Question

进化树怎么分析

Answer 1

进化树怎么分析
（1)水平方向：遗传变量的变化程度
水平方向上的分支代表进化谱系随着时间的变化，分支长度越长表示该分支对应物种的变化越大。
(2)标尺：底部的短线
标尺下部的数字0.07指该长度的分支代表基因组的遗传变异度为0.07。其中，遗传变异度通常表示基因组中每个位点碱基的替换频率，计算公式为：变异度=变异碱基数/总碱基数(%)。通常情况下会以百分比的方式展示，进而可解释为每100个碱基位点的变异度。
(3)垂直方向:无特别含义
(4)节点：彩色圆圈
进化树上的节点有外部节点和内部节点两种。外部节点又称为叶节点（上图中绿色圆圈），代表参与分析的基因组数据（例图中是病毒的基因组序列），一般情况下一个基因组也即带代表一个物种。内节点用蓝色的圆圈表示假定祖先。
进化树的根(红色圆圈)告诉我们终极祖先的位置，基于这个点依据不同分支在水平方向上的长度可以对不同物种近似进化时间进行排序。例如：在上图中我们可以说A物种比B和C物种在进化时间上更早，同时也可以认为水平方向上进化时间从左到右依次增加。
(5)分支
因为分支长度代表基因序列相似度，只能代表近似进化时间。因此，需要根据基因序列相似度与进化时间假说对这种进化距离进行转换，即分子钟。
(6)Bootstrap值
图中每个节点左边的灰色数字代表该节点的bootstrap值。该值范围从0-1，也可用百分比的形式代表，值越大该节点置信度越高。

Answer 2

这个问题还是很easy的MEGA41.打开MEGA4软件2.在界面中选择Alignment->AlignmentExplorer/CLUSTAL3.在弹出的窗口中选择createanewalignment4.弹出的窗口中点击no用于蛋白质的分析输入序列什么的就不说了5.采用菜单栏Alignment中的AlignbyClastalW6.利用默认参数进行多序列比对7.点击Data菜单栏中的ExitAlnExplorer8.点击Yes保存currentalignsession(.mas)及MEGAfile(.meg)9.我暂且认为你是要构建phylogeny，NJ(neighborjoining)和MP(Maximumparsimony)方法都可以，当然还有其他很多方法，依据不同标准，需求选择10.调好参数，计算就可以了