Question

设计兼并引物时,只比对十条序列找到保守区,这样的结果可靠吗?

Answer 1

前提是看你这十条序列来自哪些物种，这些物种和你要克隆的物种亲缘关系近不近，如果这十条序列都是哺乳类的序列，而你想克隆的是鱼类或两栖类，那么这十条序列比对出来的保守区也不一定就能克隆出你的序列，如果亲缘关系很近，那么克隆出来的机会就很大，如果亲缘关系非常近是不需要十条那么多序列的。比如你有斑马鱼的序列，想克隆其它鲤科鱼类就很容易，但是克隆海水鱼类的基因就很困难。你能说的具体点吗？这样也好具体情况具体分析。

追问

我要克隆牛奶子中一个酶的基因，现在只知道这个酶的蛋白序列来源于葫芦科，我现在用这个葫芦科的蛋白序列做blast，找到了100条序列，但是比对后同源性不高，接下来就不知道怎么做了。能帮忙解决一下这个问题吗，谢谢啦！