Question

用pcr产物测的序列片段，一定能够在里面找到引物序列吗？

我测完序之后在里面找引物序列，但是没有找到，是不是测错了啊？

Answer 1

你想找到引物序列的话最好进行双向测序（但你的片段最好不要大于800不然就算双向测也无法测通最后还是找不到引物）

如果你只是进行了单向测序的话，那么找不到引物是很正常的，因为测序是从引物后边的序列开始的，并且开头的几十个碱基也是不可信的，所以如果LZ你只是进行了单向测序，那么找不到引物是正常的事情

如果LZ你的片段小于800的话进行双向测序后就可以找到引物了。

如果比800大那么LZ可以分别从F和R方向上的结果中设计个引物往回测。

Answer 2

很多情况下不能，在测序时用你的引物进行测序的，读取的数据是你引物后的序列，引物序列不能被读取，所以不包含引物序列，要想有引物序列信息，需要将PCR产物克隆进载体，用载体上的引物测序。

Answer 3

测序是读不出引物的，而且引物后的几十个碱基都读不好。想测出引物，或者克隆，或者再设计引物。

Answer 4

如果是用上下游引物做的PCR，产物中就有引物序列，但有的测序恭喜测序时会把引物序列去掉，只保留目的基因的序列，只要你的测序的目的基因的比对正确，应该就可以认为未突变

Answer 5

如果是扩增已知序列目的全长基因，肯定是要在基因序列外部设计引物，当然接下来还有克隆表达等操作，最好在引物设计时考虑增加酶切位点以及添加序列标签等。如果是扩增未知序列基因，一般要根据序列比对找到保守序列，设计兼并引物，扩增产物一般是目的基因的部分序列，还要通过3"、5‘race以及染色体步移等操作得到全长序列。