentus/lenta/lentum）
1）Ruminococcus lentus：慢生瘤胃球菌（直译：长得慢的瘤胃球菌）
2）Pasteuria lenta：慢生巴斯德菌（直译：长得慢的巴斯德菌）
3）Halobacterium lentum：慢生嗜盐菌（直译：长得慢的嗜盐菌）

3.1.3.2 用地名起种名： 如，在南京分离的
1）Ruminococcus nanjingensis：南京瘤胃球菌
2）Pasteuria nanjingensis：南京巴斯德菌
3）Halobacterium nanjingensis：南京嗜盐菌

3.1.3.3 用颜色起种名： 如，白色的
1）Ruminococcus albus：白色瘤胃球菌
2）Pasteuria alba：白色巴斯德菌
3）Halobacterium album：白色嗜盐菌

3.1.3.4 用人名起种名： 如，John的
1）Ruminococcus johnii：琼氏瘤胃球菌
2）Pasteuria johnii：琼氏巴斯德菌
3）Halobacterium johnii：琼氏嗜盐菌
备注：对于上述人名，地名来命名的规则的详解可参阅International Code of Nomenclature of Prokaryotes中的对应解释。
3.1.4 对于新属（genus）起名（注意：属名首字母大写，斜体！）：

3.1.4.1 如常见的用人名来起名：Weng
1）Wengia lenta：慢生翁氏菌，具体词性的变化（即：结尾的变化，可以参考上述变化规则）

3.1.4.2 用组合词起名：Lentus（慢的）+coccus（球状的）=lenticoccus，慢生球菌属
1）lenticoccus albus：白色慢生球菌

3.2 物种命名常见的错误：
1）阴阳性不统一：比如，lenticoccus(阳性） alba（阴性）
2）重复命名：比如，某个词已用作某个生物（微生物，动物，植物等）的科学属名（genus name），此时不能重复用这个词来命名一个新属；另外，如果一个种名已被用，则也不能重用；但是：如果一个名字只是用来命名了一个物种（species）,则可以用这个词的属名（genus）格式来命名一个新属（novel genus）,比如：Pasteuria johnii 琼氏巴斯德菌，johnii作为物种（species）名了，然后我们造Johnia，用这个命名新的属Johnia（琼氏菌属），然后命名一个新物种Johnia alba （白色琼氏菌），虽然可以这么做，但是不推荐这么做，毕竟科学命名（scientific nomenclature）的初衷是为了去除混乱（less chaotic！）

四、一些相关学习资源：