Question

医学部与本部是一个档次吗，为什么分数不同

Answer 1

这个没法说他是不是一个档次，医学部是一所大学的一部分，这个不用多说。而本部这个说法本身不正确，只能说它也是一所大学的一部分，只不过可能因为合并后大学的领导机构可能在那里，所以称为本部而已。
不过，大多数院校基本上都称本部什么的。
至于说分数，因为现在很多大学的医学院合并前本身就拥有极强的实力，在加上管理机制、历史遗留或者发展需要等等，实施的是独立招生方案。比如北大医学部，就是独立于北大其他院系之外招生的，分数线自然就不一样了。